Illumina 5-Base DNA Prep

一项检测即可全面探索5-碱基基因组(A、T、G、C与5mC),为全基因组与甲基化组提供双重见解。

DNA到数据洞察 < 3 天 建库时间*:gDNA 约 8 小时;cfDNA 约 6 小时 *基于手动处理 24 个样本;含 DNA 片段化(如需要)及文库定量,不含均一化和测序准备时间。

分析时间

1–20 ng 游离 DNA 50–100 ng 基因组 DNA

起始量

详情请参见规格表

概述

Illumina 5-Base DNA Prep能够在全基因组范围内同步发现基因组变异与甲基化事件。使用这款简便、高性价比的多组学检测,最大化每一次测序读段的价值。

  • 单次样本、单管建库、一次测序、一套分析,即可同步检测 5-甲基胞嘧啶(5mC)与 DNA 变异

     

  • 一体化“二合一”检测,流程简便、分析整合

  • 精简的单日文库制备

  • 经优化的文库构建、新型碱基转化、Illumina 测序平台与高级分析算法,共同保障高质量数据

  • 高性价比的全基因组多组学发现

  • 与 DRAGEN Germline/Somatic 分析流程及 Illumina Connected Multiomics 无缝整合,实现完整分析

简洁快速的流程

不到三天即可完成“样本进-结果出”:文库制备在一天内完成;基于 5-碱基 DRAGEN 流程的精简二级分析,30× 基因组可在 1 小时内输出双重结果。

精准、可重复的双重检测

创新的 5mC→T 碱基转化技术与高级分析算法保持 DNA 序列复杂度,确保高比对率。

一份流程,双重洞察

高分辨率、高精度地同时检测甲基化与基因组变异。

规格

需要的产品

Illumina 5-Base DNA Prep 必须使用 DRAGEN 二级分析。您可通过本地 DRAGEN 服务器,或基于云的 Illumina Connected Analytics 与 BaseSpace Sequence Hub 访问 DRAGEN。Illumina Connected Multiomics 提供数据探索与可视化功能,包括差异甲基化分析、聚类及生物学解读。Index 接头需另行向 Illumina 购买。

/ 结果

应用

Illumina 5-Base DNA Prep 可在单一、高性价比的检测中实现全基因组范围的高分辨率 DNA 变异与甲基化事件同步检出;同时提供精简的文库制备、一体化分析,并从每条测序读段中挖掘可定制的双组学洞察。

工作流程示例

项目推荐

仪器 推荐的样本数 读长
NovaSeq X测序仪

**每个流动槽的样本数:10B:18个,25B:48个(基于5亿双端读数,35×覆盖度)

2 × 151 bp

NovaSeq 6000测序仪

每个流动槽的样本数:S4:18个(基于5亿双端读数,35×覆盖度)

2 × 151 bp

研究模式下的NovaSeq 6000Dx

每个流动槽的样本数:S4:18个(基于5亿双端读数,35×覆盖度)

 2 × 151 bp

相关应用和方法

Compare

Illumina 5-Base DNA Prep Infinium MethylationEPIC v2.0 Kit Illumina DNA Prep Illumina DNA PCR-Free Prep
分析时间 DNA到数据洞察 < 3 天
建库时间*:gDNA 约 8 小时;cfDNA 约 6 小时
*基于手动处理 24 个样本;含 DNA 片段化(如需要)及文库定量,不含均一化和测序准备时间。
约3-4小时(从DNA提取到归一化文库) 约1.5小时
自动化功能 ⾃动化⼯作站 自动化芯片装载器 ⾃动化⼯作站 ⾃动化⼯作站
自动化详情 自动化方案正在开发中,一旦完成将上传至 自动化页面 。 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明 一种精简检测,即可在全基因组范围内全面发现基因组变异与甲基化事件。凭借全新酶法与优化分析,同一批测序读段即可输出高质量 5-碱基信息。   Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip是一款全基因组甲基化筛查工具,具有专家精选的增强功能内容。该试剂盒在iScan或NextSeq 550系统上处理,遵循简单、用户友好的工作流程,无需样本混合和标签。 快速、灵活的文库制备工作流程,可适应各种样本类型和DNA起始量,可用于从人类到微生物全基因组测序等各种应用。  使用磁珠上酶切法片段化与无PCR化学反应的独特组合,为灵敏的应用制备测序文库,同时消除了PCR诱导的偏差,并将文库制备总时间缩短至90分钟。
起始量 1–20 ng 游离 DNA
50–100 ng 基因组 DNA
250 ng DNA 1-500 ng DNA用于小型基因组(例如微生物),或100-500 ng DNA用于大型基因组(例如人类)。(对于血液和唾液样本,请参阅参考指南)。 25-300 ng
系统 NovaSeq X测序仪, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 NextSeq 550测序仪, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, iScan MiSeq测序仪, iSeq 100测序仪, NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, MiSeqDx测序仪下的科研模式, MiniSeq测序仪, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪, MiSeq i100 Plus系统, MiSeq i100系统 MiSeq测序仪, NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, MiSeqDx测序仪下的科研模式, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, NextSeq 500测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪
作用机制 5-甲基胞嘧啶酶法转化为胸腺嘧啶、连接法添加接头与索引、基因组DNA机械剪切 链接磁珠转座酶 链接磁珠转座酶
方法 甲基化测序, 全基因组测序 甲基化 芯片 扩增子测序, 从头测序, 全基因组测序, 鸟枪法测序 从头测序, 全基因组测序
多重分析 高达384重 多达384个唯一双(UD)标签组合和96个组合(CD)双标签组合 高达384重
核酸类型 DNA DNA DNA DNA
特殊的样本类型 循环肿瘤DNA, 血液, 低起始量样本, 游离DNA 血液, FFPE组织, 游离DNA, 唾液 血液, 不兼容FFPE, 唾液 血液, 不兼容FFPE, 低起始量样本, 唾液, 不兼容FFPE
物种 任何物种, 人 果蝇, 任何物种, 哺乳动物, 小鼠, 酵母, 斑马鱼, 人, 大鼠, 植物, 病毒, 线虫, 细菌 任何物种, 人
物种详情 Illumina 5-碱基分析软件支持使用自定义参考基因组对目标物种进行分析。
用户可上传自定义参考基因组以运行 Illumina 5-碱基检测/分析。并非所有物种均已测试,当前性能指标仅适用于人类样本。
与任何物种兼容
目标插入片段大小 基因组DNA:450 bp ~350 bp 450 bp +/- 75 bp
变异类别 体细胞变异, 差异甲基化胞嘧啶, 生殖系变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) 差异甲基化胞嘧啶 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 杂合性缺失(LOH), 体细胞变异, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) 短串联重复序列(STR), 单核苷酸多态性(SNP), 体细胞变异, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV)

