了解NGS如何推动针对整个微生物群落基因组的研究，包括那些无法培养的生物体的基因组。
鸟枪法宏基因组测序技术帮助研究人员对给定的复杂样本中存在的所有生物体的所有基因进行全面采样1,2。微生物学家可以利用这种新一代测序（NGS）方法评估细菌多样性，并检测各种环境中微生物的丰度。鸟枪法宏基因组学还可以用来研究不可培养的微生物，其他方法很难或无法分析这些微生物3。
什么是鸟枪法宏基因组测序？
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为什么测序深度对鸟枪法宏基因组学很重要
测序深度是指与基因组参考区域比对的测序读数的数量。这一点很重要，因为更高的测序深度提供了更有力的证据来证明结果的正确性。尽管鸟枪法宏基因组测序很全面，但与16S测序相比，这种方法分析成本昂贵且复杂。低深度鸟枪法测序是弥补两种方法缺点的有效替代方法，与全面的鸟枪法测序相比，读数深度更低，同时与16S测序相比，能够获得更高的鉴别能力和可重现的结果4。
鸟枪法宏基因组测序的应用
推荐的鸟枪法宏基因组学工作流程
文库制备
仅适用于 2 × 150 bp 测序运行：
快速、通用的标签片段化工作流程，支持广泛的 DNA 投入量（1–500 ng），适用于全基因组测序（WGS）和微生物测序。
无需 PCR 的工作流程，可提供高度均一的全基因组测序结果，并为高灵敏度的微生物应用提供更高的准确性。
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
快速扩增子及小基因组制备方案，针对低 DNA 投入量（1 ng）和高重数多重检测进行优化。
兼容 2 × 150 和 2 × 300 bp 测序运行：
TruSeq DNA Nano（平均插入片段 550 bp）
低投入量（约 100 ng）文库制备方案，可实现可靠的覆盖均一性，并降低基因组水平的偏差。
TruSeq DNA PCR-Free（平均插入片段 550 bp）
简便、无需凝胶、无需 PCR 的全基因组测序文库制备方案，能够以可扩展的通量对复杂基因组实现准确而全面的覆盖。
测序
MiSeq™ i100系列提供了迄今为止因美纳最短的运行时间、突破性的简便性和显著的可持续发展优势，为每一个实验室赋能。
将成熟的NGS技术与可调节的输出相结合，支持各种应用中的测序和芯片功能。
通过贯穿始终的全面工作流程助力探索。
数据分析
DRAGEN Metagenomics Pipeline可进行读数物种分类，并提供单个样本和汇总报告。
Prep
For 2 × 150 bp runs only:
Fast, all‑purpose tagmentation workflow supporting a wide range of DNA inputs (1–500 ng) for whole-genome sequencing (WGS) and microbial sequencing.
PCR‑free workflow delivering highly uniform WGS results and improved accuracy for sensitive microbial applications.
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
Ultra‑fast amplicon and small‑genome prep optimized for low DNA input (1 ng) and high‑plex multiplexing.
Compatible with 2 × 150 and 2 × 300 bp runs:
TruSeq DNA Nano (550 bp average insert size)
Low‑input (~100 ng) library prep offering reliable coverage uniformity and reduced bias across genomes.
TruSeq DNA PCR-Free (550 bp average insert size)
A simple, gel‑free, PCR‑free WGS prep that provides accurate, comprehensive coverage of complex genomes with scalable throughput.
Sequence
Empower discoveries with a comprehensive workflow from start to finish.
A robust and scalable system designed to adapt to your needs and bring discoveries within reach.
Achieve extraordinary throughput and accuracy to perform data-intensive applications at production scale.
Analyze
The DRAGEN Metagenomics pipeline performs taxonomic classification of reads and provides single sample and aggregate reporting.
鸟枪法宏基因组测序指南
阅读本指南，了解如何对重要疾病的复杂微生物样本进行测序，或深入了解群落水平的微生物多样性和功能。
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参考文献
- Quince, C., Walker, A., Simpson, J. et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis. Nat Biotechnol. 2017; 35, 833–844. doi: 10.1038/nbt.3935
- New FN, Brito IL. What Is Metagenomics Teaching Us, and What Is Missed? Annu Rev Microbiol. 2020; 74:117-135. doi: 10.1146/annurev-micro-012520-072314.
- Sharpton TJ. An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data. Front Plant Sci. 2014; Jun 16;5:209. doi: 10.3389/fpls.2014.00209
- Hillmann B, Al-Ghalith GA, et al. Evaluating the Information Content of Shallow Shotgun Metagenomics. mSystems. 2018 Nov 13;3(6):e00069-18. doi: 10.1128/mSystems.00069-18.