从复合微生物组或环境中鉴定并比较微生物

NGS提供一种无需培养的方法来鉴定使用其他方法可能无法发现的微生物

16s rRNA测序

16S和ITS rRNA测序(内部转录间隔区核糖体RNA测序)是常用的扩增子测序方法,可用于鉴定和比较给定样本中的细菌或真菌。ITS和16S rRNA基因测序可比较来自复合微生物组或环境中难以研究甚至不可能研究的样本的系统发育和分类,它们都是该应用领域的成熟方法。

使用iSeq 100系统进行16S rRNA测序

通过iSeq 100系统开展16S宏基因组学工作流程,可使菌群研究的灵敏度达到种属水平。

阅读应用说明

与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序(NGS)无需培养即可分析样本中的整个微生物群落。基于NGS的16S和ITS rRNA测序能够在一次测序运行中分析多个样本,微生物学研究人员可以使用这种经济实惠的技术,来鉴定使用传统方法可能无法找到的物种。

真菌测序与分类

利用ITS宏基因组学工作流程可对不同类型的样本中的真菌进行种属水平的检测。

查看PDF

微生物与宏基因组学研究综述

宏基因组学是发展最快的科学学科之一。这篇文档重点介绍了近期发表的在宏基因组学研究中应用Illumina测序技术的文献。

查看PDF
微生物与宏基因组学研究综述

16S和ITS测序研究案例

对口腔微生物进行测序
对口腔微生物进行测序

Saca la Lengua项目使用了16S和18S rRNA测序来鉴定生活在人类口腔中的细菌和真菌。

阅读访谈录
eDNA测序可提供生物多样性的强大视图
eDNA测序可提供生物多样性的强大视图

Michael Bunce博士使用新一代测序和宏条形码方法来研究环境DNA(eDNA)。

阅读访谈录
宏基因组学可以描绘海洋的生物多样性
宏基因组学可以描绘生物多样性

一场史诗般的海洋探险对世界各地的海水样本进行了测序,调查了海洋生态系统中浮游生物的多样性。

阅读访谈录
Environmental DNA Sequencing

eDNA sequencing is a rapidly emerging method for studying biodiversity and monitoring ecosystem changes. For some sample types, using a combination of 16S or ITS sequencing with other approaches can help uncover the full breadth of diversity in an ecological sample.

Learn More
Environmental DNA Sequencing

Illumina提供支持ITS和16S rRNA测序的产品,从文库制备到数据分析和解读。我们演示的工作流程可以帮助您消除实验中的相关猜测。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

Nextera XT v2 Index Kit

多重样本可以提高样本通量。

16S宏基因组学实验方案

演示16S rRNA测序方案。

真菌宏基因组学实验方案

演示ITS rRNA测序方案。

MiSeq系统

快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。

iSeq 100系统

具有经济实惠,快速且触手可及的测序能力,可在任何实验室进行靶向或小型基因组测序。

MiSeq v3 Reagent Kit

改进了测序化学技术,提高了簇密度和读长。这款600个循环的试剂盒非常适合16S rRNA测序。

MiSeq v2 Reagent Kit

生成的数据量多达7.5 Gb。这款500个循环的试剂盒适用于16S rRNA测序,可以产生多达1500万条read。

使用BaseSpace Apps进行分类学分类

16S宏基因组学

利用Illumina审核的GreenGenes分类数据库对16S rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。

Kraken宏基因组学

使用精准k-mer比对和新颖的分类算法,将分类学标签高度灵敏地快速分配给短DNA序列。

ITS宏基因组学

使用UNITE分类数据库对真菌rRNA靶向扩增子read进行分类学分类。

MetaPhlAn

宏基因组系统发育分析(MetaPhlAn)工具可利用鸟枪法宏基因组测序数据分析微生物群落组成。

QIIME预处理 

微生物生态学定量研究(QIIME)流程旨在帮助用户利用原始测序数据生成达到出版品质的图片和统计数据。

One Codex

在BaseSpace Sequence Hub使用快速、全面、准确的数据平台快速评估样本,进行宏基因组学分析。

In Hot Water with Extremophiles
In Hot Water with Extremophiles

Dr Brian Hedlund uses genomics to study the microbes that populate hot springs. His work has uncovered new classes of organisms.

View Video
16S rRNA测序方案
16S rRNA测序方案

查看16S rRNA扩增子测序的演示方案和常见问题,以及来自利用该方案制备的文库和在MiSeq系统上运行产生的示例数据集。

查看实验方案
ITS rRNA测序方案
ITS rRNA测序方案

查看演示实验方案,了解如何分析真菌或宏基因组样本、引物序列以及BaseSpace Sequence Hub的分析工作流程。

查看实验方案
希望收到有关微生物基因组学的快讯、案例研究和信息?请输入您的电子邮箱地址。
MiSeq、16S rRNA测序和美国肠道计划
16S rRNA测序和"公众科学利"计划

新一代测序技术使人类微生物组研究成为可能,例如美国肠道计划。

观看视频
16S rRNA测序在线讲座
16S rRNA测序在线讲座

详细了解我们的16S rRNA测序演示方案,包括数据可视化和成功案例。

观看视频
医院微生物组计划
医院微生物组计划

Jack Gilbert博士介绍了医院获得性微生物感染的动力学。

观看视频