TruSeq RNA Exome

为FFPE组织及其他低质量样本的RNA测序提供的可重现且经济的解决方案。只需10 ng的总RNA即可保证准确性。

约2天

分析时间

约11小时

手动操作时间

来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA,或来自FFPE样本的20 ng总RNA

起始量

详情请参见规格表

以前名为TruSeq RNA Access Library Prep Kit的产品(货号RS-301-2001和RS-301-2002)现更名为TruSeq RNA Exome。该产品的配置已更改。在新的配置中,主要组件例如文库制备、标签接头、富集试剂和外显子panel可单独订购。如果您之前买的是货号为RS-301-2001或RS-301-2002的产品,现在可订购以下组件:TruSeq RNA Library Prep for Enrichment(货号20020189)、TruSeq RNA Enrichment(货号20020490)、Exome Panel(货号20020183)以及下方标签接头部分中的一项。

概述

TruSeq RNA Exome,以前名为TruSeq RNA Access Library Prep Kit,能将总RNA转变为已知链起源的模板分子,然后进行编码RNA的序列特异性捕获。这为从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织和其他低质量样本中分离的人类RNA提供了低成本的分析解决方案。

主要特点

  • 价格优惠且专注——获取人类转录组编码区,只需中度测序深度即可实现大量信息获取能力

  • 从复杂样本中获取高质量数据——专为降解样本的RNA测序而优化,包括FFPE组织

  • 起始材料受限样本——大大降低了样本起始量的需求(仅需10 ng来自新鲜或冷冻样本的总RNA,或20 ng来自降解样本的总RNA),同时保留了高灵敏度

TruSeq RNA Exome能从降解样本生成聚焦RNA编码区的RNA测序(RNA-Seq)文库。只需中度的总RNA测序read深度,即可分离这些高价值内容的区域,使信息获取能力加强。结果满足低起始量要求、实现了高样本通量和高性价比的转录组分析。提供的试剂量足以支持1至4重富集反应。

规格

需要的产品

Illumina现提供模块化产品的预订,让您的工作流程变得灵活。请单独订购文库制备、富集、标签接头和外显子组panel组件。

/ 结果

应用

工作流程示例

1
文库制备
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

每次运行5–16个样本(基于每个样本2500万条read)

2×75 bp

NovaSeq 6000 System

每次运行的样本数(双流动槽):S1:96,S2:96,S4:192(目前受可用标签组合的限制)

2×100 bp

NovaSeq 6000 System

每次运行的样本数(双流动槽):S1:96,S2:96,S4:192(目前受可用标签组合的限制)

2×100 bp

相关应用和方法

比较

TruSeq RNA Exome Illumina RNA Prep with Enrichment Illumina Stranded mRNA Prep
分析时间 约2天 <9小时 6.5小时
自动化功能 液体处理机器人 液体处理机器人 液体处理机器人
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
内容说明 捕获编码转录组/RNA外显子组 与Illumina Exome Panel一起使用时可捕获编码转录组 捕获编码转录组(带链信息)
说明 为研究人员提供清晰、全面的编码转录组视图,链信息精确且样本起始量低。 一种可重现且经济的解决方案,可使用多种类型的样本和起始材料来检测和发现目标转录本,包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织和其他低质量样本 简单、经济的编码转录组分析解决方案,可提供精确的链信息
手动操作时间 约11小时 < 2小时 <3小时
起始量 来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA,或来自FFPE样本的20 ng总RNA 10 ng RNA;20 ng FFPE RNA 25-1000 ng标准质量的总RNA
系统 NextSeq 550系统, HiSeq 3000, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪, HiSeq 4000 MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪, NovaSeq 6000系统 NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪
作用机制 以编码RNA为靶标的生物素化的捕获探针。不要求RNA带有poly-A尾巴。 链接磁珠转座酶 PolyA捕获,连接接头和标签
方法 外显子组测序, mRNA测序 mRNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 mRNA测序
多重分析 多达24个单标签、96个组合(CD)双标签 多达384个唯一双标签(UDI) 多达384个唯一双标签(UDI)
核酸类型 RNA RNA RNA
特殊的样本类型 低起始量样本, FFPE组织 血液, 低起始量样本, FFPE组织 不兼容FFPE, 低起始量样本
物种 人, 病毒 哺乳动物, 牛, 小鼠, 人, 大鼠
链特异性 链状 非链 链状
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 单核苷酸多态性(SNP), 新型转录本, 转录本变异 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 新型转录本, 转录本变异

高效发现融合基因

TruSeq RNA Exome能够检测表达的融合转录本,且不需要针对融合连接位点设计探针。在25M read中,通用人类参考RNA(UHRR)样本中已经研究透彻的BCR-ABL融合被高效检测。

相关资源

缩略图

埃博拉和性传播

一名感染了埃博拉病毒病(EVD)的男性幸存者在结束埃博拉治疗六个月之后,将病毒传染给了他的女性伴侣并致其死亡。传统方法检测的结果表明这位幸存者的精液呈阴性,但作者使用了Illumina TruSeq RNA Access Kit和定制探针对精液样本进行了富集,以获取EBOV RNA。

文库制备 (1)

TruSeq® RNA Library Prep for Enrichment(48样本)

20020189

包含用于制备48个文库的试剂。单独购买标签接头、富集panel和富集试剂。

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富集 (1)

TruSeq® RNA Enrichment(12次富集)

20020490

与TruSeq RNA Library Prep for Enrichment搭配使用时,足够进行12次富集反应。单独购买文库制备、标签接头和探针panel。

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标签接头 (2)

TruSeq RNA Single Indexes Set A(12标签,48样本)

20020492

包括24个标签中的12个(标签:2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18、19),用于制备48个单独的RNA样本。

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TruSeq RNA Single Indexes Set B(12标签,48样本)

20020493

包括24个标签中的12个(标签:1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25、27),用于制备48个单独的RNA样本。

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Panel (1)

Illumina Exome Panel – 仅富集寡核苷酸

20020183

与Illumina DNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行8次富集反应,与TruSeq RNA Exome搭配使用时可进行12次反应,与Illumina RNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行32次反应。单独购买文库制备和富集试剂以及标签接头。

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选择汇总

产品

数量

Unit Price

NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq v3试剂盒

与早期版本相比,优化的试剂盒可增加簇密度和读长,从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

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