Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome

简化的RNA-Seq解决方案,用于对编码和非编码转录组进行清晰、全面的分析,具有出色的研究灵活性。

约7小时

分析时间

<3小时

手动操作时间

标准质量RNA样本为1–1000 ng总RNA。建议至少10 ng总RNA,以获得最佳性能和FFPE样本 

起始量

详情请参见规格表

概述

Illumina Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus可准确测量基因和转录本丰度,并编码RNA和多种形式的非编码RNA中已知的和新的特征。研究人员能够可靠地揭示替代转录本、基因融合和等位基因特异性表达。此外,Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus Microbiome可为宏转录组学应用提供高质量数据。

主要特点

  • 出色的性能——在单一反应中去除多个物种的原核和真核核糖体RNA(rRNA)和珠蛋白RNA,以便进行丰富的转录组分析

  • 高质量数据——在低RNA起始量(1–1000 ng)和复杂样本(包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、粪便样本和其他低质量样本)中实现高灵敏度检测

  • 快速、灵活的工作流程——与同类试剂盒相比,文库的制备速度提高了40%。工作流程的创新包括更短的孵育时间和更少的样本纯化步骤,总实验时间为7小时


性能参数


需要的产品

选择满足您处理需求的文库制备试剂盒大小(16个样本或96个样本)。

标签单独出售,是多重分析所必需的。选择最适合您目标测序通量的标签选项。测序通量和多重分析能力可能因测序仪和流动槽试剂而异。

深入了解多重分析

/ 结果

应用

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome Kit可在约7小时内从低RNA起始量和低质量样本中制备全转录组测序可用文库,手动操作时间不到3小时。

工作流程示例

1
制备

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome


项目建议

仪器 推荐的样本数 读长
NextSeq 550系统

中通量:2个样本/流动槽

高通量:8个样本/流动槽

2 × 50 bp

NextSeq 2000系统

P2:8个样本/流动槽 

P3:24个样本/流动槽

2 × 50 bp

NovaSeq 6000系统

SP:16个样本/流动槽 

S1:32个样本/流动槽

S2:82个样本/流动槽 

S4:200个样本/流动槽

2 × 50 bp

应用和方法

比较

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus或Ribo-Zero Plus Microbiome TruSeq Stranded Total RNA TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin
分析时间 约7小时 11.5小时 11.5小时
自动化功能 液体处理机器人 液体处理机器人 液体处理机器人
内容说明 捕获编码RNA以及多种形式的非编码RNA 捕获编码RNA以及多种形式的非编码RNA 捕获编码RNA以及多种形式的非编码RNA
说明 用于从低RNA起始量和低质量样本制备全转录组测序文库,支持多种RNA-Seq应用。包括Ribo-Zero Plus,用于单管去除来自多个物种的rRNA和珠蛋白RNA,以便进行丰富的转录组分析。  用于全转录组测序研究。Total RNA版本可去除细胞质rRNA,而Total RNA Gold版本可去除细胞质和线粒体rRNA。 用于血液来源RNA的全转录组测序研究。去除细胞质rRNA、线粒体rRNA和珠蛋白mRNA。
手动操作时间 <3小时 5.5小时 5.5小时
起始量 标准质量RNA样本为1–1000 ng总RNA。建议至少10 ng总RNA,以获得最佳性能和FFPE样本  0.1 – 1 ug高质量总RNA。低质量样本可能需要进一步优化。 0.1–1 ug血液来源的高质量纯化总RNA
系统 NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪 NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪 NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, NovaSeq X基因测序仪, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, NovaSeq X Plus基因测序仪
作用机制 酶法rRNA去除,连接接头和标签 基于磁珠的rRNA去除、cDNA合成和PCR 基于磁珠的rRNA去除、cDNA合成和PCR
方法 全转录组测序, 宏转录组测序 全转录组测序 全转录组测序
多重分析 多达384个唯一双标签(UDI) 低通量试剂盒:混合最多12个样本。或混合24个样本(组A和B一起), 高通量试剂盒:使用组合双标签序列或唯一双标签序列制备96个标签样本 高通量试剂盒:使用组合双标签序列或唯一双标签序列制备96个标签样本, 低通量试剂盒:混合最多12个样本。或混合24个样本(组A和B一起)
核酸类型 RNA RNA RNA
特殊的样本类型 微生物组样本, 低起始量样本, FFPE组织 FFPE组织 血液
物种 小鼠, 人, 大鼠, 细菌 小鼠, 人, 大鼠 小鼠, 人, 大鼠
物种详情 Ribo-Zero Plus可去除多个物种的大量转录本,包括:人类细胞质和线粒体rRNA、小鼠rRNA、大鼠rRNA、细菌(大肠杆菌和枯草芽孢杆菌)rRNA以及人类β珠蛋白转录本  Ribo-Zero Plus Microbiome去除了多个物种的大量转录本,包括:在Ribo-Zero Plus中去除的转录本以及多种微生物物种和ATCC MSA-2002, MSA-2005和MSA-2006  rRNA去除:去除人类、小鼠和大鼠rRNA rRNA去除:去除人、小鼠和大鼠rRNA(细胞质和线粒体)和球蛋白mRNA
链特异性 链状
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 新型转录本, 转录本变异 单核苷酸多态性(SNP), 基因融合, 新型转录本, 转录本变异

