NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2是一种泛癌种NGS检测，能够对血浆中的循环肿瘤DNA（ctDNA）进行内部全景变异分析（CGP），用于研究。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2
使用能够检测血浆中ctDNA的关键IO基因特征（TMB、MSI）以及所有主要变异类别的泛癌panel进行CGP分析。
从纯化核酸到变异报告，＜4天
分析时间
文库制备和富集约2.5小时
手动操作时间
20 ng cfDNA（4 mL血浆）
起始量
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产品在该区域是否可用
概述
*部分国家/地区上市。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
支持使用全面的产品组合进行CGP
利用TruSight Oncology 500产品线识别可干预变异。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2
分析血浆中的循环肿瘤DNA（ctDNA），DNA panel内容与TruSight Oncology 500相似。
评估FFPE肿瘤组织中的相关DNA和RNA癌症生物标志物（现可通过配套试剂盒支持检测HRD），可评估基因组不稳定性评分（GIS）。†
TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案）检测
使用与TruSight Oncology 500相同的panel内容和组织起始量类型时，一次最多可批量处理192个样本。
†HRD仅适用于在TruSight Oncology 500试剂盒中加入TruSight Oncology 500 HRD试剂盒的情况。暂未在日本推出。
规格
| 分析灵敏度 | ≥ 95%（小变异，≥ 0.5% VAF） |
|---|---|
| 分析特异性 | ≥99.995%（小变异，≥ 0.5% VAF） |
| 分析时间 | 从纯化核酸到变异报告，＜4天 |
| 癌症类型 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 |
靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI • 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月） |
| 说明 | 通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 |
| 基因计数 | 523个基因的DNA |
| 手动操作时间 | 文库制备和富集约2.5小时 |
| 起始量 | 20 ng cfDNA（4 mL血浆） |
| 系统 | NovaSeq 6000系统 |
| 作用机制 | 杂交捕获化学试剂 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签） |
| 核酸类型 | DNA |
| 特殊的样本类型 | 循环肿瘤DNA, 血液 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI） |
需要的产品
要运行 TruSight Oncology 500 ctDNA v2，您需要：
- TruSight Oncology 500 ctDNA v2试剂盒（带或不带Velsera）
- NovaSeq 6000基因测序仪
- NovaSeq 6000试剂盒，根据通量需求提供不同的流动槽选项。可选：NovaSeq Xp工作流程灵活地独立装载每个流动槽通道。
要使用DRAGEN流程进行分析，您需要：
- 用于本地分析的DRAGEN服务器许可证，或
- Illumina Connected Analytics订阅和用于云端分析的iCredit
要生成最终变异报告，您需要：
- Illumina Connected Insights*或
- Velsera Clinical Genomics Workspace† 或
- 其他商业选项
* 并非所有国家/地区均提供。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
† Velsera原名为Pierian。其他商业选项也可用。
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结果
应用
工作流程示例
制备
TruSight Oncology 500 ctDNA v2检测
*Novaseq X和NovaSeq 6000Dx（RUO模式）兼容性将于2024年推出。
†并非所有国家/地区均提供。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| NovaSeq 6000系统 | 每次运行24个样本（S4流动槽），800 M双端read，35,000x覆盖度 |
2 × 150 bp |
| NovaSeq 6000系统 | 每次运行8个样本（S2流动槽），800 M双端read，35,000x覆盖度 |
2 × 150 bp |
相关应用和方法
新一代测序提供了对肿瘤分子基础的深入了解，可以帮助推进个性化医疗的前景。
我们的临床癌症研究解决方案能提供准确的基因组信息，让实验室能够在单次检测中分析多个基因。
文档
产品资料
支持文档
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.6 Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Product Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v1.2 on ICA
- TruSight Oncology 500 ctDNA Checklist
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.5 Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.1.1 on ICA Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA Consumables & Equipment
- TruSight Oncology 500 ctDNA Reference Guide
- DRAGEN Analysis Workflows Product Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v1.2 Documentation
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Local Analysis Software v2.1 Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA v1.1 Local Analysis Software Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA支持文档
- 全部 TruSight Oncology 500 ctDNA Support
比较
| TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案） | |
|---|---|---|---|
| 分析灵敏度 | ≥ 95%（小变异，≥ 0.5% VAF） | ||
| 分析特异性 | ≥99.995%（小变异，≥ 0.5% VAF） | ||
| 分析时间 | 从纯化核酸到变异报告，＜4天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从样本到结果需要4-5天 |
| 癌症类型 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 |
靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI • 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月） |
