De Novo 测序介绍
De novo 测序是指首次测序一种新颖的基因组，并需要测序reads的专门组装。读长、深度以及灵活的双端插入片段大小的独特组合让Illumina测序仪成为de novo测序的理想之选。无以伦比的原始read准确性让您自信、高效地产生高质量的长重叠群组装。.
与Sanger测序等传统方法相比，新一代测序（NGS）能够更快速、更准确地鉴定任何物种。Illumina提供了mate pair测序和long-read技术，作为短序列的补充，可准确、完整地鉴定任何物种。
De Novo 测序的优势
- 即使是复杂或多倍体基因组，也能生成准确的参考序列
- 为绘制新型生物的基因组图谱或完善已知生物的基因组提供有用的信息
- 阐明高度相似或重复的区域，便于准确的de novo组装
- 鉴定结构变异和复杂重排，如缺失、倒位或易位
准确的基因组组装
在首次测序基因组时，使用混合方法可实现更高质量的组装。将双端的短片段序列与mate pair的长片段序列相结合，是最大限度提高覆盖度的理想方式。以更高深度测序的短序列可填补长序列未覆盖的空白。
这种组合可实现最广泛的结构变异的检测，对复杂重排的准确鉴定也至关重要。合成的长序列通过提供由短序列“缝合”在一起而成的长contig，以保持准确性，从而协助组装。
De Novo 细菌进行测序
De Novo细菌测序的建议流程
制备
您的文库 使用
不使用凝胶和使用凝胶的方法，从少量DNA中制备测序用的mate pair文库。
高效
测序 使用
快速简约，适用于靶向和小型基因组测序。
分析和
存储数据 使用BaseSpace应用程序
Assembly Report
Prokka Input Form
全面的 De Novo 基因组测序流程
Illumina边合成边测序（SBS）技术是最广泛采用的NGS技术，生成了全球约90%的测序数据。*
除了业界领先的数据质量，Illumina也提供了从文库制备到数据分析的完整流程，可简化de novo测序。
单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。
不使用凝胶和使用凝胶的方法，从少量DNA中制备测序用的mate pair文库。
将较短的序列高度准确地组装成长的测序序列，用于全基因组测序或基因组定相。
快速简约，适用于靶向和小型基因组测序。
NextSeq 系列灵活的台式测序仪，支持多个应用，每次运行测序1个Nextera Mate Pair样品。
HiSeq 2500 系统强大高效，每次运行测序4-16个TruSeq Synthetic Long-Read样品或10-15个Nextera Mate Pair样品。
HiSeq 3000/4000 系统最高通量，最低成本，适合生产规模的基因组学。
Nextera Mate Pair
SPAdes Genome AssemblerDe novo 组装程序，适合单细胞及分离的基因组。
利用 Velvet 组装程序对细菌基因组进行 De Novo 组装，重点在Nextera Mate Pair的数据。
TruSeq Synthetic Long-Read DNA
TruSeq Long-Read Assembly AppC从较短的序列构建合成的长序列，用于 de novo基因组组装和基因组finishing。
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* 存档数据计算。Illumina, Inc., 2015