选择工具:

图表

Illumina 5-Base DNA Prep带来卓越测序表现

(A) 对胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)的高覆盖度 (B) 在不同 GC 含量范围内均保持均匀覆盖。样本来源:1–20 ng 健康供体 cfDNA 与 50–100 ng 人类参考样本 NA12878 gDNA。

使用 Illumina 5-Base DNA Prep 实现高产量与高比对率

(A) 文库产量 和 (B) 比对率(比对 reads 百分比)
输入量:健康供体 1–20 ng cfDNA 与 人类参考样本 NA12878 的 50–100 ng gDNA。

Illumina 5-Base DNA Prep 的甲基化转化与检测

(A) 所有 CpG 岛区域均可实现可重复的甲基化检测;5mC 转化的高选择性通过小基因组对照 spike-in 验证:(B) 甲基化 pUC 和 (C) 未甲基化 lambda。
输入量:健康供体 1–20 ng cfDNA 与人类参考样本 NA12878 的 50–100 ng gDNA。

使用 Illumina 5-Base DNA Prep 实现高准确度胚系变异检出

(A) 单核苷酸变异(SNV)与 (B) 插入/缺失(indel)胚系变异检出,输入量为 50–100 ng 人类参考样本 NA12878 gDNA。(C) 基于 Genome in A Bottle 样本 HG002 的胚系 CNV 检出准确度(按变异大小划分)。

Illumina 5-Base DNA Prep的优势

传统甲基化测序方法 Illumina 5-碱基解决方案

局限性

优势

  • 比对效率低
  • 变异检出准确度低
  • 化学转化会损伤DNA
  • 多步骤转化

  • 比对效率高
  • 变异检出准确度高
  • 酶促转化对DNA无损伤
  • 单步骤转化

资源

缩略图

使用 Illumina 5-碱基解决方案,同时解码 DNA 与甲基化

欢迎观看 Illumina 分析与检测研发副总裁兼负责人 Fiona Kaper 的分享,了解这一创新 5-碱基解决方案如何简化并扩展多组学分析。探索 Illumina 5-碱基化学如何在单次检测中同时提供基因组与表观基因组的双重洞察,以卓越的准确性、简便性和规模化的方式,输出遗传变异与 DNA 甲基化数据。

文库制备 (1)

Illumina® 5-Base DNA Prep (24 样本)

20140364

内含可手动制备24个文库的文库制备试剂与甲基化检测试剂。数据分析可在Illumina Connected Analytics或BaseSpace Sequence Hub云端通过DRAGEN应用完成,也可使用本地DRAGEN服务器。数据可视化可选配Illumina Connected Multiomics实现。Index接头需单独购买。

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标签接头 (5)

Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 标签, 48 样本)

20098166

Illumina Unique Dual Indexes,LT(48个标签,48个样本)

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation(96标签,96样本)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96标签, 96样本)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96标签, 96样本)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96标签, 96样本)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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常见问题解答

该试剂盒采用一步酶法将 5mC 转化为 T,相比传统亚硫酸氢盐处理可产生更高的碱基多样性。这种提升的多样性,再配合优化的连接型文库制备和专用分析算法,使单次检测即可同时有效检出 5mC 和基因组变异。

Illumina 5-Base DNA Prep 可在简洁、可扩展且经济的一管流程中实现全面甲基化谱分析与变异检测,是开展全基因组发现的理想之选。

以甲基化研究为核心时,凭借更高的比对效率和每轮运行的 CpG 覆盖度,Illumina 5-碱基方案所需的测序量低于传统甲基化检测。

DRAGEN 二级分析采用创新的 5-碱基算法,可在单一数据集中同时对基因组和甲基化组进行精准注释。只需在 DRAGEN Germline 与 Somatic 流程中勾选对应选项,即可启用甲基化报告功能。Illumina Connected Multiomics 可直接导入 DRAGEN 的输出文件,提供行业验证的统计方法与可视化工具,帮助轻松探索数据并获得更深层次的洞察。

/ 结果

NovaSeq X系列基因测序仪

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

NovaSeq X系列试剂盒

NovaSeq X系列试剂盒包含试剂卡盒、缓冲液卡盒、流动槽、冻干插件、预装缓冲液和文库联管。

Illumina DRAGEN二级分析

通过DRAGEN二级分析获得更多基因组见解,了解最新更新信息,阅读常见问题解答并寻找产品支持。

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