NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
Illumina Stranded mRNA Prep提供了一种简化的RNA测序（RNA-Seq）解决方案，可对编码转录组进行清晰而全面的分析，以发现新异构体、基因融合和等位基因特异性表达等特征。
Illumina Stranded mRNA Prep
快速、经济高效的工作流程，通过精确测量链信息准确、无偏差地检测蛋白质编码转录组。
6.5小时
分析时间
＜3小时
手动操作时间
25-1000 ng标准质量的总RNA
起始量
概述
主要特点
*与FFPE样本不兼容
规格
| 分析时间 | 6.5小时 |
|---|---|
| 自动化功能 | 液体处理机器人 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| 内容说明 | 捕获编码转录组（带链信息） |
| 说明 | 简单、经济的编码转录组分析解决方案，可提供精确的链信息 |
| 手动操作时间 | ＜3小时 |
| 起始量 | 25-1000 ng标准质量的总RNA |
| 系统 | NextSeq 550桌面式基因测序仪, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500桌面式基因测序仪, NovaSeq 6000基因测序仪, NovaSeq X Plus基因测序仪 |
| 作用机制 | PolyA捕获，连接接头和标签 |
| 方法 | mRNA测序 |
| 多重分析 | 多达384个唯一双标签（UDI） |
| 核酸类型 | RNA |
| 特殊的样本类型 | 不兼容FFPE, 低起始量样本 |
| 物种 | 哺乳动物, 牛, 小鼠, 人, 大鼠 |
| 物种详情 | 适用于来自任何带polyA尾巴的种系的高质量RNA |
| 链特异性 | 链状 |
| 测序仪兼容性详情 | 文库制备被设计为与所有因美纳测序系统兼容，并在NextSeq 500/550和NovaSeq 6000系统上进行了大量的检验。 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 |
需要的产品
选择满足您处理需求的文库制备试剂盒大小（16个样本或96个样本）。
唯一双标签序列单独出售，是多重分析所必需的。选择最适合您目标测序通量的标签选项。您可以将 Set A、B、C 和 D 一起添加，以便在单次运行中对多达 384 个样本进行测序。测序通量和多重分析能力可能因测序仪和流动槽试剂而异。
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结果
应用
Illumina Stranded mRNA Prep可在一天内制备可直接用于测序的转录组文库，且标准（未降解）RNA的起始量较低，且样本类型广泛。
工作流程示例
项目建议
| 仪器 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| NextSeq 550 System | 中通量：5 |
2 × 75 bp |
| NextSeq 2000 System | P2：16 |
2 × 75 bp |
| NovaSeq 6000 System | SP：32 |
2 × 75 bp |
相关应用和方法
使用NGS的mRNA测序（mRNA-Seq）可以鉴定已知和新型转录本，并测定转录本丰度。
了解如何在单次实验中使用新一代测序方法分析转录组变化或全基因组范围的基因表达水平。
对可预测治疗反应的RNA生物标志物的评估逐渐成为了药物开发过程中不可或缺的一部分。
文档
产品资料
支持文档
- Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Documentation
- Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Checklist
- Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Consumables & Equipment
- Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Reference Guide
- 全部 Illumina DNA RNA Unique Dual Indexes Support
- 全部 Illumina Stranded mRNA Prep Ligation Support
比较
| Illumina Stranded mRNA Prep | TruSeq Stranded mRNA | Illumina RNA Prep with Enrichment | Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome | ||
|---|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 6.5小时 | 约10.5小时 | ＜9小时 | 约7小时 | |
| 自动化功能 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | |||
| 内容说明 | 捕获编码转录组（带链信息） | 捕获编码转录组（带链信息） | 与Illumina Exome Panel一起使用时可捕获编码转录组 | 捕获编码RNA以及多种形式的非编码RNA | |
| 说明 | 简单、经济的编码转录组分析解决方案，可提供精确的链信息 | 为研究人员提供清晰、全面的编码转录组视图以及精确的链信息。 | 一种可重现且经济的解决方案，可使用多种类型的样本和起始材料来检测和发现目标转录本，包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织和其他低质量样本 | 用于从低RNA起始量和低质量样本制备全转录组测序文库，支持多种RNA-Seq应用。包括Ribo-Zero Plus，用于单管去除来自多个物种的rRNA和珠蛋白RNA，以便进行丰富的转录组分析。 | |
| 手动操作时间 | ＜3小时 | 约4.5小时 | < 2小时 | ＜3小时 | |
| 起始量 | 25-1000 ng标准质量的总RNA | 0.1–1 ug 总RNA或10 - 100 ng先前分离的mRNA（来自带polyA尾巴的种系） | 10 ng RNA；20 ng FFPE RNA | 标准质量RNA样本为1–1000 ng总RNA。建议至少10 ng总RNA，以获得最佳性能和FFPE样本 | |
| 系统 | NextSeq 550桌面式基因测序仪, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500桌面式基因测序仪, NovaSeq 6000基因测序仪, NovaSeq X Plus基因测序仪 | MiSeq桌面式基因测序仪, NextSeq 550桌面式基因测序仪, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500桌面式基因测序仪, NovaSeq 6000基因测序仪, NovaSeq X Plus基因测序仪 | MiSeq桌面式基因测序仪, iSeq 100系统, NextSeq 550桌面式基因测序仪, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪, NovaSeq 6000基因测序仪 | NextSeq 550桌面式基因测序仪, NextSeq 2000基因测序仪, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500桌面式基因测序仪, NovaSeq 6000基因测序仪, NovaSeq X Plus基因测序仪 | |
| 作用机制 | PolyA捕获，连接接头和标签 | 寡核苷酸-dT微珠捕获polyA尾巴 | 链接磁珠转座酶 | 酶法rRNA去除，连接接头和标签 | |
| 方法 | mRNA测序 | mRNA测序 | mRNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 全转录组测序, 宏转录组测序 | |
| 多重分析 | 多达384个唯一双标签（UDI） | 1–96 | 多达384个唯一双标签（UDI） | 多达384个唯一双标签（UDI） | |
| 核酸类型 | RNA | RNA | RNA | RNA | |
| 特殊的样本类型 | 不兼容FFPE, 低起始量样本 | 不兼容FFPE | 血液, 低起始量样本, FFPE组织 | 微生物组样本, 低起始量样本, FFPE组织 | |
