Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit

文库制备和富集试剂盒，可提供高度灵敏、全面的呼吸道病原体鉴定和抗菌素耐药性见解。

文库制备时间＜9小时

分析时间

文库制备时间＜2小时

手动操作时间

基于体积（非浓度依赖性）

起始量

详情请参见规格表

概述

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel（RPIP）Kit是基于新一代测序（NGS）的呼吸道病原体panel和文库制备和富集试剂盒，可在单次检测中靶向＞280种呼吸道病原体和＞2000种抗菌素耐药性（AMR）标志物，提供病原体鉴定和相关AMR信息。

从样本到结果的简化工作流程

与Illumina测序系统和Explify RPIP数据分析应用程序一起，灵活且可扩展的从样本到结果的工作流程为在临床研究环境中鉴定与呼吸道感染相关的病原体提供了一种快速、经济高效的解决方案。

查看Explify RPIP分析应用程序

工作流程的特点：

  • 全面靶向DNA和RNA呼吸道病原体以及相关的AMR标志物/等位基因，提供已知的抗菌药物预测耐药性

  • 使用各种测序读长和深度可靠、灵敏地检测低丰度呼吸道病原体和抗菌药物耐药性等位基因

  • 灵敏地检测低复杂度或高复杂度样本中的单个或多个靶向病原体 

  • 使用10种市售的加标对照品进行强大的病原体定量

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
内容说明 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。
分析时间 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA
物种 Fungal, Virus, Bacteria
物种详情 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（1200多种）。
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System
自动化详情 探索可用的自动化方法
说明 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。
起始量 基于体积（非浓度依赖性）

所需产品

除了Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit外，您还需要测序仪器、兼容的测序试剂以及用户指南中文档部分列出的其他产品。 

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应用

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit用于鉴定临床研究样本中＞280种呼吸道病原体（包括流感和SARS-CoV-2）和＞2000种抗菌素耐药性标志物，或对废水等样本中的呼吸道病原体/AMR进行一般监测。

工作流程示例

1
制备

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit

2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

MiniSeq Rapid Kit: 20 samples per run based on 1M single reads per sample. MiniSeq High-Output Kit: 25 samples per run based on 1M single reads per sample. 

快速试剂盒：1 × 100 bp。高通量试剂盒：1 × 75 bp 
MiSeq System

MiSeq v3 Kit: 25 samples per run based on 2M paired-end reads per sample.    MiSeq v2 Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. 

MiSeq v3 Kit：2 × 75 bp MiSeq v2 Kit：2 × 150 bp 
NextSeq 550 System

NextSeq 550 High-Output Kit: 384 (available indexes) samples per run based on 2M paired-end reads per sample.  NextSeq 550 Mid-Output Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample.  

NextSeq 550 High-Output Kit：2 × 75 bp。NextSeq 550 High-Output Kit：2 × 150 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit：2 × 75 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit：2 × 150 bp。 

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文档

产品资料

  • 产品信息表 PDF < 1 MB 2 版本

支持文档

比较

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
内容说明 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。 靶向并表征约40种常见呼吸道病毒，包括SARS-CoV-2、甲型和乙型流感病毒、腺病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒和其他常见呼吸道病毒。
分析时间 文库制备时间＜9小时 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA
物种 Fungal, Virus, Bacteria 人, Virus
物种详情 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（1200多种）。 检测常见呼吸道病毒，包括最近的流感毒株和SARS-CoV-2。该panel包括作为阳性对照的人类靶标探针，因此可以在每个分析样本中检测到这些人类靶标。
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeq System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。
起始量 基于体积（非浓度依赖性） 10-100 ng

图

graph of comprehensive coverage

重要病毒病原体的全面基因组覆盖

靶向富集探针和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit工作流程可均匀覆盖panel中与探针完全平铺的两种病毒。

table of improved detection for panel

灵敏检测四种不同的病原体

使用Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit，除烟曲霉外，可检测到多达100个基因组拷贝的病原体。甲型流感的检测灵敏度更高，可检测到10个基因组拷贝。

table of targets on the panel

NGS和qPCR对病毒载量的定量具有很强的相关性。

Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit能够使用掺入对照品定量病原体水平，然后使用Explify RPIP数据分析应用程序进行分析。此图显示了通过qPCR和NGS确定的临床研究样本中SARS-CoV-2病毒载量的比较。两种方法显示出显著的相关性，Spirman r = 0.87，重要的是，这种NGS方法不需要生成qPCR等标准曲线。

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20047050

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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Discounts:

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20046969

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 Samples)

20047051

包含文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set C和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 Samples)

20047052

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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常见问题解答

结果列出了至少具有最低支持水平的靶向呼吸道病原体，表明它们可能存在于样本中。这一决定是基于支持read数量和机器学习生成和解读的病原体序列数据做出的。

AMR基因与相关细菌和抗生素一起列出，它们可以对它们产生耐药性。 

仅提供SARS-CoV-2和甲型和乙型流感病毒的全基因组信息。其他靶向病原体是根据每个基因组中信息丰富的小靶向区域鉴定的。

该试剂盒中的panel包含可识别10种不同市售对照品的探针。但是，这些对照品不作为本试剂盒的一部分提供，必须单独购买，然后在提取DNA和RNA之前加标到样本中。 每个实验/样本只需要一个加标对照品。请联系您的Illumina销售代表或技术支持，了解更多信息。

我们通常建议从每个样本1M单端read开始，或使用至少1 × 100 bp或2M × 100 bp测序化学技术进行2M双端read。这些数字是一个起点，应根据样本类型和目标丰度进行优化。

是的。如果您的实验可以利用此试剂盒和软件提供的内容和分析，那么您可以使用从各种样本类型中提取的DNA和RNA。通常使用此试剂盒检测废水样本，以监测呼吸道病原体及其相关AMR。对于废水样本，我们通常建议将read数量增加到10M单端read或20M双端read。
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订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

经过优化的试剂盒，可提供更高的簇密度和读长，与早期版本相比，提高了测序质量分值。

TruSight Oncology 500

靶向多种变异类型（包括微卫星不稳定性（MSI）和肿瘤突变负荷（TMB））的检测。

Illumina DNA Prep

快速、集成的工作流程，用于制备文库，用于广泛的测序应用。

NextSeq 500/550 v2.5 Kit

试剂v2.5试剂盒使用弹性流动槽，该流动槽可保持起始荧光强度，与早期版本相比提高了稳定性和性能。

MiniSeq Reagent Kit

MiniSeq系统试剂盒有一个即用型夹盒，带有双通道SBS化学技术，即使样本量低，也能实现经济高效的测序。

MiSeq Reagent Kit v3

经过优化的试剂盒，可提供更高的簇密度和读长，与早期版本相比，提高了测序质量分值。

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