Illumina RNA Prep with Enrichment

一种快速、集成的工作流程,用于从各种样本类型和RNA起始量中制备富集和标签测序文库。

<9小时

分析时间

< 2小时

手动操作时间

10 ng RNA;20 ng FFPE RNA

起始量

详情请参见规格表

概述

Illumina RNA Prep with Enrichment使用磁珠上酶切法片段化,然后进行简单的90分钟杂交步骤,为RNA测序(RNA-Seq)应用提供超快速的解决方案。 

快速、简单且可扩展的工作流程

总时间不到9小时,手动操作时间不到2小时,即可制备和富集可用于测序的文库。与Illumina高通量测序仪器结合使用,每次运行可处理更多样本。

来自困难样本的高质量数据

能够从有限的起始材料以及福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织等受损或降解的样本中获得可重现的结果。

经济且全面的RNA-Seq

在测序深度的一小部分,最大限度地提高发现能力。Illumina RNA Prep with Enrichment可提供出色的捕获效率和覆盖度均一性,极大地减少所需的测序深度,实现无偏差的准确检测。

灵活的模块化panel设计

使用各种预先构建的、经过验证的探针或定制探针来检测和发现等位基因特异性表达、融合检测、生物标志物筛查等,以实现最大的灵活性。


性能参数


所需产品

完整的RNA Prep with Enrichment工作流程需要使用文库制备、探针panel和标签接头(所有物品均单独出售)。

可选组件包括:

  • Illumina RNA Fast Hyb Enrichment — 仅包含富集试剂,适用于处理复杂度与建议不同的客户

  • Illumina RNA Prep, (L) Tagmentation — 包含预富集试剂,仅适用于处理与建议序列不同的客户

/

应用

Illumina RNA Prep with Enrichment可在制备靶向测序文库时灵活地制备样本类型和RNA起始量,适用于支持等位基因特异性表达、融合检测、生物标志物筛选等检测和发现研究的各种RNA-Seq应用。

工作流程示例

1
制备

Illumina RNA Prep with Enrichment

3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Illumina RNA Prep with Enrichment + Exome Panel 

Mid output: 5 

High output: 16 

(based on 25M reads per sample) 

2×100 bp

NextSeq 1000 System, NextSeq 2000 System

Illumina RNA Prep with Enrichment + Exome Panel

P2: 16

P3: 48 

(based on 25M reads per sample) 

2×100 bp

NovaSeq 6000 System

Illumina RNA Prep with Enrichment + Exome Panel

SP: 32

S1: 64

S2: 164 

S4: 384

(based on 25M reads per sample)

2×100 bp

MiSeq System

Illumina RNA Prep with Enrichment + Viral Surveillance Panel or Pan-Coronavirus Panel

Up to 25 samples (based on 1M reads per sample)

2 × 150 bp

NextSeq 550 System

Illumina RNA Prep with Enrichment + Viral Surveillance Panel or Pan-Coronavirus Panel

Up to 384 samples (based on 1M reads per sample)

2 × 150 bp



相关应用和方法

比较

Illumina RNA Prep with Enrichment TruSeq RNA Exome Illumina Stranded mRNA Prep
Variant class Gene fusions, Transcript variants Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Novel transcripts
作用机制 链接磁珠转座酶 以编码RNA为靶标的生物素化的捕获探针。不要求RNA带有poly-A尾巴。 PolyA捕获,连接接头和标签
内容说明 与Illumina Exome Panel一起使用时可捕获编码转录组 捕获编码转录组/RNA外显子组 捕获编码转录组(带链信息)
分析时间 <9小时 约2天 6.5小时
多重分析 多达384个唯一双标签(UDI) 多达24个单标签、96个组合(CD)双标签 多达384个唯一双标签(UDI)
手动操作时间 < 2小时 约11小时 <3小时
物种 人, Virus Mammalian, 牛, 小鼠, 人, 大鼠
说明 一种可重现且经济的解决方案,可使用多种类型的样本和起始材料来检测和发现目标转录本,包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织和其他低质量样本 为研究人员提供清晰、全面的编码转录组视图,链信息精确且样本起始量低。 简单、经济的编码转录组分析解决方案,可提供精确的链信息
起始量 10 ng RNA;20 ng FFPE RNA 来自新鲜/冷冻样本的10 ng总RNA,或来自FFPE样本的20 ng总RNA 25-1000 ng标准质量的总RNA

选择工具:

