该试剂盒支持对来自人类和动物宿主的225种已知和新型冠状病毒进行表征和基因组监测。
分析时间
手动操作时间
起始量
Pan-Coronavirus Panel（Pan-CoV）可对已知的人类和动物冠状病毒以及密切相关的可能感染人类的新型冠状病毒进行检测和测序。该试剂盒包含多种冠状病毒株和各种已知动物宿主参考基因组的杂交捕获寡核苷酸。
当与Illumina RNA Prep with Enrichment结合使用时，Pan-Coronavirus Panel能够对225种已知的人类和动物冠状病毒进行全基因组测序（WGS）。这种靶向富集方法可捕获整个病毒基因组的突变和变异，从而能够对新型冠状病毒株进行测序，并检测病毒株之间的重组。
该试剂盒可用于多种应用，包括：
Pan-Coronavirus Panel可以集成到一个全面的工作流程中，包括文库制备、靶向富集、新一代测序（NGS）和强大的数据分析，提供了获得稳健可靠病毒结果的简单手段。
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 |
|---|---|
| 自动化功能 | 液体处理机器人 |
| 说明 | Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。 |
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 |
| 起始量 | 10-100 ng |
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 |
| 方法 | 全基因组测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | RNA |
| 物种 | 病毒 |
| 链特异性 | 非链 |
| 技术 | Illumina测序 |
Illumina RNA Prep with Enrichment，（L） Tagmentation（16或96个样本）需要单独订购以及标签接头。可使用Illumina DNA/RNA Indexes Set A、B、C或D。
由于IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654、20091656、20091658、20091660）正在停产，因此我们建议订购Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213、20027214、20042666、20042667）。
通过杂交捕获进行靶向富集可以检测和测序225种已知的人类和动物冠状病毒以及密切相关的新型冠状病毒，用于监测动物宿主、追踪传播以及治疗和疫苗开发。
Pan-Coronavirus Panel
| 仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
|---|---|---|
| MiSeq 系统 | 6-12个样本，使用MiSeq Reagent Kit v2（1-2M read/样本） |
2 × 150 bp |
| NextSeq 550系统 | 65-130个样本，使用NextSeq 500/550 Mid-Output Kit（1-2M read/样本） |
2 × 150 bp |
| NextSeq 1000系统 | 100-200个样本，使用P2 Reagent Kit（1-2M read/样本） |
2 × 150 bp |
| NextSeq 2000系统 | 100-200个样本，使用P2 Reagent Kit（1-2M read/样本） |
2 × 150 bp |
| Pan-Coronavirus Panel | Viral Surveillance Panel v2 | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | |
|---|---|---|---|
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 | 文库制备时间＜9小时 | 文库制备时间＜9小时 |
| 自动化功能 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
| 说明 | Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。 | Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和200多种RNA和DNA病毒病原体的监测。 | 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。 |
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 | 文库制备时间＜2小时 | 文库制备时间＜2小时 |
| 起始量 | 10-100 ng | 10-100 ng | 10-100 ng |
| 系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 |
| 方法 | 全基因组测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 全基因组测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 物种 | 病毒 | 病毒 | 人, 病毒 |
| 链特异性 | 非链 | 非链 | |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
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panel中涵盖的冠状病毒株
Pan-Coronavirus Panel包含杂交捕获寡核苷酸，可捕获225种已知的人类和动物冠状病毒。
宿主相关冠状病毒基因组
Pan-Coronavirus Panel包括各种已知的动物宿主。
富集冠状病毒read
Pan-Coronavirus Panel成功富集了在一系列病毒拷贝数起始量下测试的所有文库中的冠状病毒read。
提高冠状病毒基因组覆盖度
使用Pan-Coronavirus Panel富集后，10 ng UHR中合成病毒RNA对照品（SARS-CoV-2和HCoV229E）的中位覆盖度。增加read深度（上）和read长度（下）可提高基因组覆盖度。将读长修剪至36、74、100和149 bp。
Pan-Coronavirus Panel, RUO 96 Rxns
20088155
包含与Illumina RNA Prep with Enrichment Kit搭配使用时足以进行32次3重富集反应的Viral Surveillance Panel。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation（16样本）
20040536
包含用于制备和富集16个文库的试剂（16，1重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。
List Price:
Discounts:
Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation（96样本）
20040537
包含用于制备和富集96个文库的试剂（32，3重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation（96标签，96样本）
20091654
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091656
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091658
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96标签, 96样本)
20091660
Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation（96标签，96样本）
20027213
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation（96标签，96样本）
20027214
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation（96标签，96样本）
20042666
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation（96标签，96样本）
20042667
包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。
List Price:
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快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
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