NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2是一种泛癌种NGS检测，能够对血浆中的循环肿瘤DNA（ctDNA）进行内部全景变异分析（CGP），用于研究。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2
使用能够检测血浆中ctDNA的关键IO基因特征（TMB、MSI）以及所有主要变异类别的泛癌panel进行CGP分析。
从纯化核酸到变异报告，＜4天
分析时间
文库制备和富集约2.5小时
手动操作时间
20 ng cfDNA（4 mL血浆）
起始量
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产品在该区域是否可用
概述
*部分国家/地区上市。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
支持使用全面的产品组合进行CGP
利用TruSight Oncology 500产品线识别可干预变异。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2
分析血浆中的循环肿瘤DNA（ctDNA），DNA panel内容与TruSight Oncology 500相似。
评估FFPE肿瘤组织中的相关DNA和RNA癌症生物标志物（现可通过配套试剂盒支持检测HRD），可评估基因组不稳定性评分（GIS）。†
TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案）检测
使用与TruSight Oncology 500相同的panel内容和组织起始量类型时，一次最多可批量处理192个样本。
†HRD仅适用于在TruSight Oncology 500试剂盒中加入TruSight Oncology 500 HRD试剂盒的情况。暂未在日本推出。
规格
| 分析灵敏度 | ≥ 95%（小变异，≥ 0.5% VAF） |
|---|---|
| 分析特异性 | ≥99.995%（小变异，≥ 0.5% VAF） |
| 分析时间 | 从纯化核酸到变异报告，＜4天 |
| 癌症类型 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 |
靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI • 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月） |
| 说明 | 通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 |
| 基因计数 | 523个基因的DNA |
| 手动操作时间 | 文库制备和富集约2.5小时 |
| 起始量 | 20 ng cfDNA（4 mL血浆） |
| 系统 | NovaSeq 6000系统 |
| 作用机制 | 杂交捕获化学试剂 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签） |
| 核酸类型 | DNA |
| 特殊的样本类型 | 循环肿瘤DNA, 血液 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI） |
需要的产品
要运行 TruSight Oncology 500 ctDNA v2，您需要：
- TruSight Oncology 500 ctDNA v2试剂盒（带或不带Velsera）
- NovaSeq 6000基因测序仪
- NovaSeq 6000试剂盒，根据通量需求提供不同的流动槽选项。可选：NovaSeq Xp工作流程灵活地独立装载每个流动槽通道。
要使用DRAGEN流程进行分析，您需要：
- 用于本地分析的DRAGEN服务器许可证，或
- Illumina Connected Analytics订阅和用于云端分析的iCredit
要生成最终变异报告，您需要：
- Illumina Connected Insights*或
- Velsera Clinical Genomics Workspace† 或
- 其他商业选项
* 并非所有国家/地区均提供。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
† Velsera原名为Pierian。其他商业选项也可用。
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结果
应用
工作流程示例
制备
TruSight Oncology 500 ctDNA v2检测
*Novaseq X和NovaSeq 6000Dx（RUO模式）兼容性将于2024年推出。
†并非所有国家/地区均提供。Illumina Connected Insights通过对第三方知识库的API调用，支持用户自定义的三级分析。
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| NovaSeq 6000系统 | 每次运行24个样本（S4流动槽），800 M双端read，35,000x覆盖度 |
2 × 150 bp |
| NovaSeq 6000系统 | 每次运行8个样本（S2流动槽），800 M双端read，35,000x覆盖度 |
2 × 150 bp |
相关应用和方法
新一代测序提供了对肿瘤分子基础的深入了解，可以帮助推进个性化医疗的前景。
我们的临床癌症研究解决方案能提供准确的基因组信息，让实验室能够在单次检测中分析多个基因。
文档
产品资料
支持文档
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.6 Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA v2 Product Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v1.2 on ICA
- TruSight Oncology 500 ctDNA Checklist
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.5 Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v2.1.1 on ICA Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA Consumables & Equipment
- TruSight Oncology 500 ctDNA Reference Guide
- DRAGEN Analysis Workflows Product Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software v1.2 Documentation