Illumina RNA Prep with Enrichment提供快速的工作流程

与TruSeq RNA Exome相比,磁珠上酶切法片段化和90分钟的杂交步骤相结合,可提供更快的工作流程,步骤更少。

来自低起始量样本的高质量数据

Illumina RNA Prep with Enrichment实现了通用人类参考(UHR)中10 ng和100 ng总RNA起始量之间的高度数据一致性。

检测低起始量样本中的BCR-ABL1基因融合

使用Illumina RNA Prep with Enrichment和Illumina Exome Panel从K-562细胞系的10 ng RNA制备文库,成功检测出BCR-ABL1基因融合。顶部比对轨迹显示所有read,底部轨迹仅显示支持BCR-ABL1融合基因的read。

使用Illumina RNA Prep with Enrichment覆盖编码区

使用Illumina RNA Prep with Enrichment和Illumina Exome Panel从10 ng UHR RNA和20 ng FFPE RNA制备的文库显示,生成的数据中有超过85%与编码转录本和UTR比对。展示了来自TruSeq RNA Exome文库的数据以供比较。

从低起始量样本和FFPE样本进行基因融合检测

在K-562BCR-ABL11和TPM3-NTRK1基因融合的检出率为100%。 DV200 DV200

融合(来源) RIN RNA起始量 检测
BCR-ABL 1 (K-562) 7.4 10 ng 6/6次重复(100%)
TPM3-NTRK1 (结直肠癌) 2.5 20 ng 6/6次重复(100%)

相关资源

缩略图
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文库制备 (2)

Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (16 Samples)

20040536

包含用于制备和富集16个文库的试剂(16,1重富集反应)。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

包含用于制备和富集96个文库的试剂(32,3重富集反应)。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。

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标签接头 (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

包含96、10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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Panel (4)

Illumina Exome Panel – Enrichment Oligos Only

20020183

与Illumina DNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行8次富集反应,与TruSeq RNA Exome搭配使用时可进行12次反应,与Illumina RNA Prep with Enrichment搭配使用时可进行32次反应。单独购买文库制备和富集试剂以及标签接头。

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Respiratory Virus Oligos Panel V2

20044311

与Illumina RNA Prep with Enrichment(96样本)试剂盒搭配使用时,足够进行32次3重富集反应。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。

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Viral Surveillance Panel, RUO 96 Rxns

20088154

包含与Illumina RNA Prep with Enrichment Kit搭配使用时足以进行32次3重富集反应的Viral Surveillance Panel。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。

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Pan-Coronavirus Panel, RUO 96 Rxns

20088155

包含与Illumina RNA Prep with Enrichment Kit搭配使用时足以进行32次3重富集反应的Viral Surveillance Panel。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。

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服务 (1)

Illumina RNA Library Prep with Enrichment Training

20044763

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配套产品 (2)

Illumina RNA Fast Hyb Enrichment (16 Samples)

20040540

包含Illumina RNA Prep with Enrichment Kit的快速杂交富集试剂,可用于16次1重富集反应。支持客户处理与建议不同的复杂度。不包括预富集试剂。如需进行富集的完整制备,请订购Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒。

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Illumina RNA Prep, (L) Tagmentation (16 Samples)

20040542

包含来自Illumina RNA Prep with Enrichment Kit的预富集模块,适用于16个文库。支持客户处理与建议不同的复杂度。不包括富集试剂和纯化磁珠。要进行富集的完整制备,请订购Illumina RNA Prep with Enrichment Kit。

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选择汇总

产品

数量

Unit Price

常见问题解答

Illumina建议使用Agilent Technologies Universal Human Reference RNA(UHR)(货号740000)作为阳性对照样本。

Illumina Exome Panel、Respiratory Virus Oligos Panel V2、Viral Surveillance Panel和Pan-Coronavirus Panel可与Illumina RNA Prep and Enrichment Kit搭配使用。

 eBLTL是与磁珠结合的富集转座酶,通过在单个快速反应步骤中对cDNA进行片段化和添加接头标签序列来标记cDNA。

16次反应试剂盒可实现1重工作流程,而96次反应试剂盒可实现3重工作流程。可将其他辅助产品添加到任一工作流程中,以便以与建议不同的复杂度进行处理。
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订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

经过优化的试剂盒,可提供更高的簇密度和读长,与早期版本相比,提高了测序质量分值。

TruSight Oncology 500

靶向多种变异类型(包括微卫星不稳定性(MSI)和肿瘤突变负荷(TMB))的检测。

Illumina DNA Prep

快速、集成的工作流程,用于制备文库,用于广泛的测序应用。

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