对来自523个基因的DNA和来自55个基因的RNA进行靶向测序，总panel大小为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 可选的TruSight Oncology 500 HRD试剂盒（日本不可用）内容包括约25K SNP的覆盖度，可通过Myriad Genetics支持的全面基因组不稳定性评分（LOH+TAI+LST）评估同源重组缺陷。 | 靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA，panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 |
| 说明 | 通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 | 该检测能够对FFPE组织进行全面的基因组分析，并在NextSeq 550系统或NextSeq 550Dx仪器（研究模式）上运行，一次最多可批量处理8个样本。 | 一种高通量的综合NGS检测方法，利用NovaSeq 6000系统或NovaSeq 6000Dx仪器（研究模式），通过简化的工作流程鉴定指南和>1K临床试验中的关键生物标志物。覆盖免疫肿瘤学生物标志物MSI和TMB。 |
| 基因计数 | 523个基因的DNA | ||
| 手动操作时间 | 文库制备和富集约2.5小时 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
| 起始量 | 20 ng cfDNA（4 mL血浆） | 40 ng DNA和/或40 ng RNA | 40 ng DNA和/或40–80 ng RNA |
| 系统 | NovaSeq 6000系统 | NextSeq 550系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NextSeq 500系统 | 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000系统 |
| 作用机制 | 杂交捕获化学试剂 | ||
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签） | 多达8重 | 多达16重（SP流动槽）、32重（S1流动槽）、72重（S2流动槽）和192重（S4流动槽） |
| 核酸类型 | DNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 特殊的样本类型 | 循环肿瘤DNA, 血液 | FFPE组织 | FFPE组织 |
| 物种 | 人 | 人 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI） | 基因融合, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 新型转录本, 单核苷酸多态性（SNP）, 结构变异 | 基因融合, 体细胞变异, 新型转录本, 结构变异, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
* 基于Pierian临床知识库，截至2023年2月。
* RUO模式下的NovaSeq 6000Dx系统需要一台独立的DRAGEN服务器进行二级分析。
* NovaSeq X和NovaSeq 6000 Dx兼容性将于2024年推出
图
低VAF下的小核苷酸变异检测
将每个单核苷酸变异的已知变异等位基因频率（VAF）的合成对照样本稀释至0.20%–0.50% VAF的值，并通过TruSight Oncology 500 ctDNA v2进行分析。
低VAF下的插入缺失检测
将已知每个插入或缺失的VAF的合成对照样本稀释至0.20%–0.50% VAF值，然后使用TruSight Oncology 500 ctDNA v2进行分析。
与肿瘤-正常检出相比，TMB相关性高
与肿瘤-正常工作流程相比，TSO 500 ctDNA v2的仅肿瘤工作流程利用先进的生物信息学进行生殖系和CH变异过滤，产生高度一致的bTMB。
用于免疫肿瘤学研究的灵敏MSI检测
在已知MSI高状态的3个细胞系（样本1–3）中评估微卫星不稳定性（MSI），并检测低至0.3%的肿瘤分数，评估多达约2300个均聚物位点。
CNV的分析性能，扩增的LOD≥1.3倍，缺失的LOD≤0.6倍
由于起始拷贝数较少，检测限导致相对MYC检测速度更快。 Illumina存档数据，2023年。
LOD检测基因重排的分析性能（0.5%）
VAF的计算方法为支持read总数除以断裂点两侧的较高深度。因美纳2023年存档数据。
相关资源
了解这项共同努力，加速开发基于基因组信息的个性化治疗。
手动制备 (12)
TruSight Oncology 500 ctDNA v2（24样本）
20105899
TSO 500 ctDNA v2手动试剂盒
TruSight Oncology 500 ctDNA v2，配合NovaSeq 6000 S2流动槽使用（24样本）
20105901
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC手动试剂盒
TruSight Oncology 500 ctDNA v2，配合NovaSeq 6000 S4流动槽使用（24样本）
20105902
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC手动试剂盒
TruSight Oncology 500 ctDNA v2（24样本）加Velsera解读报告
20105905
TSO 500 ctDNA v2手动试剂盒 + Velsera解读报告
TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera解读报告，配合NovaSeq 6000 S2流动槽使用（24样本）
20105907
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC手动试剂盒 + Velsera解读报告
TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera解读报告，配合NovaSeq 6000 S4流动槽使用（24样本）
20105908
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC手动试剂盒 + Velsera解读报告
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit（48样本）
20039252
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit（包括DNA文库和富集试剂）；不包括NovaSeq核心试剂。
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit plus Velsera解读报告（16标签，48样本）
20043410
包含文库制备试剂、富集试剂，以及数据解读报告（通过Velsera Clinical Genomics Workspac软件提供）。不包括NovaSeq系统核心试剂。
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S2使用（48样本）
20101995
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S2核心耗材的组合SKU
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S4使用（48样本）
20101998
用于TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S4核心耗材的组合SKU
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S2和Velsera解读报告使用（16标签，48样本）
20102000
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S2核心耗材的组合SKU + Velsera报告
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S4和Velsera解读报告使用（16标签，48样本）
20102001
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S4核心耗材的组合SKU + Velsera报告
标签接头 (4)
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation（96个标签，96个样本）
