NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
TruSight Tumor 170是一种NGS检测方法，可评估170个与常见实体瘤相关的基因。
TruSight Tumor 170
全面的新一代测序（NGS）检测，靶向170个实体瘤相关基因。
约2天
分析时间
约10.5小时
手动操作时间
40 ng DNA和/或RNA
起始量
包含NextSeq 500/550 v2测序试剂的TruSight Tumor 170试剂盒（商品目录号：OP-101-1003和20018621）已停产。推荐使用包含NextSeq v2.5 Reagents的TruSight Tumor 170 Kit（商品目录号：20028821）作为替代产品。包含Watson for Genomics的TruSight Tumor 170 Kit（商品目录号：20018622）也已停产。如果您需要该分析，请直接与IBM继续合作。因美纳始终致力于为您提供高质量的支持和服务。
概述
全面覆盖癌症相关变异
高效的单次检测可利用来自单个样本的DNA和RNA评估多种变异类型，从而节省宝贵的组织、时间和资源。本产品内容由专家循证选定，全面覆盖了对最有可能在肿瘤发生中起作用的变异，以供研究人员使用。
DNA和RNA的合并工作流程
DNA和RNA文库可同时制备、测序和分析，实现多种类型的体细胞变异的高效评估。
简化的数据分析
使用BaseSpace Sequence Hub上的TruSight Tumor 170 App进行测序数据分析和管理。允许使用基于Docker的软件进行本地二级分析。
规格
| 分析时间 | 约2天 |
|---|---|
| Automation details | 探索可用的自动化方法 |
| 癌症类型 | 实体瘤 |
| 内容说明 | 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。 |
| 说明 | 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 |
| 手动操作时间 | 约10.5小时 |
| 起始量 | 40 ng DNA和/或RNA |
| 系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 500系统, HiSeq 2500 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重 |
| 核酸类型 | DNA, RNA |
| 特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
需要的产品
需要使用NextSeq 500/550 v2.5试剂和Pierian解读软件。
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结果
应用
TruSight Tumor 170可高效全面覆盖单个FFPE样本中RNA和DNA中的癌症相关变异（小变异、扩增、剪接变异和融合）。
工作流程示例
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| NextSeq 550系统 | 每次运行的样本数（高通量）：16（8个DNA样本和8个RNA样本），10（DNA样本），16（RNA样本） |
2 × 101 bp（建议最大） |
相关应用和方法
其他人如何使用该产品
文档
产品资料
Support documentation
- TG VeriSeq NIPT Solution v2 RUO Assay Software Release Notes
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- HiSeq Systems Denature and Dilute Libraries Guide
- TG VeriSeq NIPT Solution v2 RUO Product Documentation
- TruSight Tumor 170支持文档
- 全部 TruSight Tumor 170 Kit Support
- 全部 TruSight Tumor 170 Support
比较
| TruSight Tumor 170 | TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案） | TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | |
|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 约2天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从纯化核酸到变异报告，＜4天 |
| Automation details | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | |
| 癌症类型 | 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 | 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。 | 靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA，panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 | 对来自523个基因的DNA和来自55个基因的RNA进行靶向测序，总panel大小为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 可选的TruSight Oncology 500 HRD试剂盒（日本不可用）内容包括约25K SNP的覆盖度，可通过Myriad Genetics支持的全面基因组不稳定性评分（LOH+TAI+LST）评估同源重组缺陷。 |
靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI • 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月） |
| 说明 | 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 | 一种高通量的综合NGS检测方法，利用NovaSeq 6000系统或NovaSeq 6000Dx仪器（研究模式），通过简化的工作流程鉴定指南和>1K临床试验中的关键生物标志物。覆盖免疫肿瘤学生物标志物MSI和TMB。 | 该检测能够对FFPE组织进行全面的基因组分析，并在NextSeq 550系统或NextSeq 550Dx仪器（研究模式）上运行，一次最多可批量处理8个样本。 | 通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 |
