Illumina StrataMap Spatial solution
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Illumina StrataMap Spatial解决方案

铺就无偏倚的科研探索之路

以真正的单细胞分辨率，赋能强大的空间组学研究，揭示生物学洞见

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Illumina StrataMap Spatial解决方案以真正的单细胞分辨率提供无偏倚的全转录组空间分析——兼具高灵敏度、大面积组织覆盖，还可与因美纳测序和分析平台无缝集成，在组织原生环境中揭示其生物学特征。凭借出色的灵敏度、大规模检测能力与实时细胞洞见，StrataMap Spatial能够揭示以往无法捕捉的生物学信息。

缩略图

空间转录组研究的下一个前沿，现已到来

 

 

突破局限，探索无界

StrataMap Spatial打破了其他空间转录组技术普遍面临的“分辨率与覆盖范围不可兼得”的限制，无需再做取舍。

 

无需添置新设备，降低应用门槛

使用StrataMap Spatial，无需投入高昂成本和巨大精力添置新的专用设备，即可开展先进的空间生物学研究。

 

更全面的视角

StrataMap Spatial支持大尺寸组织样本的检测，单次实验即可同步获取空间背景信息、细胞细节与复杂生物学特征，无需再拼接多个视图。

 

全面的空间转录组分析

StrataMap Spatial搭配Illumina Connected Multiomics使用，可实现数据可视化与高级三级分析。

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突破局限，探索无界

不牺牲分辨率，全基因原位呈现

传统的空间转录组分析技术无法同时兼顾基因覆盖度和空间细节。StrataMap Spatial则解决了这一难题：可在完整组织切片上实现真正的细胞级空间分辨率，且适用于各类真核生物。该技术采用基于测序的poly(A)捕获策略和1 μm高密度空间特征（spatial features），能够保留精确的细胞背景。因此，研究人员能够清晰地解析细胞状态、相互作用和组织结构。

组织状态下的灵敏转录本检测

该空间表达热图展示了在乳腺癌组织进展状态中的灵敏转录本检测，从伴有早期浸润的导管原位癌（DCIS）到高级别浸润性疾病。所有样本中一致的高对比度信号突显了 StrataMap Spatial 解决方案在捕获和解析不同肿瘤阶段空间基因表达的能力，在疾病严重程度增加时保留生物学梯度和组织背景。

在不同测序深度下均能实现稳定、一致的转录本检测

测序饱和曲线表明，在DCIS和1-3级浸润性导管癌（IDC）乳腺癌组织中，随着测序深度的增加，转录本检测始终保持稳定可靠。测序深度增加时，每个细胞检测到的分子和基因数均呈可预期增长，表明StrataMap Spatial工作流程稳健、可扩展，且在不同疾病状态组织中均能保持稳定性能，从而确保增加测序深度将直接带来更丰富的生物学洞察。

全转录组分析：远超靶向panel的基因检出能力

韦恩图比较了通过使用StrataMap Spatial解决方案进行全转录组空间分析与使用常用的靶向基因panel（上图：5,000 基因；下图：18,000 基因）鉴定出的基因数量。（A）显著性阈值P < 0.001 时：通过StrataMap Spatial解决方案检出的上调生物标志物中分别有63.6%和13.0%未被5,000和18,000靶向panel捕获。（B）显著性阈值P < 0.05 时：通过StrataMap Spatial解决方案检出的上调生物标志物中分别有63.8%和14.6%未被5,000和18,000靶向panel捕获。

解析肿瘤微环境空间结构中的不同细胞群

这一目标区域展示了StrataMap Spatial能够在原生空间背景下分辨肿瘤与微环境中的各类细胞群，从而获取生物学洞察。在高级别IDC样本中，能够清晰区分肿瘤细胞和基质细胞群，并确定肿瘤-基质交界处的细胞类型，揭示驱动疾病进展的空间组织结构与相互作用。

细胞级分辨率的空间图谱，揭示细胞群和空间基因表达

通过连续的1 μm表面特征获得细胞级分辨率的空间图谱，能够保留空间细节，避免在较大区域发生信号聚集。StrataMap Spatial的细胞级分辨率由捕获表面结构、空间编码转录本捕获与计算分析三者共同实现。此处显示了细胞级分辨率下的空间基因表达谱。（A）图中显示了正常基质中成纤维细胞（黄色）和肿瘤-基质交界区肌成纤维细胞（红色）的分布。（B）肌成纤维细胞生物标志物ATCA2（绿色）的表达谱。

