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TruSight Tumor 170

全面的新一代测序（NGS）检测，靶向170个实体瘤相关基因。

约2天

分析时间

约10.5小时

手动操作时间

40 ng DNA和/或RNA

起始量

详情请参见规格表

包含NextSeq 500/550 v2测序试剂的TruSight Tumor 170试剂盒（商品目录号：OP-101-1003和20018621）已停产。推荐使用包含NextSeq v2.5 Reagents的TruSight Tumor 170 Kit（商品目录号：20028821）作为替代产品。包含Watson for Genomics的TruSight Tumor 170 Kit（商品目录号：20018622）也已停产。如果您需要该分析，请直接与IBM继续合作。因美纳始终致力于为您提供高质量的支持和服务。

概述

TruSight Tumor 170是一种NGS检测方法，可评估170个与常见实体瘤相关的基因。

  • 可在一次检测中使用DNA和RNA评估融合、剪接变异、插入/缺失（indel）、单核苷酸位点变异（SNV）以及扩增

  • 只需起始量为40 ng的DNA和RNA，即能检测等位基因频率低至5%的变异

  • 可从高和低质量FFPE样本中可靠地检出小变异，得到高质量结果

全面覆盖癌症相关变异

高效的单次检测可利用来自单个样本的DNA和RNA评估多种变异类型，从而节省宝贵的组织、时间和资源。本产品内容由专家循证选定，全面覆盖了对最有可能在肿瘤发生中起作用的变异，以供研究人员使用。

DNA和RNA的合并工作流程

DNA和RNA文库可同时制备、测序和分析，实现多种类型的体细胞变异的高效评估。

简化的数据分析

使用BaseSpace Sequence Hub上的TruSight Tumor 170 App进行测序数据分析和管理。允许使用基于Docker的软件进行本地二级分析。 

规格

分析时间 约2天
自动化详情 探索可用的自动化方法
癌症类型 实体瘤
内容说明 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。
说明 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。
手动操作时间 约10.5小时
起始量 40 ng DNA和/或RNA
系统 NextSeq 550测序仪, NextSeq 500测序仪, HiSeq 2500
方法 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集
多重分析 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重
核酸类型 DNA, RNA
特殊的样本类型 低起始量样本, FFPE组织
物种 人
技术 Illumina测序
变异类别 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）

需要的产品

需要使用NextSeq 500/550 v2.5试剂和Pierian解读软件。

/ 结果

应用

TruSight Tumor 170可高效全面覆盖单个FFPE样本中RNA和DNA中的癌症相关变异（小变异、扩增、剪接变异和融合）。

工作流程示例

1
制备
2
测序
3
分析
Pierian Clinical Genomics Workspace软件

应用说明

使用TruSight Oncology UMI试剂和TruSight Tumor 170 DNA内容检测游离DNA中的低频变异
AACR 2017：TruSight Tumor 170和实体瘤分析 FFPE样本的分析性能
AACR 2017：TruSight Tumor 170用于FFPE DNA样本中的小核苷酸变异和基因扩增
AACR 2017：TruSight Tumor 170，用于FFPE RNA肿瘤样本中的融合和剪接变异

项目建议

仪器 推荐的样本数 读长
NextSeq 550测序仪

每次运行的样本数（高通量）：16（8个DNA样本和8个RNA样本），10（DNA样本），16（RNA样本）

2 × 101 bp（建议最大）

相关应用和方法

实体瘤分析

新一代测序（NGS）提供了一种全面的方法来评估大部分与实体瘤相关的基因。

用于药物开发的NGS

因美纳为药物开发过程中的多个阶段提供一系列创新的NGS系统、产品和服务。

其他人如何使用该产品
准确鉴定癌症生物标志物为个性化医疗铺平了道路
Almac利用TruSight Tumor 170

文档

产品资料
Support documentation

比较

TruSight Tumor 170 TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案） TruSight Oncology 500 v2 TruSight Oncology 500 ctDNA v2
分析时间 约2天 4-5天完成从样本起始到最终结果的整个流程 3-4天完成从样本起始到最终结果的整个流程 从纯化核酸到出具变异报告仅需 3–4 天
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
癌症类型 实体瘤 泛癌种, 实体瘤 泛癌种 泛癌种, 实体瘤
内容说明 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。 靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA，panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。  对523个基因的DNA和55个基因的RNA进行靶向测序，panel总共1.94 Mb。包括MSI和TMB检测。  整合的HRD检测panel † 覆盖约25,000个SNP，可通过由Myriad Genetics提供支持的综合基因组不稳定性评分（LOH+TAI+LST）来评估同源重组修复缺陷。

