可靠、无偏倚的转录分析

利用新一代RNA-Seq研究微生物转录组和宏转录组

微生物转录组学

微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性,了解宿主-病原体免疫相互作用,量化基因表达变化以及追踪疾病进展具有重要意义。细菌、病毒和其他微生物的新一代RNA测序(RNA-Seq)已经成为分析转录组和宏转录组信息的标准方法。

转录组是生物体基因组编码的全部RNA的集合。宏转录组为复杂样本中一群生物编码的全部RNA的集合。

对细菌、病毒及其他微生物进行RNA-Seq能够对广泛的微生物转录本进行注释和定量。提取细胞RNA并将其转换为cDNA,用于测序文库的制备。然后,将序列read与参考基因组进行比对,提供有关外显子连接和剪接位点等特征的定性信息,以及可与多个实验集进行比较的定量转录本数据。

与芯片等基于杂交的方法不同,RNA-Seq能够无偏差地对常见和新型转录本进行链特异性鉴定。广泛的动态范围使我们能够在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中确定高表达和低表达的基因。可以使用适合自动化的一体化工作流程一次处理多个样本。

有多种方法可以开展这类实验,但工作流程的每个步骤都有一些推荐使用的产品。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

QuickExtract RNA Extraction Kit

用于提取贴壁细胞和悬浮细胞RNA的简便方法。

注意:如果使用TruSeq RNA文库制备试剂盒,您将不需要提取RNA并转录为cDNA。如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板,与Nextera XT一起使用。

MasterPure Complete DNA and RNA Purification Kit

同步的DNA或RNA纯化,可用于多种应用,包括基因组文库制备。

TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit

简便、经济、可扩展的总RNA分析解决方案。

注意:如果使用TruSeq RNA文库制备试剂盒,您将不需要提取RNA并转录为cDNA。

Nextera XT Library Prep Kit

制备细菌、病毒和其他微生物的可直接用于测序的文库,用于分析转录组和宏转录组信息。

注意:如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板。

台式测序系统

MiSeq系统

快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。

NextSeq 550系统

灵活的台式测序仪,可用于外显子组、转录组和全基因组测序。

高通量测序
具有高通量微生物转录组学的强大功能,可根据您的项目或工作流程需要灵活改变规模。

HiSeq 4000系统

高通量、低成本,可以进行大规模基因组测序。

BaseSpace App,用于转录本分析

RNA-Seq Alignment

进行read比对、FPKM估算、新转录本的组装和变异检出。

Cufflinks Assembly & DE

使用Cuffdiff 2算法对新型和参考转录本进行差异表达分析。

DESeq2

使用DESeq2算法对参考基因进行差异表达分析。

希望收到有关微生物基因组学的快讯、案例研究和信息?请输入您的电子邮箱地址。
从芯片到RNA-Seq
从芯片到RNA-Seq

表达分析科学家介绍了从芯片到RNA-Seq的转变。

阅读访谈录
RNA资源
RNA资源

获取全面的RNA测序资源。

了解更多
微生物基因组学研究综述
微生物基因组学研究综述

了解测序技术如何用于追踪自然界、实验室和临床中的快速遗传适应。

下载综述