NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
AmpliSeq for Illumina Focus Panel是一种靶向重测序分析套装，用于对52种与实体瘤具有已知关联的基因的生物标记物进行分析。利用这种Focus Panel，研究人员能够同时分析DNA和RNA。
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
用于研究52个与实体瘤相关的基因的靶向DNA和RNA研究panel。
5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）
分析时间
< 1.5小时
手动操作时间
1–100 ng（建议每个混池10 ng）
起始量
推荐使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel作为TruSight Tumor 26（已停产）的替代产品。
概览
主要特点
Focus Panel是集成工作流程的一部分，该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应（PCR）的文库制备、采用Illumina边合成边测序（SBS）的新一代测序（NGS）技术以及自动化分析过程。
即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。
规格
| 分析时间 | 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） |
|---|---|
| 癌症类型 | 实体瘤 |
| 内容说明 | 52个癌基因的DNA和RNA靶点 |
| 说明 | 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 |
| 手动操作时间 | < 1.5小时 |
| 起始量 | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 多重PCR |
| 方法 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 |
| 多重分析 | 96个双标签序列组合 |
| 核酸类型 | DNA, RNA |
| 扩增子数 | 共553个。2个混合池。（DNA池：269个扩增子。 RNA池：284个扩增子。） |
| 特殊的样本类型 | FFPE组织 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
需要的产品
AmpliSeq for Illumina Focus Panel包含DNA和RNA工作流程。 每个工作流程都需要自己的Library PLUS反应和标签接头。RNA工作流程还需要cDNA合成。
/
结果
应用
工作流程示例
制备
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
分析
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| iSeq 100系统 | 每次运行的样本数：8 (基于500×的平均覆盖度) |
2 × 150 bp |
| MiniSeq基因测序仪 | 每次运行的样本数：中通量：16；高通量： 48 (基于500×的平均覆盖度) |
2 × 150 bp |
| MiSeq 系统 | 每次运行的样本数 (根据reagent kit version)：v2 micro: 8；v2: 30；v3: 48 (基于500×的平均覆盖度) |
2 × 150 bp |
相关应用和方法
通过定向重测序，可以将一个基因子集或基因组区域分离出来并进行测序，从而节省实验室资源。
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文档
产品资料
支持文档
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel Reference Guide
- Infinium Global Clinical Research Array Documentation
- Illumina Adapter Sequences
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel Support - Documentation & Literature
- Index Adapters Pooling Guide
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel Consumables & Equipment
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel Checklist
- AmpliSeq for Illumina Direct FFPE DNA Kit Reference Guide
- 全部 AmpliSeq for Illumina Focus Panel Support
比较
| AmpliSeq for Illumina Focus Panel | AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 | AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 | TruSight Tumor 15 | |
|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） | 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） | 5小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） | 7小时 |
| 癌症类型 | 实体瘤 | 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 | 泛癌种, 实体瘤 |
| 内容说明 | 52个癌基因的DNA和RNA靶点 | 161个癌基因的DNA和RNA靶点 | 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域 | 从15个实体瘤相关基因中扩增250个扩增子 |
| 说明 | 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 | 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。 | 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。 | 使用20 ng DNA对实体瘤中的15个常见突变基因进行NGS检测。 |
| 手动操作时间 | < 1.5小时 | <1.5小时 | < 1.5小时 | 3.5小时 |
| 起始量 | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） | 1–100 ng（建议每个混池10 ng） | 20 ng FFPE DNA |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 | NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx | MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 多重PCR | 多重PCR | 多重PCR | |
| 方法 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 靶向DNA测序, 扩增子测序 | 靶向DNA测序, 扩增子测序 |
| 多重分析 | 96个双标签序列组合 | 96个双标签序列组合 | 96个双标签序列组合 | 1-24重 |
| 核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA | DNA |