| 物种 | 哺乳动物, 牛, 小鼠, 人, 大鼠 | 哺乳动物, 牛, 小鼠, 人, 大鼠 | 人, 病毒 | 小鼠, 人, 大鼠, 细菌 | |
| 物种详情 | 适用于来自任何带polyA尾巴的种系的高质量RNA | 适用于来自任何带polyA尾巴的种系的高质量RNA | Ribo-Zero Plus可去除多个物种的大量转录本，包括：人类细胞质和线粒体rRNA、小鼠rRNA、大鼠rRNA、细菌（大肠杆菌和枯草芽孢杆菌）rRNA以及人类β珠蛋白转录本 Ribo-Zero Plus Microbiome去除了多个物种的大量转录本，包括：在Ribo-Zero Plus中去除的转录本以及多种微生物物种和ATCC MSA-2002, MSA-2005和MSA-2006 | ||
| 链特异性 | 链状 | 链状 | 非链 | 链状 | |
| 测序仪兼容性详情 | 文库制备被设计为与所有因美纳测序系统兼容，并在NextSeq 500/550和NovaSeq 6000系统上进行了大量的检验。 | ||||
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 |
选择工具：
寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。
图
性能指标比较
（左）Illumina Stranded mRNA Prep的性能指标。（右）Illumina Stranded mRNA Prep与TruSeq Stranded mRNA进行了比较。Illumina Stranded mRNA Prep显示出卓越的性能，尤其是使用25 ng UHR RNA作为起始材料时。
在低起始量下发现更多基因
与TruSeq Stranded mRNA相比，Illumina Stranded mRNA Prep可在低RNA起始量下检测到更多基因。在将样本数据量调整到30M双端reads（通过过滤，passing filter，PF）之后，报告检测到的基因数量。在1倍覆盖度下检测到的更多基因是灵敏度更高的指标。
与传统试剂盒高度一致
在（A）100 ng UHR RNA的等效起始量和（B）25 ng UHR RNA的较少起始量（对比100 ng UHR RNA）下，Illumina Stranded mRNA Prep产生的数据与TruSeq Stranded mRNA高度一致。
数据一致性高
Illumina Stranded mRNA Prep在（A）25 ng UHR RNA的技术平行分析和（B）25 ng 与100 ng UHR RNA 的起始量之间实现了高数据一致性。以2 × 74 bp读长对文库进行测序，下采样至30 M reads。使用BaseSpace RNA-Seq Alignment App进行数据分析。
Illumina Stranded mRNA Prep工作流程
Illumina Stranded mRNA Prep提供了快速的工作流程，且手动操作时间短。时间长短因使用的设备、处理的样本数量、自动化程序或用户经验而异。
常见问题解答
为了准确确定重叠基因的基因表达，保留来源链上的信息非常重要。链状RNA-Seq允许区分第一cDNA链和第二cDNA链，以便第二链可以降解，而第一cDNA链（起始链）将进行进一步的PCR扩增。
文库制备需要6.5小时，手动操作时间不到3小时。
寡核苷酸（dT）磁珠捕获并纯化含有polyA尾的mRNA。将纯化的mRNA片段化，并使用逆转录酶和随机引物复制到第一链cDNA中。在第二链cDNA合成步骤中，dUTP取代dTTP以实现链特异性。最后的步骤是将腺嘌呤和胸腺嘧啶碱基加到片段末端并连接接头。纯化所得产物并选择性地扩增用于测序。
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结果
文库制备 (2)
Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligatio（16样本）
20040532
包含用于制备和富集16个文库的试剂（16，1重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。
Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation（96样本）
20040534
包含用于制备和富集96个文库的试剂（32，3重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。
标签接头 (8)
Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation（96标签，96样本）
20091655
Illumina® RNA UD Indexes Set A， Ligation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。
Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation（96标签，96样本）
20091657
Illumina® RNA UD Indexes Set B， Ligation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。
Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation（96标签，96样本）
20091659
Illumina® RNA UD Indexes Set C， Ligation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。
Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation（96标签，96样本）
20091661
Illumina® RNA UD Indexes Set D， Ligation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation（96标签，96样本）
20040553
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation（96标签，96样本）
20040554
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation（96标签，96样本）
20040555
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。
IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation（96标签，96样本）
20040556
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。
服务 (1)
Illumina Stranded mRNA Library Prep培训
20044765
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MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
BaseSpace Sequence Hub订购
在BaseSpace Sequence Hub中管理运行、分析、存储和共享测序数据。查找应用程序、订阅选项和文档。
NextSeq 1000/1000-CN和NextSeq 2000/2000-CN试剂盒
用于NextSeq 1000/2000系列基因测序仪的试剂盒，具有简便易用的卡盒和多种流动槽配置，可提供灵活的测序选项。
Illumina UD Indexes
唯一双（UD）标签能够制备可多重分析的高质量文库，从而提高通量并节省成本。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome
简化的RNA-Seq解决方案，用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析，具有出色的研究灵活性。
Illumina RNA Prep with Enrichment
快速、集成的工作流程，针对各种样本类型和RNA起始量生成富集并标记的测序文库。
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