| 手动操作时间 | 约10.5小时 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
文库制备和富集约2.5小时 |
| 起始量 | 40 ng DNA和/或RNA | 40 ng DNA和/或40–80 ng RNA | 40 ng DNA和/或40 ng RNA | 20 ng cfDNA（4 mL血浆） |
| 系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 500系统, HiSeq 2500 | 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000系统 | NextSeq 550系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NextSeq 500系统 | NovaSeq 6000系统 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重 | 多达16重（SP流动槽）、32重（S1流动槽）、72重（S2流动槽）和192重（S4流动槽） | 多达8重 | 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签） |
| 核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA |
| 特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 | 循环肿瘤DNA, 血液 |
| 物种 | 人 | 人 | 人 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 基因融合, 体细胞变异, 新型转录本, 结构变异, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 基因融合, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 新型转录本, 单核苷酸多态性（SNP）, 结构变异 | 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI） |
选择工具：
寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。
图
TruSight Tumor 170检测中的基因内容
TruSight tumor 170靶向170个基因中当前RefSeq数据库1的所有编码外显子。这些基因和基因区域覆盖55个基因融合和剪接变异体、148个SNV和插入缺失以及59个扩增。
组合文库制备工作流程
在cDNA合成步骤（RNA）和剪切步骤（DNA）之后，DNA和RNA样本遵循相同的工作流程。
FFPE样本的目标覆盖度
使用TruSight Tumor 170提取并评估来自不同质量FFPE样本的DNA，并在NextSeq 500系统上测序。使用qPCR评估样本质量，以测量DNA扩增潜力。ΔCq值表示每个DNA样本的循环阈值（Ct）减去DNA标准品的Ct值。
相关资源
TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)
OP-101-1004
该试剂盒包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。
List Price:
Discounts:
TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)
20028821
包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。
List Price:
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常见问题解答
在文库制备和富集过程中，DNA和RNA样本在样本剪切（DNA）和cDNA合成（RNA）后会经历相同的工作流程。这样可以同时处理DNA和RNA样本。然后，可以在同一个测序运行中对DNA和RNA文库进行测序。
TruSight Tumor 170试剂盒中不包含提取试剂。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（货号80234）已证明与本检测的其他提取方法相比，核酸产量高。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit包含RNA提取过程中的DNase I消化步骤。您可以自行决定选择其他市售提取试剂盒。
TruSight Tumor 170的性能已在NextSeq 500和NextSeq 550系统以及HiSeq 2500系统上以快速运行模式进行了验证。
Illumina建议添加至少40 ng DNA或RNA。对于高度降解的样本，最多可使用120 ng DNA和85 ng RNA来提高检测性能。
覆盖度可能因样本质量和多重分析水平而异。请查看TruSight Tumor 170应用程序为每次分析生成的DNA_SampleMetricsReport.txt和RNA_SampleMetricsReport.txt文件。此报告包含一个指标，表示覆盖度＞100×的碱基百分比。使用8个高质量DNA和8个高质量RNA样本（16个文库）进行的测序运行表明，在100倍覆盖度下，碱基≥99%。
使用BaseSpace Sequence Hub云环境中提供的TruSight Tumor 170应用程序或本地Docker应用程序来分析TruSight Tumor 170文库。
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结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，经过优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
NextSeq 500/550 v2.5试剂盒
与早期版本相比，v2.5试剂盒使用弹性流动槽，可保持起始荧光强度，具有更高的稳定性和性能。
TruSight Hereditary Cancer Panel
评估与遗传癌症风险倾向相关的113个基因和125个SNP的生殖系突变的靶向测序panel。
TruSight RNA Fusion Panel
全面的基因融合检测，覆盖来自FFPE和其他癌症研究样本的507个基因。
TruSight RNA Pan-Cancer Panel
靶向1385个癌症基因进行基因表达、变异和融合检测研究，适用于多种RNA样本类型，包括血液、骨髓和FFPE组织。
参考文献：
1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. NCBI的参考序列（RefSeq）数据库：当前状态、分类扩展和功能注释。核酸 Res. 2016；44（D1）：D733-45。
doi：10.1093/nar/gkv1189
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