16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法,可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。基于NGS的ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类,它们都是该应用领域的成熟方法。
原核生物的16S rRNA基因长约1500 bp,包含9个散布在保守区域之间的可变区。16S rRNA的可变区经常用于不同微生物群落的属或种系统进化分类。1 rRNA顺反子的ITS1区域是鉴定宏基因组样本中真菌物种的常用DNA标记。2
16S and Internal Transcribed Spacer (ITS) ribosomal RNA (rRNA) sequencing are common amplicon sequencing methods used to identify and compare bacteria or fungi present within a given sample. NGS-based ITS and 16S rRNA gene sequencing are well-established methods for comparing sample phylogeny and taxonomy from complex microbiomes or environments that are difficult or impossible to study.
The prokaryotic 16S rRNA gene is approximately 1500 bp long, with nine variable regions interspersed between conserved regions. Variable regions of the 16S rRNA gene are frequently used for phylogenetic classification of genus or species in diverse microbial populations.1 The ITS1 region of the rRNA cistron is a commonly used DNA marker for identifying fungal species in metagenomic samples.2
Using the 16S metagenomics workflow with the iSeq 100 System, you can achieve genus-level sensitivity for surveys of bacterial populations.
16S和ITS核糖体RNA NGS方法的一个主要优点是它们提供了一种经济高效的技术,可以鉴定传统方法可能无法发现的菌株。与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。
微生物学家通过16S rRNA NGS可以将菌群宏基因组学研究的灵敏度提升至属水平。使用NGS进行ITS分析可以快速鉴定真菌,有助于我们深入了解真菌微生物组。此外,NGS还能在单次测序运行中分析多个样本。
Illumina提供支持16S和ITS rRNA测序的产品,从文库制备到数据分析和解读。我们演示的工作流程可以帮助您消除实验中的相关猜测。
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多重样本可以提高样本通量。
具有经济实惠,快速且触手可及的测序能力,可在任何实验室进行靶向或小型基因组测序。
快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。
使用BaseSpace Apps进行分类学分类
16S Metagenomics利用Illumina审核的GreenGenes分类数据库对16S rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。
DRAGEN Metagenomics Pipeline进行read物种分类,并提供单个样本和汇总报告。