NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment提供了一种经济高效、可靠的解决方案，用于人类全外显子组测序（WES）。本试剂盒提供：
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
高性能、快速、可靠的人类全外显子组测序解决方案，包括全面、最新的外显子组富集panel。
6.5小时
分析时间
约2小时
手动操作时间
50-1,000 ng高质量基因组DNA（如果直接使用血液和唾液样本，请参阅参考指南）
起始量
概述
单一供应商提供的简化工作流程解决方案
该全外显子组测序试剂盒包括文库制备和杂交试剂、纯化/片段选择磁珠和标签。该试剂盒还包括Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel，该panel为公共数据库中报告的变异提供了更高的目标区域覆盖度。
规格
| 分析时间 | 6.5小时 |
|---|---|
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| 内容说明 | 37.5 Mb编码内容（≥99%的RefSeq、CCDS、ClinVar和ACMG致病/可能致病变异，COSMIC癌症基因普查内容），OMIM |
| 说明 | 一种快速、易于使用的文库制备方法，具有富集工作流程，采用具有最新外显子组内容的聚焦富集探针panel，可实现经济高效、可靠的人类全外显子组测序。 |
| 手动操作时间 | 约2小时 |
| 起始量 | 50-1,000 ng高质量基因组DNA（如果直接使用血液和唾液样本，请参阅参考指南） |
| 系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NovaSeq X基因测序仪, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠固化转座酶和杂交捕获化学技术 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 外显子组测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 对多达12重预富集文库混合池进行测试。试剂盒配置支持多达192个样本的多重分析。最多支持384个样本。 |
| 核酸类型 | DNA |
| 在靶read | 根据内部检测的平均性能，约为90% |
| 特殊的样本类型 | 血液, 唾液 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 均一性 | 基于内部测试的平均性能，均一性为≥91%（5 Gb、20x下的覆盖度%） |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 生殖系变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
需要的产品
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment试剂盒包括文库制备、富集、富集探针panel、纯化磁珠和标签接头试剂。如果愿意，请选择不同的标签集。
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel是可选的固定内容插入panel，可对线粒体DNA变异进行富集和测序。
对于直接血液输入，需要使用Flex Lysis Reagent Kit。
Infinium MIDI Heatblock Insert适用于SciGene HybEx Microheating系统，是富集步骤所必需的。
/
结果
应用
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment是一款快速、全面的端到端全外显子组测序解决方案，支持从样本到报告的全程分析。
工作流程示例
制备
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
分析
Illumina Connected Insights——体细胞
仅在部分国家/地区上市。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| NextSeq 2000系统 | 每次运行的样本数（按流动槽类型）：P2：19，P3：57（基于50×平均靶标覆盖度、4200万条read、4.2 Gb数据） |
2 × 101 bp |
| NovaSeq 6000系统 | 每次运行的样本数（按流动槽类型）：SP：34，S1：69，S2：176，S4：428（基于50×平均靶标覆盖度、4200万条read、4.2 Gb数据）。注：S4：428，需要NovaSeq Xp工作流程或其他标签。 |
2 × 101 bp |
相关应用和方法
其他人如何使用该产品
比较
| Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment | Illumina DNA Prep with Enrichment | |
|---|---|---|
| 分析时间 | 6.5小时 | 约6.5小时 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 |
| 内容说明 | 37.5 Mb编码内容（≥99%的RefSeq、CCDS、ClinVar和ACMG致病/可能致病变异，COSMIC癌症基因普查内容），OMIM |
外显子组：45 Mb外显子内容（≥ 98%的RefSeq、CCDS和Ensembl编码内容）。 定制：0.5-15 Mb目标基因组内容。 固定基因集panel：内容因panel而异。 |
| 说明 | 一种快速、易于使用的文库制备方法，具有富集工作流程，采用具有最新外显子组内容的聚焦富集探针panel，可实现经济高效、可靠的人类全外显子组测序。 | 在约6.5小时内，从低DNA起始量和各种样本类型中制备用于各种实验的测序文库，包括全外显子组、定制和固定panel靶向测序。 |
| 手动操作时间 | 约2小时 | 约2小时, 约2小时 |
| 起始量 | 50-1,000 ng高质量基因组DNA（如果直接使用血液和唾液样本，请参阅参考指南） | 10 -1000 ng高质量基因组DNA或50-1000 ng FFPE DNA。（对于血液和唾液样本，请参阅参考指南）。 |
| 系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NovaSeq X基因测序仪, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NovaSeq X基因测序仪, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠固化转座酶和杂交捕获化学技术 | 磁珠固化转座酶和杂交捕获化学技术 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 外显子组测序, 靶向富集 | 定制测序, 靶向DNA测序, 外显子组测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 对多达12重预富集文库混合池进行测试。试剂盒配置支持多达192个样本的多重分析。最多支持384个样本。 | 多达384个可用的唯一双标签。对多达12重预富集文库混合池进行测试。 |
| 核酸类型 | DNA | DNA |
| 在靶read | 根据内部检测的平均性能，约为90% | 外显子组panel≥85%（来自示例数据集的结果；实际性能可能有所不同） |
| 特殊的样本类型 | 血液, 唾液 | 血液, 低起始量样本, FFPE组织, 唾液 |
| 物种 | 人 | 其他, 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 均一性 | 基于内部测试的平均性能，均一性为≥91%（5 Gb、20x下的覆盖度%） | ≥90%（4 Gb、20x下的覆盖度%；对于外显子组panel） |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 生殖系变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 生殖系变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