†日本尚不支持购买TruSight Oncology 500 v2 		• 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI
• 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南
• 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月）
说明 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 使用NextSeq™ 1000测序仪、NextSeq™ 2000测序仪、NovaSeq™ 6000测序仪、NovaSeq™ 6000Dx仪器（研究模式）或NovaSeq™ X系列，通过一体化的工作流程进行高通量全面NGS检测，以识别指南和1000多项临床试验中的关键生物标志物。包括免疫肿瘤学生物标志物TMB和MSI的覆盖范围。 可利用FFPE组织中的DNA和RNA对实体瘤进行全景变异分析。通过单个样本实现实现变异检测和生物标志物评估，以进行广泛的肿瘤特征分析。
为液体活检样本（血浆ctDNA）的全景变异分析提供了一种非侵入性的研究方法。这种液体活检方法使用微创样本采集方法补充基于组织的CGP，从而提供了关于肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。
手动操作时间 约10.5小时 自动工作流程约2.5小时
手动工作流程约10.5小时 		手动工作流程约7小时 自动化流程约 1.5 小时
手动流程约 2.5 小时
起始量 40 ng DNA和/或RNA 40 ng DNA和/或40–80 ng RNA 30 ng DNA（最低10 ng），40 ng RNA（最低20 ng） 20 ng cfDNA（4 mL血浆）
系统 NextSeq 550测序仪, NextSeq 500测序仪, HiSeq 2500 NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, NovaSeq X测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 NovaSeq X测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪
方法 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 靶向DNA测序, 靶向富集
多重分析 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重 NextSeq 1000 和 2000：P2 流动槽 8 个样本，P3 流动槽 24 个样本，P4 流动槽 36 个样本。
NovaSeq X 系列 *：1.5B 试剂盒 32 个样本，10B 试剂盒 192 个样本，25B 试剂盒 480 个样本。 		NextSeq 550/Dx：8样本/运行。 NextSeq™ 1000和2000：P2流动槽运行8样本，P3流动槽24样本，P4流动槽36样本。 NovaSeq™ 6000/Dx：SP流动槽运行16样本，S1流动槽32样本，S2流动槽72样本，S4流动槽192样本。 NovaSeq X/X Plus：1.5B卡盒分析32样本，10B卡盒192样本，25B卡盒480样本。 NovaSeq X 系列测序仪：1.5 B 流动槽可测 4 个样本，10 B 流动槽可测 24 个样本。
NovaSeq 6000 测序仪：S2 流动槽可测 8 个样本，S4 流动槽可测 24 个样本，最大支持 192 个标签。
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
特殊的样本类型 低起始量样本, FFPE组织 FFPE组织 FFPE组织 循环肿瘤DNA, 血液
物种 人 人 人 人
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） 基因融合, 体细胞变异, 新型转录本, 结构变异, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） 基因融合, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 新型转录本, 单核苷酸多态性（SNP）, 结构变异 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI）

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

TruSight Tumor 170检测中的基因内容

TruSight tumor 170靶向170个基因中当前RefSeq数据库1的所有编码外显子。这些基因和基因区域覆盖55个基因融合和剪接变异体、148个SNV和插入缺失以及59个扩增。

组合文库制备工作流程

在cDNA合成步骤（RNA）和剪切步骤（DNA）之后，DNA和RNA样本遵循相同的工作流程。

FFPE样本的目标覆盖度

使用TruSight Tumor 170提取并评估来自不同质量FFPE样本的DNA，并在NextSeq 500系统上测序。使用qPCR评估样本质量，以测量DNA扩增潜力。ΔCq值表示每个DNA样本的循环阈值（Ct）减去DNA标准品的Ct值。

相关资源

缩略图
去除癌症的面纱：TruSight Tumor 170基因panel

了解单次检测如何同时检测DNA和RNA，以最大限度地提高单个FFPE样本的产出。

TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)

OP-101-1004

该试剂盒包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。

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TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)

20028821

包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。

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常见问题解答

在文库制备和富集过程中，DNA和RNA样本在样本剪切（DNA）和cDNA合成（RNA）后会经历相同的工作流程。这样可以同时处理DNA和RNA样本。然后，可以在同一个测序运行中对DNA和RNA文库进行测序。

TruSight Tumor 170试剂盒中不包含提取试剂。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（货号80234）已证明与本检测的其他提取方法相比，核酸产量高。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit包含RNA提取过程中的DNase I消化步骤。您可以自行决定选择其他市售提取试剂盒。

TruSight Tumor 170的性能已在NextSeq 500和NextSeq 550系统以及HiSeq 2500系统上以快速运行模式进行了验证。

Illumina建议添加至少40 ng DNA或RNA。对于高度降解的样本，最多可使用120 ng DNA和85 ng RNA来提高检测性能。

覆盖度可能因样本质量和多重分析水平而异。请查看TruSight Tumor 170应用程序为每次分析生成的DNA_SampleMetricsReport.txt和RNA_SampleMetricsReport.txt文件。此报告包含一个指标，表示覆盖度＞100×的碱基百分比。使用8个高质量DNA和8个高质量RNA样本（16个文库）进行的测序运行表明，在100倍覆盖度下，碱基≥99%。

使用BaseSpace Sequence Hub云环境中提供的TruSight Tumor 170应用程序或本地Docker应用程序来分析TruSight Tumor 170文库。

/ 结果

NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq v3试剂盒

与早期版本相比，经过优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500 v2

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的关键生物标志物（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌种panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

NextSeq 500/550 v2.5试剂盒

与早期版本相比，v2.5试剂盒使用弹性流动槽，可保持起始荧光强度，具有更高的稳定性和性能。

TruSight Oncology 500 v2

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的关键生物标志物（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌种panel实现CGP。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel

靶向1385个癌症基因进行基因表达、变异和融合检测研究，适用于多种RNA样本类型，包括血液、骨髓和FFPE组织。

参考文献： 

1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. NCBI的参考序列（RefSeq）数据库：当前状态、分类扩展和功能注释。核酸 Res. 2016；44（D1）：D733-45。

 doi：10.1093/nar/gkv1189

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