| 扩增子数 | 共553个。2个混合池。（DNA池：269个扩增子。 RNA池：284个扩增子。） | 总共4，648个混合池（DNA混合池1：1，891个扩增子。 DNA池2：1，890个扩增子。 RNA池1：447个扩增子。 RNA池2：420个扩增子。） | 共207个。1个混合池。 | |
| 特殊的样本类型 | FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 | FFPE组织 |
| 物种 | 人 | 人 | 人 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 单核苷酸多态性（SNP）, 体细胞变异, 插入缺失（indel） | 体细胞变异, 插入缺失（indel） |
图
高覆盖度均一性和中靶比对
使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel对从质量各异的FFPE组织和HD样本中提取的DNA进行评估，并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。Cq是一项指标，用于衡量从FFPE组织中分离的DNA质量。
预期和检测到的变异频率高度一致
使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel评估从福尔马林固定的HD样本中提取的DNA，并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。结果表明，检测到的变异频率与预期100%一致。
Panel (2)
AmpliSeq™ Focus Panel for Illumina®
20019164
聚焦DNA和RNA的靶向panel，靶向SNV、插入缺失、CNV和基因融合。试剂盒可进行24次反应。Library PLUS和标签接头均为单独出售。
Ampliseq™ for Illumina® Focus Panel MiSeq Kit
20024183
Ampliseq™ Focus Panel MiSeq Kit含有文库制备试剂和MiSeq测序试剂，可用于48个样本。包括2个AmpliSeq for Illumina® Focus Panel、1个Ampliseq™ for Illumina® Library PLUS（96次反应）、1个Ampliseq™ for Illumina® CD Indexes Set A以及2个MiSeq Reagent Kit v2（300个循环）。
文库制备 (3)
AmpliSeq™ Library PLUS（24次反应）for Illumina®
20019101
包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。
AmpliSeq™ Library PLUS（96次反应）for Illumina®
20019102
包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。
AmpliSeq™ Library PLUS（384次反应）for Illumina®
20019103
包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。
标签接头 (6)
AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina®（24标签，24样本）
20019104
包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®
20019105
包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®
20019106
包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®
20019107
包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。
AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®
20019167
包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。
AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina®（384标签，384样本）
20031676
包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。
配套产品 (4)
Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®
20022654
使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel（例如，AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus和 Comprehensive Panel v3以及定制或社区RNA Panel）时，包含反应混合物和酶混合物，可将总RNA转化为cDNA。反应次数因panel而异（例如，AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、 Comprehensive Panel v3和Custom Panel的每个试剂盒有100次反应，AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus和TCR beta Panel的每个试剂盒有200次反应）。
AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel
20019162
与AmpliSeq Library PLUS for Illumina搭配使用时，包含8个单核苷酸多态性（SNP）靶向引物对和1个性别区分引物对，足以进行96次反应。实现快速准确的样本鉴定。单独购买文库制备、探针panel和标签接头。
AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA
20023378
包括24次反应，用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA，无需脱蜡或DNA纯化。
AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®
20019171
在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时，包含用于文库归一化的磁珠和试剂。
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MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
AmpliSeq for Illumina Immune Response Panel
用于研究395种参与肿瘤—免疫系统相互作用基因的靶向RNA表达panel。
TruSight Hereditary Cancer Panel
评估与遗传癌症风险倾向相关的113个基因和125个SNP的生殖系突变的靶向测序panel。
iSeq 100试剂盒
iSeq 100测序仪的试剂盒采用即用型卡盒以及单通道SBS化学和CMOS技术，可实现简单、低成本的测序。
AmpliSeq for Illumina Custom RNA Panel
优化的靶向定制RNA研究panel，可测序多达1200个感兴趣的基因组靶点。
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
专为特异性靶点或感兴趣的基因组内容测序进行优化的靶向定制研究panel。
AmpliSeq for Illumina BRCA Panel
用于研究BRCA1和BRCA2基因的体细胞和生殖系变异的靶向研究panel。
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