编码转录组更清晰完整的视图

mRNA-Seq可以准确而全面地检测已知和未知转录本,同时检测转录本丰度

mRNA测序

mRNA测序(mRNA-seq)已迅速成为分析疾病状态和生物过程的转录组以及在各种研究设计中分析转录组的首选方法。mRNA-Seq不仅是一种高度灵敏和准确的基因表达定量方法,还可以识别已知和新的转录异构体、基因融合等特征以及等位基因特异性表达。mRNA测序可以提供编码转录组的完整视图,而不需要预先了解相关知识并进行筛选。

mRNA-Seq包括3个简单步骤

使用此无缝的工作流程解决方案分析标准mRNA样本中的编码转录组。

查看推荐工作流程

与基因表达芯片相比,mRNA-Seq在分析转录组方面具有许多优势。

  • 提供更广泛的动态范围,能够更灵敏和准确地测量基因表达的倍数变化
  • 捕获已知和新颖的特性
  • 可以广泛应用于各种物种

 

从芯片技术过渡到mRNA-Seq

开发表达分析工具,使mRNA-Seq结果和之前芯片数据的比较更加容易。

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比率压缩是基因表达芯片的一种技术限制,它可以缩小动态范围,掩盖或改变已测到的转录变化。1–3相比之下,mRNA-Seq不受这种偏差的影响,可以更全面、准确地检测基因表达的变化。

此外,mRNA-Seq可以提供链信息,这使得反义表达的检测成为可能,可以更精确地量化重叠的转录本,并增加可比对read的百分比。

自闭症和mRNA-Seq

SynapDx的总裁、首席执行官和创始人Stanley Lapidus讨论了该公司如何使用mRNA-Seq来研究自闭症。

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Illumina边合成边测序(SBS)技术是最广泛采用的NGS技术,产生了全世界约90%的测序数据。*

除了业界领先的数据质量,Illumina还提供集成的mRNA-Seq工作流程,简化了从文库制备到数据分析和生物解读的整个过程。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit

适用于mRNA-Seq的简化、经济和可扩展的文库制备,可精确检测链方向。准确检测基因和转录本丰度,并能检测编码转录组中已知和新的特征。

TruSeq RNA Exome

为低质量/FFPE样本的mRNA-Seq提供低成本的解决方案。准确检测基因和转录本丰度,并能检测编码转录组中已知和新的特征。

查找合适的文库制备试剂盒

使用此工具来查找满足您需要的最佳试剂盒。

MiSeq系统

加速和简化重点应用,每次只运行1个mRNA样本。

NextSeq 550系统

灵活的桌面式测序仪,支持多个应用程序,在一次运行中可以对5–16个mRNA样本进行测序。

HiSeq 4000系统

高通量RNA-Seq,在HiSeq 4000系统上可运行高达100个人类转录组。

NovaSeq 6000系统

无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量,灵活简便。

平台比较工具

比较测序平台,找到适合您实验室和应用的最佳系统。

测序试剂

找到包含为Illumina测序系统量身定制的测序试剂、流动槽和/或缓冲液的试剂盒。

RNA Express App

使用STAR比对器比对RNA-Seq read,并将比对read分配给基因,然后利用DESeq2进行差异表达分析。

TopHat Alignment App

定位read,估算参考基因和转录本的丰度,检出变异,并可检出选定的融合。

Cufflinks Assembly & Differential Expression (DE) App

组装新的转录本,并开展新的和参考转录本的差异表达分析。

Integrative Genomics Viewer

由哈佛及麻省理工Broad研究所开发的基因组浏览器,可以显示用于复杂变异分析的NGS数据。

Genomatix Pathway System (GePS)

将有注释数据的单个基因或基因列表与通路、疾病、组织和小分子相关联。

iPathway Guide

差异基因表达、药物相互作用和疾病分析。

BaseSpace Sequence Hub

用于NGS数据分析和管理的Illumina基因组学计算环境。

BaseSpace Correlation Engine

不断增长的经审核的基因组数据库,可在鉴定疾病机制、药物靶点和生物标记方面为研究人员提供有力支持。

适用于癌症研究的mRNA-Seq
适用于癌症研究的mRNA-Seq

利用mRNA-Seq监测基因表达变化可以帮助研究人员鉴定可预测疾病预后或治疗反应的生物标记。深入了解癌症RNA-Seq

用于复杂疾病研究的基因表达分析
用于复杂疾病研究的基因表达图谱

基于RNA-Seq的基因表达图谱研究可以帮助研究人员了解遗传和环境因素如何导致一系列复杂疾病。深入了解基因表达图谱

RNA药物反应生物标记的发现
RNA药物反应生物标记的发现

了解如何利用RNA-Seq识别新的基于RNA的药物反应生物标记。查看帮助新用户开展此应用的资源。深入了解药物反应RNA生物标记分析。

 
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Illumina NGS应用指南
方法指南

该指南提供了您需要的全部信息,包括用于文库制备的BeadChip芯片、测序仪选择和分析。使用该指南为您的实验室选择最佳工具。

访问指南
单细胞mRNA-Seq
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Norma Neff博士讨论了斯坦福大学的研究人员如何使用单细胞mRNA-Seq来研究早期发育。

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mRNA-Seq数据分析
RNA-Seq数据分析

用户友好型软件工具为生物学家简化了mRNA-Seq数据分析,与生物信息学经验无关。

查找分析工具
用于基因表达研究的RNA-Seq
用于基因表达研究的RNA-Seq

Illumina提供了一个集成的mRNA-Seq工作流程,有助于加深对生物学的理解。

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低质量和FFPE样本的mRNA-Seq
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福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织等低质量样本的RNA-Seq可以为疾病研究提供有价值的信息。

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确定针对您感兴趣的基因的测序panel和芯片。

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参考文献
  1. Shi L, Tong W, Su Z, et al.Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications.BMC Bioinformatics.2005;6 Suppl 2:S11.
  2. Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations.Bioinformatics.2003;19:178-184.
  3. Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC.Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays.Nucleic Acids Res.2002;30:e48.

*根据Illumina公司2015年存档数据计算。