选择工具：
寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。
图
Exome 2.5 Panel性能提升
使用Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment和随附的1.5小时或16小时杂交时间的Exome 2.5 Panel或1.5小时杂交时间的Illumina Exome Panel（IEP，20020183）构建文库并进行富集。在NovaSeq 6000系统上对富集文库进行测序，并使用DRAGEN Enrichment App进行分析。
在计算机环境中实现高数据库目标覆盖率
将Exome 2.5 Panel和Exome Panel的平台文件与列出的公共数据库进行比较，确定并报告重叠百分比。
在公共数据库中出色地覆盖疾病相关变异
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment使用1.5小时（橙色）或16小时（蓝色）的杂交时间，在公共数据库中≥20×的靶标上显示出较高的平均覆盖度百分比。
相关资源
外显子组试剂盒 (2)
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment, (S) Tagmentation Set B（96样本，12重）
20077595
包括Illumina DNA Prep with Enrichment文库制备和富集试剂、Twist Bioscience for Illumina Exome 2.0 Plus Panel、Illumina Purification Beads和IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B、用于96个文库全外显子组富集的酶切法片段化（8次12重富集反应）。
Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment, (S) Tagmentation Set D（96样本，12重）
20077596
包括Illumina DNA Prep with Enrichment文库制备和富集试剂、Twist Bioscience for Illumina Exome 2.0 Plus Panel、Illumina Purification Beads和IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D、用于96个文库全外显子组富集的酶切法片段化（8次12重富集反应）。
Panel (1)
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel
20093180
包括Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel，32 μL试剂，用于96个样本（8次杂交反应，每次反应12个样本）。该panel可与Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment Kit中的Exome 2.0 Plus Panel搭配使用，用于从全基因组文库中同时富集人类外显子组和线粒体DNA。Mitochondrial Panel作为Exome 2.0 Plus Panel产品的配件出售。
配套产品 (8)
Flex Lysis Reagent Kit（96次反应）
20018706
包含使用Illumina DNA Prep和Illumina DNA Prep with Enrichment处理血液样本的试剂。单独购买文库制备、富集、富集探针panel和标签接头试剂。
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation（96标签，96样本）
20091654
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091656
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091658
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091660
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
Infinium MIDI Heatblock Insert
BD-60-601
Nextera Flex for Enrichment杂交步骤所需的SciGene Hybex微型加热系统的加热插块。
Illumin纯化磁珠, 100mL
20060057
包含一个100 mL微珠容器，用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。
Illumina纯化磁珠, 400mL
20060058
包含四个100 mL微珠容器，用于文库纯化和大小选择。单独购买文库制备和富集试剂、探针panel和标签。
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常见问题解答
是的，可以使用10-49 ng的gDNA起始量。但是，本实验方案不对最终的预富集文库产量进行均一化＜50 ng，因此需要在富集前后对文库进行定量和均一化。
本方案已通过EDTA采集管中采集的新鲜血液进行了验证。可以使用其他抗凝剂，但使用此试剂盒时无法保证。
本实验方案已使用唾液（仅针对使用Oragene DNA唾液采集管采集的唾液）进行了验证。
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel是可选的固定内容panel，用于覆盖线粒体基因组（chrM）的16，659个碱基对（bp）和37个基因，并允许线粒体DNA（mtDNA）变异的富集和测序。将此panel用作Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment实验方案中的插入panel，并将ChrM的覆盖度添加到您的实验中。
以前称为Illumina DNA Prep with Exome 2.0 Plus Enrichment的产品现在称为Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment（货 号20077595和20077596）。外显子组panel寡核苷酸没有变化，但包含的标签已更新为 Illumina DNA/RNA UD Indexes。
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结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
提供90分钟的工作流程，以较低的DNA起始量要求制备用于小型基因组、PCR扩增子、质粒和cDNA测序的DNA文库。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
Illumina DNA Prep with Enrichment
适用于广泛应用的完整靶向重测序解决方案，具有快速、集成的工作流程以及定制和固定富集panel选项。
TruSight Hereditary Cancer Panel
评估与遗传癌症风险倾向相关的113个基因和125个SNP的生殖系突变的靶向测序panel。
Illumina UD Indexes
唯一双（UD）标签能够制备可多重分析的高质量文库，从而提高通量并节省成本。
Illumina RNA Prep with Enrichment
快速、集成的工作流程，针对各种样本类型和RNA起始量生成富集并标记的测序文库。
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