16S核糖体RNA (rRNA) 测序是一种常用的扩增子测序方法，用于鉴定和比较特定样品中存在的细菌。16S rRNA基因测序作为一种成熟的方法，适用于研究复杂微生物组或环境中样品的系统发育和分类，而这些研究之前很难或无法开展。16S研究的数据可改善分类指定的灵敏度和特异性，使其下降到物种的水平。
与毛细管电泳测序或PCR方法不同，新一代测序 (NGS) 是一种无须培养的方法，可实现样品中整个微生物种群的分析，包括鉴定那些利用其他方法未发现的物种。通过在一个测序运行中集合多个样品的能力，微生物学研究人员能够经济高效地开展基于NGS的16S rRNA测序，以鉴定那些利用其他方法未发现的菌株。
目前有多种方法来开展这些实验，但我们建议在流程中的每一步使用这些产品。
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从水、土壤和堆肥样品的微生物中分离可即用于fosmid克隆的宏基因组DNA
从各种环境样品中回收可即用于PCR的DNA。在热去污剂裂解过程之后，通过层析去除与DNA共同提取出的有机抑制剂。
从粪便样品中回收可即用于PCR的DNA。在去污剂裂解过程之后，通过层析去除与DNA共同提取出的小分子抑制剂。
在不到90分钟的时间内制备小型基因组（细菌、古细菌、病毒）、扩增子以及质粒的测序即用文库，而手工操作时间只有15分钟。
Speed and simplicity for targeted and small genome sequencing.
简单易用的桌面式测序仪和试剂，产量达15 Gb。
为16S宏基因组学流程而生成的分析输出文件提供了每个样品序列的分类。关于详细信息，请参见 用户手册
BaseSpace上为16S宏基因组学流程而生成的分析输出文件提供了每个样品序列的分类。关于详细信息，请参见用户手册。.
开源软件包适用于微生物群落的比较和分析，主要是基于高通量的扩增子测序数据。
Greengenes16S rRNA基因数据库和分析工具
分析宏基因组的软件，来自蒂宾根大学。
Ribosomal Database Project (RDP)RDP向科学界提供了核糖体相关的数据和服务，包括在线数据分析以及经过比对和注释的细菌和古细菌小亚基16S rRNA序列。.
