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AmpliSeq for Illumina Focus Panel

用于研究52个与实体瘤相关的基因的靶向DNA和RNA研究panel。

5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）

分析时间

< 1.5小时

手动操作时间

1–100 ng（建议每个混池10 ng）

起始量

详情请参见规格表

推荐使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel作为TruSight Tumor 26（已停产）的替代产品。

概览

AmpliSeq for Illumina Focus Panel是一种靶向重测序分析套装，用于对52种与实体瘤具有已知关联的基因的生物标记物进行分析。利用这种Focus Panel，研究人员能够同时分析DNA和RNA。

主要特点

  • 相关基因内容——52个与实体瘤相关基因的靶向生物标记

  • 快速的一体化工作流程——可在一天内使用起始量低至1 ng的高质量样本或10 ng福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的样本制备直接测序的文库

  • 准确的数据——使用本地或云端分析方法检测频率低至5%的体细胞突变

Focus Panel是集成工作流程的一部分，该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应（PCR）的文库制备、采用Illumina边合成边测序（SBS）的新一代测序（NGS）技术以及自动化分析过程。

即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。

深入了解AmpliSeq for Illumina

规格

分析时间 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间）
癌症类型 实体瘤
内容说明 52个癌基因的DNA和RNA靶点
说明 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。
手动操作时间 < 1.5小时
起始量 1–100 ng（建议每个混池10 ng）
系统 MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪
作用机制 多重PCR
方法 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序
多重分析 96个双标签序列组合
核酸类型 DNA, RNA
扩增子数 共553个。2个混合池。（DNA池：269个扩增子。 RNA池：284个扩增子。）
特殊的样本类型 FFPE组织
物种 人
技术 Illumina测序
变异类别 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）

需要的产品

AmpliSeq for Illumina Focus Panel包含DNA和RNA工作流程。 每个工作流程都需要自己的Library PLUS反应和标签接头。RNA工作流程还需要cDNA合成。

/ 结果

应用

工作流程示例

1
制备

AmpliSeq for Illumina Focus Panel

2
测序
3
分析

项目建议

仪器 推荐的样本数 读长
iSeq 100系统

每次运行的样本数：8 (基于500×的平均覆盖度)

2 × 150 bp
MiniSeq基因测序仪

每次运行的样本数：中通量：16；高通量： 48 (基于500×的平均覆盖度)

2 × 150 bp
MiSeq 系统

每次运行的样本数 (根据reagent kit version)：v2 micro: 8；v2: 30；v3: 48 (基于500×的平均覆盖度)

2 × 150 bp

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文档

产品资料
支持文档

比较

AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 TruSight Tumor 15
分析时间 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 5-6小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 5小时（仅文库制备；不包括文库定量、归一化或混合时间） 7小时
癌症类型 实体瘤 实体瘤 泛癌种, 实体瘤 泛癌种, 实体瘤
内容说明 52个癌基因的DNA和RNA靶点 161个癌基因的DNA和RNA靶点 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域 从15个实体瘤相关基因中扩增250个扩增子
说明 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。 使用20 ng DNA对实体瘤中的15个常见突变基因进行NGS检测。 
手动操作时间 < 1.5小时 <1.5小时 < 1.5小时 3.5小时
起始量 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 1–100 ng（建议每个混池10 ng） 20 ng FFPE DNA 
系统 MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的NextSeq 550Dx MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 MiSeq 系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪
作用机制 多重PCR 多重PCR 多重PCR
方法 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 靶向DNA测序, 扩增子测序, 靶向RNA测序 靶向DNA测序, 扩增子测序 靶向DNA测序, 扩增子测序
多重分析 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 1-24重
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA DNA DNA
扩增子数 共553个。2个混合池。（DNA池：269个扩增子。 RNA池：284个扩增子。） 总共4，648个混合池（DNA混合池1：1，891个扩增子。 DNA池2：1，890个扩增子。 RNA池1：447个扩增子。 RNA池2：420个扩增子。） 共207个。1个混合池。
特殊的样本类型 FFPE组织 FFPE组织 FFPE组织 FFPE组织
物种 人 人 人 人
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 体细胞变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） 单核苷酸多态性（SNP）, 体细胞变异, 插入缺失（indel） 体细胞变异, 插入缺失（indel）

图

高覆盖度均一性和中靶比对

使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel对从质量各异的FFPE组织和HD样本中提取的DNA进行评估，并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。Cq是一项指标，用于衡量从FFPE组织中分离的DNA质量。

预期和检测到的变异频率高度一致

使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel评估从福尔马林固定的HD样本中提取的DNA，并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。结果表明，检测到的变异频率与预期100%一致。

Panel (2)

AmpliSeq™ Focus Panel for Illumina®

20019164

聚焦DNA和RNA的靶向panel，靶向SNV、插入缺失、CNV和基因融合。试剂盒可进行24次反应。Library PLUS和标签接头均为单独出售。

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Ampliseq™ for Illumina® Focus Panel MiSeq Kit

20024183

Ampliseq™ Focus Panel MiSeq Kit含有文库制备试剂和MiSeq测序试剂，可用于48个样本。包括2个AmpliSeq for Illumina® Focus Panel、1个Ampliseq™ for Illumina® Library PLUS（96次反应）、1个Ampliseq™ for Illumina® CD Indexes Set A以及2个MiSeq Reagent Kit v2（300个循环）。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS（24次反应）for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS（96次反应）for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS（384次反应）for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina®（24标签，24样本）

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina®（384标签，384样本）

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (4)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel（例如，AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus和 Comprehensive Panel v3以及定制或社区RNA Panel）时，包含反应混合物和酶混合物，可将总RNA转化为cDNA。反应次数因panel而异（例如，AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、 Comprehensive Panel v3和Custom Panel的每个试剂盒有100次反应，AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus和TCR beta Panel的每个试剂盒有200次反应）。

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AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

与AmpliSeq Library PLUS for Illumina搭配使用时，包含8个单核苷酸多态性（SNP）靶向引物对和1个性别区分引物对，足以进行96次反应。实现快速准确的样本鉴定。单独购买文库制备、探针panel和标签接头。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

包括24次反应，用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA，无需脱蜡或DNA纯化。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时，包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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NovaSeq X系列

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MiSeq v3试剂盒

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TruSight Oncology 500

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Illumina DNA Prep

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iSeq 100试剂盒

iSeq 100测序仪的试剂盒采用即用型卡盒以及单通道SBS化学和CMOS技术，可实现简单、低成本的测序。

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