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA Local Analysis Software v2.1 Documentation
- DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA v1.1 Local Analysis Software Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA Analysis Software Documentation
- TruSight Oncology 500 ctDNA支持文档
- 全部 TruSight Oncology 500 ctDNA Support
比较
| TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案） | |
|---|---|---|---|
| 分析灵敏度 | ≥ 95%（小变异，≥ 0.5% VAF） | ||
| 分析特异性 | ≥99.995%（小变异，≥ 0.5% VAF） | ||
| 分析时间 | 从纯化核酸到变异报告，＜4天 | 从样本到结果需要4-5天 | 从样本到结果需要4-5天 |
| 癌症类型 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 |
靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。 • 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI • 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南 • 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月） |
对来自523个基因的DNA和来自55个基因的RNA进行靶向测序，总panel大小为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 可选的TruSight Oncology 500 HRD试剂盒（日本不可用）内容包括约25K SNP的覆盖度，可通过Myriad Genetics支持的全面基因组不稳定性评分（LOH+TAI+LST）评估同源重组缺陷。 | 靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA，panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 |
| 说明 | 通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。 | 该检测能够对FFPE组织进行全面的基因组分析，并在NextSeq 550系统或NextSeq 550Dx仪器（研究模式）上运行，一次最多可批量处理8个样本。 | 一种高通量的综合NGS检测方法，利用NovaSeq 6000系统或NovaSeq 6000Dx仪器（研究模式），通过简化的工作流程鉴定指南和>1K临床试验中的关键生物标志物。覆盖免疫肿瘤学生物标志物MSI和TMB。 |
| 基因计数 | 523个基因的DNA | ||
| 手动操作时间 | 文库制备和富集约2.5小时 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
自动化工作流程约2.5小时。 手动工作流程约10.5小时。 |
| 起始量 | 20 ng cfDNA（4 mL血浆） | 40 ng DNA和/或40 ng RNA | 40 ng DNA和/或40–80 ng RNA |
| 系统 | NovaSeq 6000系统 | NextSeq 550系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx, NextSeq 500系统 | 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NovaSeq 6000系统 |
| 作用机制 | 杂交捕获化学试剂 | ||
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签） | 多达8重 | 多达16重（SP流动槽）、32重（S1流动槽）、72重（S2流动槽）和192重（S4流动槽） |
| 核酸类型 | DNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 特殊的样本类型 | 循环肿瘤DNA, 血液 | FFPE组织 | FFPE组织 |
| 物种 | 人 | 人 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 血液肿瘤突变负荷（bTMB）, 血液微卫星不稳定性（bMSI） | 基因融合, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 新型转录本, 单核苷酸多态性（SNP）, 结构变异 | 基因融合, 体细胞变异, 新型转录本, 结构变异, 转录本变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
* 基于Pierian临床知识库，截至2023年2月。
* RUO模式下的NovaSeq 6000Dx系统需要一台独立的DRAGEN服务器进行二级分析。
* NovaSeq X和NovaSeq 6000 Dx兼容性将于2024年推出
图
低VAF下的小核苷酸变异检测
将每个单核苷酸变异的已知变异等位基因频率（VAF）的合成对照样本稀释至0.20%–0.50% VAF的值，并通过TruSight Oncology 500 ctDNA v2进行分析。
低VAF下的插入缺失检测
将已知每个插入或缺失的VAF的合成对照样本稀释至0.20%–0.50% VAF值，然后使用TruSight Oncology 500 ctDNA v2进行分析。
与肿瘤-正常检出相比，TMB相关性高
与肿瘤-正常工作流程相比，TSO 500 ctDNA v2的仅肿瘤工作流程利用先进的生物信息学进行生殖系和CH变异过滤，产生高度一致的bTMB。
用于免疫肿瘤学研究的灵敏MSI检测
在已知MSI高状态的3个细胞系（样本1–3）中评估微卫星不稳定性（MSI），并检测低至0.3%的肿瘤分数，评估多达约2300个均聚物位点。
CNV的分析性能，扩增的LOD≥1.3倍，缺失的LOD≤0.6倍
由于起始拷贝数较少，检测限导致相对MYC检测速度更快。 Illumina存档数据，2023年。
LOD检测基因重排的分析性能（0.5%）
VAF的计算方法为支持read总数除以断裂点两侧的较高深度。因美纳2023年存档数据。
