产品

TruSeq RNA Exome（原名为TruSeq RNA Access Library Prep Kit）

TruSeq RNA Exome

为FFPE组织及其他低质量样本的RNA测序提供的可重现且经济的解决方案。只需10 ng的总RNA即可保证精确度。

约2天

分析时间

约11小时

手动操作时间

来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA，或来自FFPE样本的20 ng总RNA

起始量

详情请参见规格表

之前称为TruSeq RNA Access Library Prep Kit的产品（货 号RS-301-2001和RS-301-2002），现名为TruSeq RNA Exome。该产品的配置已更改。在新的配置中，主要组件例如文库制备、标签接头、富集试剂和外显子panel可单独购买。如果您之前购买过Cat。 号 RS-301-2001 或货号 号 RS-301-2002，请购买以下组件：TruSeq RNA Library Prep for Enrichment（货 号20020189），TruSeq RNA Enrichment（货号 号20020490），Exome Panel（货号 号 20020183），以及下面标签接头一节中的一项。

概述

TruSeq RNA Exome，以前名为TruSeq RNA Access Library Prep Kit，能将总RNA转变为已知链起源的模板分子，然后进行编码RNA的序列特异性捕获。这为从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织和其他低质量样本中分离的人类RNA提供了低成本的分析解决方案。

主要特点

  • 经济实惠且专注——分离人类转录组编码区域，在一小部分测序深度下最大限度地发挥发现能力

  • 来自困难样本的高质量数据——针对对FFPE组织等降解样本的RNA进行测序 进行了优化

  • 起始材料有限的样本 - 大大降低了起始起始量要求（新鲜或冷冻样本的总RNA低至10 ng，降解样本的总RNA低至20 ng），同时保持了高灵敏度

TruSeq RNA Exome能从降解样本生成聚焦RNA编码区的RNA测序（RNA-Seq）文库。只需中度的总RNA测序read深度，即可分离这些高价值内容的区域，使信息获取能力最大化。结果满足低起始量要求、实现了高样本通量和高性价比的转录组分析。提供的试剂量足以支持1至4重富集反应。

查看因美纳核糖体RNA去除实验方案的综合性评估

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method mRNA Sequencing, Exome Sequencing
Specialized sample types Low-Input Samples, FFPE Tissue
Strand specificity Stranded
Variant class Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts
作用机制 以编码RNA为靶标的生物素化的捕获探针。不要求RNA带有poly-A尾巴。
内容说明 捕获编码转录组/RNA外显子组
分析时间 约2天
多重分析 多达24个单标签、96个组合（CD）双标签
手动操作时间 约11小时
技术 Illumina测序
核酸类型 RNA
物种 人
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, HiSeq 3000, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System, HiSeq 4000
自动化详情 探索可用的自动化方法
说明 为研究人员提供清晰、全面的编码转录组视图，链信息精确且样本起始量低。
起始量 来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA，或来自FFPE样本的20 ng总RNA

所需产品

Illumina现提供模块化产品的预订，让您的工作流程变得灵活。请单独订购文库制备、富集、标签接头和外显子组panel组件。

/

应用

工作流程示例

1
文库制备
2
测序
3
Anlayze

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

5 to 16 samples per run (based on 25 million reads per sample)

2×75 bp
NovaSeq 6000 System

Samples per run (dual flow cell): S1: 96, S2: 96, S4: 192 (currently limited by available index combinations)

2×100 bp
NovaSeq 6000 System

Samples per run (dual flow cell): S1: 96, S2: 96, S4: 192 (currently limited by available index combinations)

2×100 bp

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产品资料
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比较

TruSeq RNA Exome Illumina RNA Prep with Enrichment Illumina Stranded mRNA Prep
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method mRNA Sequencing, Exome Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, mRNA Sequencing mRNA Sequencing
Specialized sample types Low-Input Samples, FFPE Tissue Low-Input Samples, FFPE Tissue, Blood Not FFPE-Compatible, Low-Input Samples
Strand specificity Stranded Non-Stranded Stranded
Variant class Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts
作用机制 以编码RNA为靶标的生物素化的捕获探针。不要求RNA带有poly-A尾巴。 链接磁珠转座酶 PolyA捕获，连接接头和标签
内容说明 捕获编码转录组/RNA外显子组 与Illumina Exome Panel一起使用时可捕获编码转录组 捕获编码转录组（带链信息）
分析时间 约2天 ＜9小时 6.5小时
多重分析 多达24个单标签、96个组合（CD）双标签 多达384个唯一双标签（UDI） 多达384个唯一双标签（UDI）
手动操作时间 约11小时 < 2小时 ＜3小时
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 RNA RNA RNA
物种 人 人, Virus Mammalian, 牛, 小鼠, 人, 大鼠
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, HiSeq 3000, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System, HiSeq 4000 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明 为研究人员提供清晰、全面的编码转录组视图，链信息精确且样本起始量低。 一种可重现且经济的解决方案，可使用多种类型的样本和起始材料来检测和发现目标转录本，包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织和其他低质量样本 简单、经济的编码转录组分析解决方案，可提供精确的链信息
起始量 来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA，或来自FFPE样本的20 ng总RNA 10 ng RNA；20 ng FFPE RNA 25-1000 ng标准质量的总RNA

图

高效发现融合基因

TruSeq RNA Exome能够检测表达的融合转录本，且不需要针对融合连接位点设计探针。在25M read中，通用人类参考RNA（UHRR）样本中已经研究透彻的BCR-ABL融合被高效检测。

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文库制备 (1)

TruSeq® RNA Library Prep for Enrichment (48 Samples)

20020189

包含用于制备48个文库的试剂。单独购买标签接头、富集panel和富集试剂。

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富集 (1)

TruSeq® RNA Enrichment (12 enrichments)

20020490

与TruSeq RNA Library Prep for Enrichment搭配使用时，足够进行12次富集反应。单独购买文库制备、标签接头和探针panel。

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标签接头 (2)

TruSeq RNA Single Indexes Set A (12 Indexes, 48 Samples)

20020492

包括24个标签中的12个（标签：2、4、5、6、7、12、13、14、15、16、18、19），用于制备48个单独的RNA样本。

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TruSeq RNA Single Indexes Set B (12 Indexes, 48 Samples)

20020493

包括24个标签中的12个（标签：1、3、8、9、10、11、20、21、22、23、25、27），用于制备48个单独的RNA样本。

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Panel (1)

Illumina Exome Panel – Enrichment Oligos Only

20020183

与Illumina DNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行8次富集反应，与TruSeq RNA Exome搭配使用时可进行12次反应，与Illumina RNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行32次反应。单独购买文库制备和富集试剂以及标签接头。

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