
NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
全面的新一代测序(NGS)检测,靶向170个实体瘤相关基因。
分析时间
手动操作时间
起始量
包含NextSeq 500/550 v2测序试剂的TruSight Tumor 170试剂盒(商品目录号:OP-101-1003和20018621)已停产。推荐使用包含NextSeq v2.5 Reagents的TruSight Tumor 170 Kit(商品目录号:20028821)作为替代产品。包含Watson for Genomics的TruSight Tumor 170 Kit(商品目录号:20018622)也已停产。如果您需要该分析,请直接与IBM继续合作。因美纳始终致力于为您提供高质量的支持和服务。
TruSight Tumor 170是一种NGS检测方法,可评估170个与常见实体瘤相关的基因。
高效的单次检测可利用来自单个样本的DNA和RNA评估多种变异类型,从而节省宝贵的组织、时间和资源。本产品内容由专家循证选定,全面覆盖了对最有可能在肿瘤发生中起作用的变异,以供研究人员使用。
DNA和RNA文库可同时制备、测序和分析,实现多种类型的体细胞变异的高效评估。
使用BaseSpace Sequence Hub上的TruSight Tumor 170 App进行测序数据分析和管理。允许使用基于Docker的软件进行本地二级分析。
分析时间 | 约2天 |
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自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
癌症类型 | 实体瘤 |
内容说明 | 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失,59个基因中的扩增,以及55个基因中的融合和剪接变异。 |
说明 | 利用DNA和RNA的变异检出信息,在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 |
手动操作时间 | 约10.5小时 |
起始量 | 40 ng DNA和/或RNA |
系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 500系统, HiSeq 2500 |
方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
多重分析 | 使用两个标签集,DNA可重达32重,RNA可重达16重 |
核酸类型 | DNA, RNA |
特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 |
物种 | 人 |
技术 | Illumina测序 |
变异类别 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) |
需要使用NextSeq 500/550 v2.5试剂和Pierian解读软件。
TruSight Tumor 170可高效全面覆盖单个FFPE样本中RNA和DNA中的癌症相关变异(小变异、扩增、剪接变异和融合)。
仪器 | Recommended number of samples | Read length |
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NextSeq 550 System | 每次运行的样本数(高通量):16(8个DNA样本和8个RNA样本),10(DNA样本),16(RNA样本) |
2 × 101 bp(建议最大) |
TruSight Tumor 170 | TruSight Oncology 500 High-Throughput(大样本量方案) | TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | ||
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分析时间 | 约2天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从纯化核酸到变异报告,<4天 | |
自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | ||
癌症类型 | 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | |
内容说明 | 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失,59个基因中的扩增,以及55个基因中的融合和剪接变异。 | 靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA,panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 | 对来自523个基因的DNA和来自55个基因的RNA进行靶向测序,总panel大小为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 可选的TruSight Oncology 500 HRD试剂盒(日本不可用)内容包括约25K SNP的覆盖度,可通过Myriad Genetics支持的全面基因组不稳定性评分(LOH+TAI+LST)评估同源重组缺陷。 |
靶向选择523个基因(完整编码序列),panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度:TMB和MSI • 指南覆盖范围:广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围:600多项临床试验(基于Pierian临床知识库,截至2023年2月) |
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说明 | 利用DNA和RNA的变异检出信息,在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 | 一种高通量的综合NGS检测方法,利用NovaSeq 6000系统或NovaSeq 6000Dx仪器(研究模式),通过简化的工作流程鉴定指南和>1K临床试验中的关键生物标志物。覆盖免疫肿瘤学生物标志物MSI和TMB。 | 该检测能够对FFPE组织进行全面的基因组分析,并在NextSeq 550系统或NextSeq 550Dx仪器(研究模式)上运行,一次最多可批量处理8个样本。 | 通过液体活检样本(血浆中的ctDNA)的全景基因组图谱分析,提供了一种非侵入性方法,用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP,提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 | |
手动操作时间 | 约10.5小时 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
文库制备和富集约2.5小时 | |
起始量 | 40 ng DNA和/或RNA | 40 ng DNA和/或40–80 ng RNA | 40 ng DNA和/或40 ng RNA | 20 ng cfDNA(4 mL血浆) | |
系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 500系统, HiSeq 2500 | 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000系统 | NextSeq 550系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NextSeq 500系统 | NovaSeq 6000系统 | |
方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向富集 | |
多重分析 | 使用两个标签集,DNA可重达32重,RNA可重达16重 | 多达16重(SP流动槽)、32重(S1流动槽)、72重(S2流动槽)和192重(S4流动槽) | 多达8重 | 在S2上可进行8重分析,在S4上可进行24重分析(使用Xp-4 Lane工作流程,最多16个标签) | |
核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA | |
特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 | 循环肿瘤DNA, 血液 | |
物种 | 人 | 人 | 人 | 人 | |
技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | |
变异类别 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) | 基因融合, 体细胞变异, 新型转录本, 结构变异, 转录本变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) | 基因融合, 转录本变异, 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV), 杂合性缺失(LOH), 体细胞变异, 新型转录本, 单核苷酸多态性(SNP), 结构变异 | 单核苷酸位点变异(SNV), 插入缺失(indel), 拷贝数变异(CNV) |
寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。
TruSight tumor 170靶向170个基因中当前RefSeq数据库1的所有编码外显子。这些基因和基因区域覆盖55个基因融合和剪接变异体、148个SNV和插入缺失以及59个扩增。
在cDNA合成步骤(RNA)和剪切步骤(DNA)之后,DNA和RNA样本遵循相同的工作流程。
使用TruSight Tumor 170提取并评估来自不同质量FFPE样本的DNA,并在NextSeq 500系统上测序。使用qPCR评估样本质量,以测量DNA扩增潜力。ΔCq值表示每个DNA样本的循环阈值(Ct)减去DNA标准品的Ct值。
了解单次检测如何同时检测DNA和RNA,以最大限度地提高单个FFPE样本的产出。
TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)
OP-101-1004
该试剂盒包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材,能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。
TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)
20028821
包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材,能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。
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在文库制备和富集过程中,DNA和RNA样本在样本剪切(DNA)和cDNA合成(RNA)后会经历相同的工作流程。这样可以同时处理DNA和RNA样本。然后,可以在同一个测序运行中对DNA和RNA文库进行测序。
TruSight Tumor 170试剂盒中不包含提取试剂。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit(货号80234)已证明与本检测的其他提取方法相比,核酸产量高。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit包含RNA提取过程中的DNase I消化步骤。您可以自行决定选择其他市售提取试剂盒。
TruSight Tumor 170的性能已在NextSeq 500和NextSeq 550系统以及HiSeq 2500系统上以快速运行模式进行了验证。
Illumina建议添加至少40 ng DNA或RNA。对于高度降解的样本,最多可使用120 ng DNA和85 ng RNA来提高检测性能。
覆盖度可能因样本质量和多重分析水平而异。请查看TruSight Tumor 170应用程序为每次分析生成的DNA_SampleMetricsReport.txt和RNA_SampleMetricsReport.txt文件。此报告包含一个指标,表示覆盖度>100×的碱基百分比。使用8个高质量DNA和8个高质量RNA样本(16个文库)进行的测序运行表明,在100倍覆盖度下,碱基≥99%。
使用BaseSpace Sequence Hub云环境中提供的TruSight Tumor 170应用程序或本地Docker应用程序来分析TruSight Tumor 170文库。
参考文献:
1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. NCBI的参考序列(RefSeq)数据库:当前状态、分类扩展和功能注释。核酸 Res. 2016;44(D1):D733-45。
doi:10.1093/nar/gkv1189
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