相关资源
了解这项共同努力，加速开发基于基因组信息的个性化治疗。
手动制备 (12)
TruSight Oncology 500 ctDNA v2（24样本）
20105899
TSO 500 ctDNA v2手动试剂盒
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA v2，配合NovaSeq 6000 S2流动槽使用（24样本）
20105901
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC手动试剂盒
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA v2，配合NovaSeq 6000 S4流动槽使用（24样本）
20105902
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC手动试剂盒
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA v2（24样本）加Velsera解读报告
20105905
TSO 500 ctDNA v2手动试剂盒 + Velsera解读报告
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera解读报告，配合NovaSeq 6000 S2流动槽使用（24样本）
20105907
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S2 FC手动试剂盒 + Velsera解读报告
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA v2 plus Velsera解读报告，配合NovaSeq 6000 S4流动槽使用（24样本）
20105908
混合工作流程TSO 500 ctDNA v2 + S4 FC手动试剂盒 + Velsera解读报告
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit（48样本）
20039252
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit（包括DNA文库和富集试剂）；不包括NovaSeq核心试剂。
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit plus Velsera解读报告（16标签，48样本）
20043410
包含文库制备试剂、富集试剂，以及数据解读报告（通过Velsera Clinical Genomics Workspac软件提供）。不包括NovaSeq系统核心试剂。
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S2使用（48样本）
20101995
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S2核心耗材的组合SKU
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S4使用（48样本）
20101998
用于TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S4核心耗材的组合SKU
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S2和Velsera解读报告使用（16标签，48样本）
20102000
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S2核心耗材的组合SKU + Velsera报告
List Price:
Discounts:
TruSight Oncology 500 ctDNA Kit，配合NovaSeq 6000 S4和Velsera解读报告使用（16标签，48样本）
20102001
TSO500 ctDNA和NovaSeq 6000 S4核心耗材的组合SKU + Velsera报告
List Price:
Discounts:
标签接头 (4)
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation（96个标签，96个样本）
20034701
UMI DNA Index Anchors（板 = 20031416，盒 = 20032620）+ Nextera Compatible Unique Dual Index A（销售试剂盒 = 20027213，板 = 20025019，盒 = 20026121）
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation（96标签，96样本）
20034702
IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors Set B
List Price:
Discounts:
IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set A for Automation
20066404
包括一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automation，足以标记96个样本，一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation。
List Price:
Discounts:
IDT for Illumina UMI DNA/DNA Index Anchors Set B for Automation
20063213
包括一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automation，足以标记96个样本，一盒96个IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation。
List Price:
Discounts:
试剂 (2)
NovaSeq 6000 v1.5试剂盒 (300循环)
20028314
包含一个 S2 流动槽、一个缓冲液夹盒、一个簇生成夹盒和一个测序夹盒，以支持在 NovaSeq 6000 系统上进行 300 次循环运行。
List Price:
Discounts:
NovaSeq 6000 S4 v1.5试剂盒 (300循环)
20028312
包含一个 S4 流动槽、一个缓冲液夹盒、一个簇生成夹盒和一个测序夹盒，以支持在 NovaSeq 6000 系统上进行 300 次循环运行。
List Price:
Discounts:
软件和信息学选项 (13)
Illumina DRAGEN Server v4
