Illumina DRAGEN二级分析
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TruPath Genome 提供简洁高效的全流程方案，全面检测人类全基因组变异，手动操作时间更短，与 NovaSeq X 系列无缝衔接。
TruPath Genome 需要 NovaSeq X 系统软件 v1.4 或更高版本。
概述
规格
| 分析时间 | 约29小时，含测序时间 |
|---|---|
| 说明 | 有效解析复杂比对区域，提供全面基因组信息，提升结构变异检测能力，实现定相读段与变异检出。 |
| 手动操作时间 | 约 10 分钟 |
| 起始量 | 350 ng |
| 系统 | NovaSeq X测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 |
| 作用机制 | 流动槽上片段化 |
| 方法 | 全基因组测序 |
| 核酸类型 | DNA |
| 反应次数 | 每盒可处理2或8个样本 |
| 样本类型详情 | 推荐使用高分子量DNA提取试剂盒 |
| 特殊的样本类型 | 血液, 口腔拭子, 唾液 |
| 物种 | 人 |
| 技术 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 短串联重复序列（STR）, 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 基因重排 |
需要的产品
TruPath Genome 试剂盒包含：C2 或 C8 流动槽、TruPath 试剂、适用于 NovaSeq X 或 NovaSeq X Plus 测序仪（软件版本 v1.4 或更高）的测序耗材，以及 DRAGEN 胚系分析软件。
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结果
应用
TruPath Genome 实现人类全基因组测序，覆盖度更佳，变异检测准确性更高，操作简便。
工作流程范例
项目建议
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| NovaSeq X测序仪 | 每次运行使用 C2 流动槽可处理 2 个样本，使用 C8 流动槽可处理 8 个样本 |
2 × 150 bp |
| NovaSeq X Plus测序仪 | 单次 C2 流动槽运行可处理 2 个样本，双 C2 流动槽运行可处理 4 个样本；单次 C8 流动槽运行可处理 8 个样本，双 C8 流动槽运行可处理 16 个样本 |
2 × 150 bp |
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Phased 测序能够区分来自母亲和父亲的等位基因，这一信息在遗传疾病研究中具有重要价值。
比较
| Illumina TruPath Genome | TruSeq DNA PCR-Free | Illumina DNA PCR-Free Prep | |
|---|---|---|---|
| 分析时间 | 约29小时，含测序时间 | 总检测时间5小时 | 约1.5小时 |
| 说明 | 有效解析复杂比对区域，提供全面基因组信息，提升结构变异检测能力，实现定相读段与变异检出。 | 用于全基因组测序研究的简单、一站式无PCR制备方法，可对具有挑战性的基因组区域进行测序。 | 使用磁珠上酶切法片段化与无PCR化学反应的独特组合，为灵敏的应用制备测序文库，同时消除了PCR诱导的偏差，并将文库制备总时间缩短至90分钟。 |
| 手动操作时间 | 约 10 分钟 | 4小时 | 约45分钟 |
| 起始量 | 350 ng | 1 ug DNA | 25-300 ng |
| 系统 | NovaSeq X测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 | MiSeq测序仪, NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, MiSeqDx测序仪下的科研模式, MiniSeq测序仪, NovaSeq X测序仪, NextSeq 500测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 | MiSeq测序仪, NextSeq 550测序仪, NextSeq 2000测序仪, NextSeq 1000测序仪, MiSeqDx测序仪下的科研模式, NextSeq 550Dx测序仪下的科研模式, NovaSeq X测序仪, NextSeq 500测序仪, NovaSeq 6000测序仪, NovaSeq X Plus测序仪 |
| 作用机制 | 流动槽上片段化 | 机械DNA片段化和接头连接。工作流程无PCR且无凝胶。 | 链接磁珠转座酶 |
| 方法 | 全基因组测序 | 通过测序进行基因分型, 全基因组测序, 鸟枪法测序 | 从头测序, 全基因组测序 |
| 核酸类型 | DNA | DNA | DNA |
| 反应次数 | 每盒可处理2或8个样本 | ||
| 样本类型详情 | 推荐使用高分子量DNA提取试剂盒 | ||
| 特殊的样本类型 | 血液, 口腔拭子, 唾液 | 不兼容FFPE | 血液, 不兼容FFPE, 低起始量样本, 唾液, 不兼容FFPE |
| 物种 | 人 | 其他, 哺乳动物, 小鼠, 人, 大鼠, 植物 | 任何物种, 人 |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
| 变异类别 | 短串联重复序列（STR）, 单核苷酸多态性（SNP）, 杂合性缺失（LOH）, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 单核苷酸位点变异（SNV）, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV）, 基因重排 | 单核苷酸多态性（SNP）, 基因融合, 杂合性缺失（LOH）, 体细胞变异, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） | 短串联重复序列（STR）, 单核苷酸多态性（SNP）, 体细胞变异, 染色体异常, 生殖系变异, 结构变异, 插入缺失（indel）, 拷贝数变异（CNV） |
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捆绑式解决方案 (2)
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TruPath Genome 采用邻位映射读段技术。邻位映射读段是将标准短读段与相邻纳米孔反应簇中的邻近信息相结合，从而生成精准的长距离基因组洞察。该工作流程保持原始大分子 DNA 模板与最终短读段之间的关联，用于检测结构变异、实现遗传变异的超长片段定相，并提升基因组复杂比对区域的解析能力。
TruPath Genome 首发版本适用于人类全基因组测序。
TruPath Genome 一体化试剂盒包含试剂与测序耗材。当前版本须在搭载 v1.4 或更高版本软件的 NovaSeq X 系列上进行测序。配套 DRAGEN 胚系分析可在本地 DRAGEN 服务器或云端 Illumina Connected Analytics 平台完成。
将纯化基因组 DNA 稀释于 TruPath 片段化缓冲液中，加入文库管条，随后插入 NovaSeq X 试剂卡盒。再向卡盒中加入 TruPath 试剂。将卡盒与流动槽装载至 NovaSeq X 系列，启动运行。手动操作时间约 10 分钟。
DRAGEN Germline分析软件用于胚系变异检测的二级分析。用户可通过本地服务器或云端 Illumina Connected Analytics 平台访问该应用。该软件将测序数据与纳米孔邻位信息相结合，将 DNA 序列与参考序列比对。利用邻位信息，可准确分配此前无法比对至参考基因组或仅能低置信度比对的读段。
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结果
Illumina Connected Analytics
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