从基因组变异到生理性状
动植物基因分型已成为现代农业研究的支柱。Illumina芯片可针对已知基因组标记进行高通量筛选，从而为选育决策提供参考。芯片研究还可用于寻找SNP（单核苷酸多态性）标记与性状或疾病之间的全新关联。
动植物基因分型应用
动植物基因分型定制芯片
并非所有的非人类生物都经过了大量的遗传学研究，因此某些动植物物种没有相应的商品化基因分型芯片。我们可根据目标物种的所有已发现标记进行设计，从而提供定制芯片，供基因分型研究对与目标表型性状相关的变异进行鉴定。Illumina正在与主要农业基因组学联盟合作，以将自身技术大规模应用于多个物种的新相关标记鉴定工作。
拷贝数变异研究
拷贝数变异（CNV）是自然多样性的常见形式，并且可以遗传，在农业基因组学中起着重要的作用。拷贝数变异差异可能与健康和生产特性相关，并有助于表型多样性。在动植物基因分型研究中，高密度探针的分布可用于鉴定CNV断点，并最终推动基因组改良。目前正在开展研究以确定拷贝数变异的影响是否为关键基因组片段的拷贝数差异、基因组的结构修饰或两者组合的结果。
精细绘制谱图和候选基因区域基因分型
动植物芯片基因分型可用于精细性状定位和/或基因型-表型假说验证。可以对结果进行数量性状基因位点（QTL）分析，以描述差异基因表达如何导致表型变异。
全基因组关联分析
覆盖整个动植物基因组范围的关联定位可提供遗传定位信息，并建立性状与物种适应（例如各类环境条件影响的适应）之间的关联。这些研究的结果可为全基因组选育应用[例如，指纹图谱、净价值（net merit）、标记辅助育种]提供参考，从而提升经济作物和畜群的价值。Illumina芯片包括核心内容，具备定制以及便捷的内容扩展功能。
