COVIDSeq Assay（96个样本）
这种低通量至中通量的NGS检测让任何规模的实验室能够识别并追踪新型SARS-CoV-2变异的出现和流行情况。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel（RPIP）Kit是基于新一代测序（NGS）的呼吸道病原体panel和文库制备和富集试剂盒，可在单次检测中靶向＞280种呼吸道病原体和＞2000种抗菌素耐药性（AMR）标志物，提供病原体鉴定和相关AMR信息。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel试剂盒
文库制备和富集试剂盒，可提供高度灵敏、全面的呼吸道病原体鉴定和抗菌素耐药性见解。
文库制备时间＜9小时
分析时间
文库制备时间＜2小时
手动操作时间
基于体积（非浓度依赖性）
起始量
概述
从样本到结果的一体化工作流程
结合因美纳基因测序仪和Explify RPIP Data Analysis App，灵活且可扩展的从样本到结果的工作流程为在临床研究环境中鉴定呼吸道感染相关病原体提供了一种快速、经济的解决方案。
工作流程的特点：
规格
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 |
|---|---|
| 自动化功能 | 液体处理机器人 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| 内容说明 | 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。 |
| 说明 | 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。 |
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 |
| 起始量 | 基于体积（非浓度依赖性） |
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | DNA, RNA |
| 物种 | 真菌, 病毒, 细菌 |
| 物种详情 | 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（1200多种）。 |
| 技术 | Illumina测序 |
需要的产品
除了Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit外，您还需要测序仪器、兼容的测序试剂以及用户指南中文档部分列出的其他产品。
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结果
应用
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit用于鉴定临床研究样本中＞280种呼吸道病原体（包括流感和SARS-CoV-2）和＞2000种抗菌素耐药性标志物，或对废水等样本中的呼吸道病原体/AMR进行一般监测。
工作流程示例
项目建议
| 仪器 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| MiniSeq System | MiniSeq Rapid Kit：每次运行20个样本，基于每个样本1M单端read。MiniSeq High-Output Kit：每次运行25个样本，基于每个样本1M单端read。 |
快速试剂盒：1 × 100 bp。高通量试剂盒：1 × 75 bp |
| MiSeq System | MiSeq v3 Kit：每次运行25个样本，基于每个样本2M双端read。 MiSeq v2 Kit：每次运行15个样本，基于每个样本2M双端read。 |
MiSeq v3 Kit：2 × 75 bp MiSeq v2 Kit：2 × 150 bp |
| NextSeq 550 System | NextSeq 550 High-Output Kit：每次运行384（可用标签）个样本，基于每个样本2M双端read。 NextSeq 550 Mid-Output Kit：每次运行15个样本，基于每个样本2M双端read。 |
NextSeq 550 High-Output Kit：2 × 75 bp。NextSeq 550 High-Output Kit：2 × 150 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit：2 × 75 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit：2 × 150 bp。 |
相关应用和方法
NGS可鉴定新型冠状病毒变异、追踪COVID-19传播等。比较NGS方法的不同测序目标。
NGS通过鉴定冠状病毒新毒株和其他新出现的传染病病原体，为有效的基因组监测策略提供支持。
这些免费工具可加速冠状病毒的检测和鉴定，进行宿主反应研究，简化样本追踪并为公共数据库做出贡献。
文档
产品资料
支持文档
比较
| Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel试剂盒 | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 | 文库制备时间＜9小时 | |||
| 自动化功能 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | |||
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | |||
| 内容说明 | 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。 | 靶向并表征约40种常见呼吸道病毒，包括SARS-CoV-2、甲型和乙型流感病毒、腺病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒和其他常见呼吸道病毒。 | |||
| 说明 | 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。 | 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。 | |||
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 | 文库制备时间＜2小时 | |||
| 起始量 | 基于体积（非浓度依赖性） | 10-100 ng | |||
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, MiniSeq基因测序仪 | |||
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | |||
| 方法 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | |||
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | |||
| 核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA | |||
| 物种 | 真菌, 病毒, 细菌 | 人, 病毒 | |||
| 物种详情 | 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（1200多种）。 | 检测常见呼吸道病毒，包括最近的流感毒株和SARS-CoV-2。该panel包括作为阳性对照的人类靶标探针，因此可以在每个分析样本中检测到这些人类靶标。 | |||
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 |
图
重要病毒病原体的全面基因组覆盖
靶向富集探针和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit工作流程可均匀覆盖panel中与探针完全平铺的两种病毒。
灵敏检测四种不同的病原体
使用Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit，除烟曲霉外，可检测到多达100个基因组拷贝的病原体。甲型流感的检测灵敏度更高，可检测到10个基因组拷贝。
NGS和qPCR对病毒载量的定量具有很强的相关性。
Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit能够使用掺入对照品定量病原体水平，然后使用Explify RPIP数据分析应用程序进行分析。此图显示了通过qPCR和NGS确定的临床研究样本中SARS-CoV-2病毒载量的比较。两种方法显示出显著的相关性，Spirman r = 0.87，重要的是，这种NGS方法不需要生成qPCR等标准曲线。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20047050
包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20046969
包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047051
包含文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set C和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047052
包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。
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结果列出了至少具有最低支持水平的靶向呼吸道病原体，表明它们可能存在于样本中。这一决定是基于支持read数量和机器学习生成和解读的病原体序列数据做出的。
AMR基因与相关细菌和抗生素一起列出，它们可以对它们产生耐药性。
仅提供SARS-CoV-2和甲型和乙型流感病毒的全基因组信息。其他靶向病原体是根据每个基因组中信息丰富的小靶向区域鉴定的。
该试剂盒中的panel包含可识别10种不同市售对照品的探针。但是，这些对照品不作为本试剂盒的一部分提供，必须单独购买，然后在提取DNA和RNA之前加标到样本中。 每个实验/样本只需要一个加标对照品。请联系您的Illumina销售代表或技术支持，了解更多信息。
我们通常建议从每个样本1M单端read开始，或使用至少1 × 100 bp或2M × 100 bp测序化学技术进行2M双端read。这些数字是一个起点，应根据样本类型和目标丰度进行优化。
是的。如果您的实验可以利用此试剂盒和软件提供的内容和分析，那么您可以使用从各种样本类型中提取的DNA和RNA。通常使用此试剂盒检测废水样本，以监测呼吸道病原体及其相关AMR。对于废水样本，我们通常建议将read数量增加到10M单端read或20M双端read。
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结果
NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
COVIDSeq Assay（96个样本）
这种低通量至中通量的NGS检测让任何规模的实验室能够识别并追踪新型SARS-CoV-2变异的出现和流行情况。
NextSeq 500/550 v2.5试剂盒
与早期版本相比，v2.5试剂盒使用弹性流动槽，可保持起始荧光强度，具有更高的稳定性和性能。
MiniSeq试剂盒
MiniSeq基因测序仪试剂盒采用即用型卡盒和双通道SBS化学技术，即使样本量较少也能实现经济高效的测序。
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
COVIDSeq检测（研究版本）
这种高通量NGS检测方法让实验室能够检测SARS-CoV-2突变，识别和追踪新变异株的出现和流行情况。
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