20051343
包括第一年的Avance Exchange支持。需要购买年度DRAGEN许可证。
List Price:
Discounts:
ICA基础版年度订阅
20044874
Illumina Connected Analytics（ICA）基础版年度订阅。该产品为TSO500客户免费提供1年ICA，包括测序仪器连接、数据管理功能、使用预先打包的工具。
ICA专业版年度订阅
20044876
Illumina Connected Analytics（ICA）专业版年度订阅。该产品包括1年的ICA访问权，包括测序仪器连接、数据管理功能、预包装工具的访问权，以及创建由工具、流程、数据仓库和笔记本组成的定制工作流程的能力。
ICA企业版年度订阅
20038994
Illumina Connected Analytics（ICA）企业版年度订阅。该产品包括1年的ICA企业版访问权，包括测序仪器连接、数据管理功能、定制和预包装分析工具，以及用于数据仓储和挖掘的基础模块。ICA Enterprise还包括可选的HIPPAA BAA（仅限美国）、单点登录（SSO）和服务水平协议（SLA）。
ICA Enterprise Service and Compliance Add-on（仅适用于基础版）
20066830
Illumina Connected Analytics（ICA）企业服务和合规性插件。本产品适用于ICA基础年度订阅1年，包括HIPPAA BAA（仅限美国）、单点登录（SSO）和服务水平协议（SLA）。
Illumina Analytics - 1 iCredit
20042038
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
List Price:
Discounts:
Illumina Analytics Starter Pack - 1,000 iCredits
20042039
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
List Price:
Discounts:
Illumina Analytics - 5,000 iCredits
20042040
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
List Price:
Discounts:
Illumina Analytics - 50,000 iCredits
20042041
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
List Price:
Discounts:
Illumina Analytics - 100,000 iCredits
20042042
iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。
List Price:
Discounts:
Illumina Connected Insights-年度订阅
20090137
Illumina Connected Insights-肿瘤学基因组等效样本-VCF
20090138
Illumina Connected Insights-肿瘤学基因组等效样本-VCF
20090138
服务 (2)
信息学专业服务
20071787
Illumina Connected Insights‒培训和入门
20092376
显示 /
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常见问题解答
TruSight Oncology 500 ctDNA v2是一种针对实体瘤的超灵敏、一体化液体活检检测，可在＜4天内完成血浆样本的CGP。与原始的TruSight Oncology 500 ctDNA检测相比，TruSight Oncology 500 ctDNA v2通过更低的cfDNA起始量、更快的周转时间和更精简的工作流程提高了灵敏度。TruSight Oncology 500和TruSight Oncology 500 High-Throughput可实现组织样本的CGP；请参阅TruSight Oncology检测比较表中的其他差异。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2分析工作流程使用在DRAGEN v4或v3服务器或Illumina Connected Analytics平台上运行的脱机版软件来生成样本输出，包括高级样本指标、检测到的变异以及TMB和MSI评分。使用Illumina Connected Insights或Velsera CGW进行三级分析。
BaseSpace Sequence Hub 评估应用程序也仅供评估使用。因美纳没有义务为该应用程序提供技术支持。访问期限为30天。
深入了解 兼容的分析软件 产品。
在DRAGEN服务器上分析24个文库的S4运行大约需要20-24小时，分析8个文库的S2运行大约需要9-12小时。
是的，您可以使用自己的软件进行分析。不过，在此情况下，因美纳将无法直接提供技术支持。
建议使用约20 ng起始量cfDNA，以＞90%的灵敏度和＞95%的特异性对SNV进行约0.2%的VAF检测；但是，该检测可以接受10-30 ng的起始量。
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结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，经过优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome
简化的RNA-Seq解决方案，用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析，具有出色的研究灵活性。
Illumina DNA PCR-Free Prep
高效、快速、集成的文库制备工作流程，为灵敏的测序应用生成高度准确的数据。
Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment，Human
一种经济高效、灵活的靶向长读长解决方案，可解析人类基因组难以绘制的区域。
Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment
一种快速、灵活且可扩展的cfDNA文库制备试剂盒，用于高精度的突变检测。
NovaSeq 6000试剂盒
用于NovaSeq 6000基因测序仪的试剂盒，由即用型预装试剂卡盒和流动槽组成。
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
一种快速、灵活且可扩展的人类全外显子测序解决方案，支持低起始量样本。
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