从复杂微生物组或环境中鉴定并比较微生物

NGS提供一种无需培养的方法来鉴定使用其他方法可能无法发现的细菌或真菌

16S和ITS rRNA测序

16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法,可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类,它们都是该应用领域的成熟方法。

原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp,包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类。1 rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记。2

使用iSeq 100系统进行16S rRNA测序

通过iSeq 100系统开展16S宏基因组学工作流程,可使菌群研究的灵敏度达到种属水平。

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Amplicon-based next-generation sequencing of the 16S gene offers several advantages over capillary sequencing or PCR-based approaches. Learn how it works with this guide to 16S sequencing methods.

Shotgun Metagenomics Methods Guide
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与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序(NGS)无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。基于NGS的16S和ITS rRNA测序方法的另一个优点是它们提供了一种经济高效的技术,可以鉴定传统方法可能无法发现的菌株。此外,NGS还能在单次测序运行中分析多个样本。

真菌测序与分类

利用ITS宏基因组学工作流程可对不同类型的样本中的真菌进行种属水平的检测。

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微生物学方法指南

该指南提供了您所需的全部信息,从文库制备到最后的数据分析。为您实验室的各种微生物学应用选择最佳工具。

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Microbiology Methods Guide

16S和ITS测序研究案例

对口腔微生物进行测序
对口腔微生物进行测序

Saca la Lengua项目使用了16S和18S rRNA测序来鉴定生活在人类口腔中的细菌和真菌。

阅读访谈录
eDNA测序可提供生物多样性的强大视图
eDNA测序可提供生物多样性的强大视图

Michael Bunce博士使用新一代测序和宏条形码方法来研究环境DNA(eDNA)。

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宏基因组学可以描绘海洋的生物多样性
宏基因组学可以描绘生物多样性

一场史诗般的海洋探险对世界各地的海水样本进行了测序,调查了海洋生态系统中浮游生物的多样性。

阅读访谈录
16S rRNA测序方案
16S rRNA测序方案

查看16S rRNA扩增子测序的演示方案和常见问题,以及来自利用该方案制备的文库和在MiSeq系统上运行产生的示例数据集。

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ITS rRNA测序方案
ITS rRNA测序方案

查看演示实验方案,了解如何分析真菌或宏基因组样本、引物序列以及BaseSpace Sequence Hub的分析工作流程。

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微生物与宏基因组学研究综述

宏基因组学是发展最快的科学学科之一。这篇文档重点介绍了近期发表的在宏基因组学研究中应用Illumina测序技术的文献。

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微生物与宏基因组学研究综述

Illumina提供支持16S和ITS rRNA测序的产品,从文库制备到数据分析和解读。我们演示的工作流程可以帮助您消除实验中的相关猜测。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

Nextera XT v2 Index Kit

多重样本可以提高样本通量。

MiSeq系统

快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。

iSeq 100系统

具有经济实惠,快速且触手可及的测序能力,可在任何实验室进行靶向或小型基因组测序。

MiSeq v3 Reagent Kit

改进了测序化学技术,提高了簇密度和读长。这款600个循环的试剂盒非常适合16S rRNA测序。

MiSeq v2 Reagent Kit

生成的数据量多达7.5 Gb。这款500个循环的试剂盒适用于16S rRNA测序,可以产生多达1500万条read。

使用BaseSpace Apps进行分类学分类

16S Metagenomics

利用Illumina审核的GreenGenes分类数据库对16S rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。

Kraken宏基因组学

使用精准k-mer比对和新颖的分类算法,将分类学标签高度灵敏地快速分配给短DNA序列。

ITS宏基因组学

使用UNITE分类数据库对真菌rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。

MetaPhlAn

宏基因组系统发育分析(MetaPhlAn)工具可利用鸟枪法宏基因组测序数据分析微生物群落组成。

QIIME预处理 

微生物生态学定量研究(QIIME)流程旨在帮助用户利用原始测序数据生成达到出版品质的图片和统计数据。

One Codex

在BaseSpace Sequence Hub使用快速、全面、准确的数据平台快速评估样本,进行宏基因组学分析。

Frequently Purchased Together

鸟枪法宏基因组测序
Bacteria

这种测序方法能够对给定的复杂样本中存在的所有生物体的所有基因进行全面的检测。微生物学家可以利用该方法评估细菌多样性,并检测各种环境中微生物的丰度。

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环境DNA测序
Environmental DNA

eDNA测序是一种研究生物多样性和监测生态系统变化的新兴方法。对于某些样本类型,结合16S或ITS测序与其他方法有助于揭示生态样本中完整的多样性信息。

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iSeq 100系统
iSeq 100系统

iSeq 100系统让新一代测序比以往更简单,也更经济。

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MiSeq系统
MiSeq系统

MiSeq台式测序仪支持靶向测序和微生物基因组应用,测序质量高、数据分析简单和具有云端存储功能。

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Nextera XT和Nextera DNA Flex
Nextera XT和Nextera DNA Flex

为小型基因组、扩增子、质粒和其他应用制备测序文库。

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MiSeq、16S rRNA测序和美国肠道计划
16S rRNA测序和"公众科学利"计划

新一代测序技术使人类微生物组研究成为可能,例如美国肠道计划。

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16S rRNA测序在线讲座
16S rRNA测序在线讲座

详细了解我们的16S rRNA测序演示方案,包括数据可视化和成功案例。

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参考文献
  1. Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bacteriol. 1991;173(2):697–703
  2. Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, et al. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proc Natl Acad Sci. 2012;109(16):6241-6
  3. The Human Microbiome Project Consortium (2012) Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature 486:207–14.
  4. McCafferty J, Mühlbauer M, Gharaibeh RZ, Arthur JC, Perez-Chanona E., et al. (2013) Stochastic changes over time and not founder effects drive cage effects in microbial community assembly in a mouse model. ISME Journal doi: 10.1038/ismej.2013.106.