选择工具

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus工作流程

Illumina Stranded Total Prep提供了快速的工作流程,且手动操作时间短。时间长短因使用的设备、处理的样本数量、自动化程序或用户经验而异。

性能参数比较

性能参数比较——将Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus与TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero进行比较。Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus更高效,尤其是在使用10 ng和1 ng的低起始量总UHR RNA的情况下。

使用Ribo-Zero Plus Microbiome Depletion试剂盒开展可靠的核糖核酸去除

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit可有效去除粪便样本中的rRNA(5S、16S和23S)水平。将Ribo-Zero Plus rRNA Depletion试剂盒的检测结果与X公司的市售核酸去除试剂盒进行了比较。共检测了两份粪便混合物样品。

可去除的目标RNA种类

Illumina Stranded Total RNA Prep Kit包括(A) Ribo-Zero Plus,用于去除人类、小鼠、大鼠、细菌和流行病学样本等多个物种的大量rRNA,或(B) Ribo-Zero Plus Microbiome,可稳定去除包括粪便样本在内的复杂微生物样本中的大量rRNA,用于宏转录组研究。

A. Ribo-Zero Plus试剂盒

去除靶标 rRNA靶标
人细胞质rRNA 28S、18S、5.8S和5S
人线粒体rRNA 12S和16S
人β珠蛋白转录本 HBA1、HBA2、HBB、HBG1和HBG2
小鼠和大鼠 12S、16S、28S、18S、5.8S和5S
革兰氏阴性细菌rRNA 大肠埃希菌:5S、16S、23S
革兰氏阳性细菌rRNA 枯草芽孢杆菌:5S、16S、23S

Ribo-Zero Plus Microbiome

去除靶标 rRNA靶标
微生物组rRNA* 来自不同微生物的5S, 16S, 23S,包括常见成人、婴儿细菌物种和ATCC MSA-2002, MSA-2005和MSA-2006

*仅包含在Illumina Stranded Total Ribo-Zero Plus Microbiome Kit(货号20072063)中。rRNA去除针对人类微生物组rRNA进行了优化,使用其他样本类型时性能可能会有所不同。

资源

利用宏转录组进行无偏差细菌分析

来自Diversigen和DNA Genotek的Tonya Ward、Emily Hollister和Le François博士如何为宏转录组研究开发工作流程,并阅读他们对该研究领域如何潜在影响未来的看法。

宏转录组学:挑战和机遇

在此网络研讨会中,该领域的三位顶尖专家将分享他们在样本采集和处理、rRNA去除和生物信息学分析方面的见解和主要观点。

文库制备 (3)

Illumina® Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus(16样本)

20040525

包含用于制备16个样本的试剂和Ribo-Zero Plus去除模块。仅与IDT for Illumina RNA UD标签、Ligation兼容。标签和纯化磁珠单独出售。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus(96样本)

20040529

包含用于制备96个样本的试剂和Ribo-Zero Plus去除模块。仅与IDT for Illumina RNA UD Index、Ligation兼容。标签和纯化磁珠单独出售。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome(96样本)

20072063

包含用于制备96个文库的试剂和Ribo-Zero Plus Microbiome去除模块。仅与IDT for Illumina RNA UD Index、Ligation兼容。标签单独出售。

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标签接头 (8)

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation(96标签,96样本)

20091655

Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。

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Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation(96标签,96样本)

20091657

Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。

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Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation(96标签,96样本)

20091659

Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。

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Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation(96标签,96样本)

20091661

Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备试剂。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set A, Ligation(96标签,96样本)

20040553

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set B, Ligation(96标签,96样本)

20040554

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set C, Ligation(96标签,96样本)

20040555

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。

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IDT® for Illumina® RNA UD Indexes Set D, Ligation(96标签,96样本)

20040556

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本和RNA Index Anchor板。配合Illumina Stranded Total RNA Prep和Illumina Stranded mRNA Prep Kit使用。单独购买文库制备和探针panel。

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服务 (1)

Illumina Stranded Total RNA Library Prep培训

20044764

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常见问题解答

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome Kit包含扩展捕获探针,可靶向来自不同微生物物种的5S, 16S和23S rRNA,包括常见的成人和婴儿肠道细菌,而Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit靶向 大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的 5S, 16S和23S。 

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation、Ribo-Zero Plus Microbiome可去除人类珠蛋白转录本和多个物种的rRNA,包括人类、小鼠、大鼠和人类肠道和皮肤中常见的多种细菌菌株。Illumina无法保证去除所列物种以外的rRNA。

建议将Agilent Technologies的Universal Human Reference RNA阳性样本对照品(货号740000)与Illumina Stranded Total RNA Prep一起使用。

为了检查最终文库的质量和浓度,可以使用以下两种方法:

  • • 如果使用NextSeq 1000/2000测序系统,按1:10000x稀释文库,然后使用KAPA qPCR Library Quantification Kit分析2 μL文库。

  • • 如果使用其他测序系统,使用Agilent 2100 Bioanalyzer和DNA 1000 Kit分析1 µL文库。

Illumina Stranded Total RNA Prep靶向起始链。

使用Illumina Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome Kit时,RNA的最低推荐起始量为25 ng,以获得最佳性能。

/ 结果

NovaSeq X系列

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