创建细胞功能的全局视图

分析基因表达和转录组变化,以便更深入地了解相关生物学机制

基因表达和转录组分析

转录组分析实验可让研究人员表征转录活性(编码及非编码),专注于由相关靶基因和转录本组成的子集,亦可一次性分析数千种基因,创建细胞功能的全局视图。基因表达分析研究可以提供在各种条件下活跃表达的基因和转录本的信息。

新一代测序(NGS)将转录组学的研究范围从一次研究几个基因扩大到了一次实验就可以分析全基因组的基因表达水平。了解基于NGS的RNA测序(RNA-Seq)与其他常见的基因表达和转录本分析方法(例如基因表达芯片和qRT-PCR)之间的不同之处。了解如何使用RNA-Seq分析基因表达和鉴定新的转录本。

基因表达图谱分析电子书
使用RNA-Seq进行基因表达图谱分析的优势

探索NGS在基因表达、基因调控和甲基化分析中的优势。

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基因表达芯片

优点:常见的工作流程,样本通量高,可用于分析已知的基因和转录本

缺点:无法检测新的转录本;基因表达测定受到背景噪音(下限)和信号饱和(上限)的限制。1

了解芯片与RNA-Seq
qRT-PCR

优点:常见的工作流程,靶点数量较少时更加高效

缺点:只能检测已知序列,可扩展性低

了解qRT-PCR与RNA-Seq
RNA-Seq

优点:广泛的动态范围,适用于任何物种,可在单次分析中同时检测已知和未知的特征1

缺点:只数量有限的样本中的少量已知转录变异时,成本效益比较低

深入了解RNA-Seq

了解如何使用以下基于NGS的RNA-Seq方法来分析基因表达:

  • mRNA测序:借助清晰全面的编码转录组视图来探索替代转录本、基因融合和等位基因特异性表达模式。
  • 靶向RNA测序:选择感兴趣的特定基因或转录本并对其进行测序。同时分析几十到几千个靶点的基因表达。
乳腺癌的基因表达模式

在第41集Illumina基因组学播客中,Ake Borg博士探讨了基于基因表达模式、甲基化和其他基因组改变的乳腺肿瘤分类。

立即收听

了解如何使用全转录组分析与总RNA测序(总RNA-Seq)来捕捉基因表达变化的广泛影响。该方法可以同时检测编码RNA和多种形式的非编码RNA,获得完整的转录组视图。

深入了解总RNA-Seq

 

通过单细胞转录组测序绘制神经元多样性

从单细胞分析基因表达特征的能力正在改变神经元的分类方法。

阅读文章

特色基因表达和转录组研究

 
肿瘤RNA-Seq
揭示药物敏感性致瘤通路

研究人员使用基于NGS的RNA-Seq来分析癌症样本中的生物标记以及已激活通路的转录组特征。

阅读访谈录
Precision Immunotherapies Using Tumor-Specific HLA Ligands
使用肿瘤特异性HLA配体的精准免疫疗法

Annika Sonntag博士介绍了如何使用NGS帮助她的团队获得更多RNA数据和测量外显子特异性RNA表达。

阅读访谈录
乳腺癌
寻找与癌症相关的基因表达图谱

研究人员使用RNA-Seq及其他NGS方法来揭示与癌症相关的基因表达生物标记。

阅读访谈录

在本次在线讲座中,演讲者评估了拟南芥组织异质性对基因调控的影响。他们表征了大型转录因子家族的细胞类型特异性基序富集,研究了基因表达与染色质可及性变化之间的联系。他们的方法提供了一个分析框架来推断执行植物发育的基因调控网络。

观看在线讲座
Gene Expression and Regulation in Arabidopsis thaliana

为了解疾病机制与细胞发育,研究人员经常在特定组织、发育期间或对各种疾病的反应中进行差异表达研究。与表达芯片相比,RNA-Seq可以检测到更高比例的差异表达基因,尤其是低丰度的基因。1DESeq2BaseSpace Sequence Hub应用程序可以帮助研究人员对多个物种的RNA-Seq数据进行差异基因表达分析。

子宫内膜组织的单细胞转录组分析

该研究介绍了一个子宫内膜单细胞基因表达分析流程。采用RNA-Seq来鉴定活组织和培养的单个细胞的差异表达基因。

阅读文献
AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression Panel

用于测定20,000多个人类RefSeq基因的表达水平的靶向研究panel。

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DRAGEN Bio-IT平台

能对RNA-Seq数据等测序数据进行准确的超快速二级分析。

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NextSeq 550系统

这台台式测序仪支持全基因组、转录组、靶向重测序和芯片扫描,具有可调节的产出和高数据质量。

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癌症基因表达图谱分析
癌症转录组分析

利用RNA测序分析基因表达和转录组变化可以帮助研究员了解肿瘤的分类和进展。深入了解癌症RNA-Seq

微生物转录组分析
微生物转录组分析

对细菌、病毒及其他微生物进行RNA-Seq能够对广泛的微生物转录本进行注释和定量。深入了解微生物RNA-Seq

复杂疾病研究
复杂疾病研究

基因表达和转录组分析研究可以帮助研究人员从分子水平上更好地了解神经学、免疫学和其他复杂疾病。深入了解复杂疾病基因组学

药物反应生物标记研究
基于RNA的药物反应生物标记分析

了解如何利用RNA-Seq发现并分析基于RNA的药物反应生物标记。查看帮助研究人员开展此应用的资源。深入了解药物反应RNA生物标记分析

HumanHT-12 v4 Expression BeadChip基因表达芯片已停产。推荐用于RNA-Seq的替代产品包括TruSeq Stranded Total RNATruSeq RNA Exome以及TruSeq Stranded mRNA Kit。Illumina始终致力于为您提供高质量的支持和服务。

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方法指南
方法指南

该指南提供了您需要的全部信息,包括用于文库制备的BeadChip芯片、测序仪选择和分析。为您的实验室选择较佳工具。

参考文献
  1. Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells.PLoS One.2014;16;9(1):e78644.