20034701
UMI DNA Index Anchors（板 = 20031416，盒 = 20032620）+ Nextera Compatible Unique Dual Index A（销售试剂盒 = 20027213，板 = 20025019，盒 = 20026121）
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation（96标签，96样本）
20034702
IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors Set B
IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set A for Automation
20066404
包括一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automation，足以标记96个样本，一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation。
IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set B for Automation
20063213
包括一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automation，足以标记96个样本，一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation。
试剂 (2)
NovaSeq 6000 v1.5试剂盒 (300循环)
20028314
包含一个 S2 流动槽、一个缓冲液夹盒、一个簇生成夹盒和一个测序夹盒，以支持在 NovaSeq 6000 系统上进行 300 次循环运行。
NovaSeq 6000 S4 v1.5试剂盒 (300循环)
20028312
包含一个 S4 流动槽、一个缓冲液夹盒、一个簇生成夹盒和一个测序夹盒，以支持在 NovaSeq 6000 系统上进行 300 次循环运行。
软件和信息学选项 (13)
Illumina DRAGEN Server v4
20051343
包括第一年的Avance Exchange支持。需要购买年度DRAGEN许可证。
ICA基础版年度订阅
20044874
Illumina Connected Analytics（ICA）基础版年度订阅。该产品为TSO500客户免费提供1年ICA，包括测序仪器连接、数据管理功能、使用预先打包的工具。
ICA专业版年度订阅
20044876
Illumina Connected Analytics（ICA）专业版年度订阅。该产品包括1年的ICA访问权，包括测序仪器连接、数据管理功能、预包装工具的访问权，以及创建由工具、流程、数据仓库和笔记本组成的定制工作流程的能力。
ICA企业版年度订阅
20038994
Illumina Connected Analytics（ICA）企业版年度订阅。该产品包括1年的ICA企业版访问权，包括测序仪器连接、数据管理功能、定制和预包装分析工具，以及用于数据仓储和挖掘的基础模块。ICA Enterprise还包括可选的HIPPAA BAA（仅限美国）、单点登录（SSO）和服务水平协议（SLA）。
ICA Enterprise Service and Compliance Add-on（仅适用于基础版）
20066830
Illumina Connected Analytics（ICA）企业服务和合规性插件。本产品适用于ICA基础年度订阅1年，包括HIPPAA BAA（仅限美国）、单点登录（SSO）和服务水平协议（SLA）。
Illumina Analytics - 1 iCredit
20042038
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
Illumina Analytics Starter Pack - 1,000 iCredits
20042039
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
Illumina Analytics - 5,000 iCredits
20042040
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
Illumina Analytics - 50,000 iCredits
20042041
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
Illumina Analytics - 100,000 iCredits
20042042
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
Illumina Connected Insights-年度订阅
20090137
Illumina Connected Insights-肿瘤学基因组等效样本-VCF
20090138
Illumina Connected Insights-肿瘤学基因组等效样本-VCF
20090138
服务 (2)
信息学专业服务
20071787
Illumina Connected Insights‒培训和入门
20092376
显示 /
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常见问题解答
TruSight Oncology 500 ctDNA v2是一种针对实体瘤的超灵敏、一体化液体活检检测，可在＜4天内完成血浆样本的CGP。与原始的TruSight Oncology 500 ctDNA检测相比，TruSight Oncology 500 ctDNA v2通过更低的cfDNA起始量、更快的周转时间和更精简的工作流程提高了灵敏度。TruSight Oncology 500和TruSight Oncology 500 High-Throughput可实现组织样本的CGP；请参阅TruSight Oncology检测比较表中的其他差异。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2分析工作流程使用在DRAGEN v4或v3服务器或Illumina Connected Analytics平台上运行的脱机版软件来生成样本输出，包括高级样本指标、检测到的变异以及TMB和MSI评分。使用Illumina Connected Insights或Velsera CGW进行三级分析。
BaseSpace Sequence Hub 评估应用程序也仅供评估使用。因美纳没有义务为该应用程序提供技术支持。访问期限为30天。
深入了解 兼容的分析软件 产品。
在DRAGEN服务器上分析24个文库的S4运行大约需要20-24小时，分析8个文库的S2运行大约需要9-12小时。
是的，您可以使用自己的软件进行分析。不过，在此情况下，因美纳将无法直接提供技术支持。
建议使用约20 ng起始量cfDNA，以＞90%的灵敏度和＞95%的特异性对SNV进行约0.2%的VAF检测；但是，该检测可以接受10-30 ng的起始量。
/
结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome
简化的RNA-Seq解决方案，用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析，具有出色的研究灵活性。
Illumina DNA PCR-Free Prep
高效、快速、集成的文库制备工作流程，为灵敏的测序应用生成高度准确的数据。
Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment，Human
一种经济高效、灵活的靶向长读长解决方案，可解析人类基因组难以绘制的区域。
Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment
一种快速、灵活且可扩展的cfDNA文库制备试剂盒，用于高精度的突变检测。
NovaSeq 6000试剂盒
用于NovaSeq 6000基因测序仪的试剂盒，由即用型预装试剂卡盒和流动槽组成。
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
一种快速、灵活且可扩展的人类全外显子测序解决方案，支持低起始量样本。
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