NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
TruSight RNA Fusion Panel可在单次NGS检测中覆盖507个与癌症相关的融合相关基因，并在四天内提供RNA结果供研究使用。
TruSight RNA Fusion Panel
全面的基因融合检测，覆盖来自FFPE和其他癌症研究样本的507个基因。
2.5天
分析时间
11小时
手动操作时间
10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA
起始量
概述
全面了解癌症相关融合基因
TruSight RNA Fusion Panel可在单次检测中覆盖数百个基因，增加了在第一轮检测中检出融合的可能性。
简单的一体化工作流程
简单的一体化工作流程包括文库制备、测序和数据分析，可以根据样本数量进行缩放。可在台式基因测序仪上对RNA样本进行多重分析和测序，从而更好地利用实验室经费。
机载软件
机载融合检出支持实验室实现基于NGS的融合检测，无需额外的生物信息学支持。该分析可以提供检测到的融合、相关疾病关联（根据Mitelman数据库确定）以及支持融合的read证据，以列表形式呈现。
规格
| 分析时间 | 2.5天 |
|---|---|
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| 癌症类型 | 泛癌种, 血液恶性肿瘤, 实体瘤 |
| 说明 | 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案，深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因，包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 |
| 手动操作时间 | 11小时 |
| 起始量 | 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA |
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, NextSeq 500系统 |
| 方法 | 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 核酸类型 | RNA |
| 特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 基因融合 |
需要的产品
需要同时购买 Set A 和 Set B 配套试剂，每种试剂包含 12 个唯一标签。
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结果
应用
TruSight RNA Fusion Panel能够使用血液、骨髓或FFPE样本，在多种癌症类型的507个融合相关基因中与已知和新的伴侣进行基因融合检测研究。
工作流程示例
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| MiniSeq基因测序仪 | 每次运行的样本数：中通量：2–3，高通量：8（基于每个样本300万条read） |
2 × 76 bp（建议最大） |
| MiSeq 系统 | 每次运行8个样本（v3试剂，基于每个样本300万条read） |
2 × 76 bp（建议最大） |
| NextSeq 550系统 | 每次运行24个样本（中通量；基于每个样本300百万条read） |
2 × 76 bp（建议最大） |
相关应用和方法
查找从降解的FFPE组织和其他低质量样本中获得高质量结果的FFPE RNA测序解决方案。
通过RNA新一代测序技术（RNA-Seq）检测癌症基因表达和转录组的变化，并识别新的癌症转录本。
文档
支持文档
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- Sequencing Library qPCR Quantification Guide
- Illumina Experiment Manager User Guide
- Local Run Manager RNA Fusion Analysis Module Workflow Guide
- 全部 TruSight RNA Fusion Panel Support
- 全部 TruSight RNA Fusion Panel Support
- 全部 TruSight RNA Fusion Panel Support
比较
| TruSight RNA Fusion Panel | TruSight Tumor 170 | AmpliSeq for Illumina Focus Panel | AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 | |
|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 2.5天 | 约2天 | 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） | 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | ||
| 癌症类型 | 泛癌种, 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | 实体瘤 | 实体瘤 | 实体瘤 |
| 说明 | 为癌症研究提供经济高效的NGS解决方案，深度覆盖涉及多种癌症类型的507个基因，包括实体瘤、肉瘤和血液恶性肿瘤。 | 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。 | 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 | 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。 |
| 手动操作时间 | 11小时 | 约10.5小时 | < 1.5小时 | <1.5小时 |
| 起始量 | 10 ng总RNA，20-100 ng FFPE RNA | 40 ng DNA和/或RNA | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） |
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, NextSeq 500系统 | NextSeq 550系统, NextSeq 500系统, HiSeq 2500 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 | NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx |
| 方法 | 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 |
| 核酸类型 | RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 | 低起始量样本, FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 |
| 物种 | 人 | 人 | 人 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 基因融合 | 基因融合, 体细胞变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
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图
TruSight RNA Fusion捕获化学技术
TruSight RNA Fusion Panel提供了一种从总RNA中分离目标区域的简单、简化的方法。
TruSight RNA Fusion Detection与FISH和RT-PCR的一致性
使用TruSight RNA Fusion Panel检测FFPE样本中的融合
Trusight RNA Fusion Panel针对高质量和低质量RNA样本类型的高性能进行了优化。文库制备仅需10 ng总RNA或20 ng FFPE RNA。这种低起始量要求使得该panel非常适合对有限数量的样本进行可靠的靶向分析。
TruSight RNA Fusion Panel Set A (48样本)
RS-304-1002
可用于48个测序用总RNA样本（包括FFPE样本）的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签；2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18和19。
List Price:
Discounts:
TruSight RNA Fusion Panel Set B (48样本)
RS-304-1003
可用于48个测序用总RNA样本（包括FFPE样本）的RNA文库制备和富集的配套试剂。每个试剂盒包含12个唯一标签；1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25和27。
List Price:
Discounts:
TruSight RNA Fusion Oligo Panel
20046101
如果使用1重富集，TruSight RNA Fusion Oligo Panel包含足够用于测序的96个总RNA样本的寡核苷酸；如果使用3重*富集，则包含288个总RNA样本的寡核苷酸。此panel不包含文库制备。*仅适用于允许多重富集的文库制备工作流程。
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常见问题解答
高度可信的融合检出意味着融合符合阈值过滤条件，该阈值过滤条件基于拆分read评分、双read评分、断裂末端同源性和其他特征的计算值。
低置信度融合检出意味着融合在Mitelman数据库中被列为复发，但无法通过或达到最小阈值评分。
了解更多信息，请参阅Local Run Manager RNA Fusion分析模块工作流程指南。
Fusion评分反映了融合检出的可信度，其中0为低，1为高。评分＞0.6报告为高置信度融合检出。
我们的一些自动化供应商正在自动化这种检测。如果您想要自动化此工作流程，请联系您的客户经理。
导致转录本过表达或缺失的染色体易位可反映在基因表达水平上，但不会产生融合基因。Local Run Manager RNA Fusion模块不用于检测基因表达变化。要检测这些变化，建议使用BaseSpace Sequence Hub中的RNA-Seq Alignment App。此外，建议在DNA中确认这些发现。
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结果
经常订购
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，经过优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
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