基于poly(A)的捕获技术，适用于各物种的空间基因表达图谱分析

StrataMap Spatial采用基于poly(A)的捕获技术，可直接捕获组织中的转录本，无需依赖物种特异性探针。该方法支持对各种真核生物进行空间基因表达图谱分析，无需重新设计检测方法。此处展示的是玉米组织透化时间梯度实验的基因表达热图。每个切片对应不同透化时长。

无需添置新设备，降低应用门槛

完整的空间转录组分析工作流程，无需购置新设备

StrataMap Spatial解决方案能够与全球众多实验室现有的标准组织学工作流程和因美纳测序仪无缝集成，无需额外采购专用设备。这有助于加快科研发现进程，提升空间生物学研究在各实验室、共享服务平台及服务提供商中的可及性。

Step 1

切片与成像

组织样本经冷冻切片后置于捕获表面上，以保留天然的空间组织结构。
通过高分辨率成像获取组织形态信息。

Step 2

文库制备

从组织中捕获空间编码的转录本，并将其转化为可用于测序的文库。

Step 3

测序

对制备好的文库进行测序，获得高质量空间基因表达数据。

Step 4

分析

将空间测序数据和图像转化为生物学洞察，揭示组织微环境内的细胞群、状态和相互作用。

更全面的视角

通过大尺寸完整组织保留完整生物学信息

生物学特征并非碎片化存在，空间转录组分析同样应保证完整性。StrataMap Spatial拥有灵活的大尺寸捕获区域，单次实验即可分析完整的大尺寸组织切片，保留细胞、区域和结构之间的原生空间关系。相较于小尺寸捕获平台，它可完整保留梯度、微环境和长距离相互作用，避免信息丢失，呈现更完整、真实的组织结构图景。

行业前沿的大尺寸捕获区域

行业前沿的捕获面积，超过其他空间转录组平台。单张玻片可提供更大的捕获表面，使StrataMap Spatial解决方案能够在单次实验中分析更多组织与细胞。

更大的捕获区域，更全面的组织分析

单张玻片可同时分析多个小鼠心脏组织切片，能够对12个组织切片中的600,000多个细胞进行空间转录组分析。从左到右，未妊娠和妊娠小鼠组织切片交替排列（V、P、V、P、V、P）。上下两行为重复样本。

同一张玻片上分析不同组织类型

小鼠组织芯片的空间表达热图展示了灵活的大尺寸捕获区域，能够在同一张玻片上同时对多种不同的组织进行空间转录组分析。StrataMap Spatial解决方案能够在一张玻片上容纳多种组织样本与重复样本，一次实验可分析更多的组织、细胞，获取更多生物学信息。

全面的空间转录组分析解决方案

将高分辨率数据转化为清晰的生物学洞察

StrataMap Spatial解决方案将先进的检测技术与细胞分割、空间可视化和下游分析相结合，帮助研究人员由原始数据轻松获得方便解读的结果，在不牺牲分析严谨性的前提下显著降低数据分析复杂度，从而实现更快速、更可靠的科学解读。

 

使用DRAGEN空间转录组学分析流程处理测序数据，生成具有空间信息的基因表达矩阵。这些高分辨率空间转录组数据随后在Illumina Connected Multiomics中进行解读与可视化，提供用于聚类分析、细胞类型鉴定及在组织背景下探索基因表达的工具。该平台支持交互式探索、筛选和三级分析（如差异表达、标志物发现和细胞分型），简化了复杂的工作流程。

StrataMap Spatial软件工作流程

StrataMap Spatial软件工作流程将空间测序数据无缝转化为生物学洞察。该工作流程以组织图像和测序数据作为输入，整合了空间定位、细胞类型注释和基因表达分析，以揭示细胞在其天然组织环境中的排布方式和相互作用。

强大的数据洞察工具

此图展示了Illumina Connected Multiomics（ICM）空间组学分析界面，呈现了直观、以生物学洞察为导向的工作流程，用于探索小鼠肾脏样本的空间生物学信息。通过整合空间区域、细胞类型关系、降维分析和基因表达图谱等可视化功能，使用户能够轻松将组织形态、细胞类型和分子信号关联解读。

因美纳空间技术概述

因美纳空间技术可捕获基底上的多聚腺苷酸化RNA转录本。该工作流程包括冷冻切片制备、H&E染色和明场成像，然后在带条形码的玻片上捕获RNA并测序，再结合条形码和组织图像进行空间定位分析。

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