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mRNA测序

mRNA测序简介

mRNA测序(mRNA-seq)已迅速成为分析疾病状态和生物过程的转录组以及在各种研究设计中分析转录组的首选方法。mRNA-Seq不仅是一种高度灵敏和准确的基因表达定量方法,还可以识别已知和新的转录异构体、基因融合等特征以及等位基因特异性表达。mRNA测序可以提供编码转录组的完整视图,而不需要预先了解相关知识并进行筛选。

mRNA-Seq包括3个简单步骤

使用此无缝的工作流程解决方案分析标准mRNA样本中的编码转录组。

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mRNA测序的优势

与基因表达芯片相比,mRNA-Seq在分析转录组方面具有许多优势。

  • 提供更广泛的动态范围,能够更灵敏和准确地测量基因表达的倍数变化
  • 捕获已知和新颖的特性
  • 可以广泛应用于各种物种
从芯片技术过渡到mRNA-Seq

开发表达分析工具,使mRNA-Seq结果和之前芯片数据的比较更加容易。

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准确、高分辨率的转录组视图

比率压缩是基因表达芯片的一种技术限制,它可以缩小动态范围,掩盖或改变已测到的转录变化。1–3相比之下,mRNA-Seq不受这种偏差的影响,可以更全面、准确地检测基因表达的变化。

此外,mRNA-Seq可以提供链信息,这使得反义表达的检测成为可能,可以更精确地量化重叠的转录本,并增加可比对read的百分比。

自闭症和mRNA-Seq

SynapDx的总裁、首席执行官和创始人Stanley Lapidus讨论了该公司如何使用mRNA-Seq来研究自闭症。

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探索NextSeq 2000

NextSeq 2000支持高通量测序应用。该系统历经75次以上的更新,采用干仪器和简捷的运行设置,可利用机载DRAGEN软件实现快速的二级分析。您可以通过该仪器体验我们最简单的工作流程,了解外显子组测序、靶向富集、单细胞分析和转录组测序的强大功能。

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RNA测序注意事项

每种RNA-Seq实验类型—无论为基因表达图谱、靶向RNA表达、还是小分子RNA分析—对读长和深度都有独特要求。本公告综述了试验注意事项并提供帮助研究设计的资源。

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全面的mRNA-Seq工作流程

Illumina边合成边测序(SBS)技术是最广泛采用的NGS技术,产生了全世界约90%的测序数据。*

除了业界领先的数据质量,Illumina还提供集成的mRNA-Seq工作流程,简化了从文库制备到数据分析和生物解读的整个过程。

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BRC-Seq使用BaseSpace进行样本追踪和数据分析、管理及共享。

参考文献
  1. Shi L, Tong W, Su Z, et al.Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications.BMC Bioinformatics.2005;6 Suppl 2:S11.
  2. Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations.Bioinformatics.2003;19:178-184.
  3. Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC.Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays.Nucleic Acids Res.2002;30:e48.

*根据Illumina公司2015年存档数据计算