Pan-Coronavirus Panel

Pan-Coronavirus Panel

该panel支持对人类和动物宿主的225种已知和新型冠状病毒进行表征和基因组监测。

文库制备时间＜9小时

分析时间

文库制备时间＜2小时

手动操作时间

10-100 ng

起始量

详情请参见规格表

概述

Pan-Coronavirus Panel（Pan-CoV）能够对已知人类和动物冠状病毒以及可能与人类具有传染性的密切相关的新型冠状病毒进行检测和测序。它包括杂交捕获寡核苷酸，覆盖多种冠状病毒菌株和各种已知动物宿主的参考基因组。 

与Illumina RNA Prep with Enrichment结合使用时，Pan-Coronavirus Panel能够对225种已知的人类和动物冠状病毒进行全基因组测序（WGS）。靶向富集方法可捕获整个病毒基因组中的突变和变异，能够对新型冠状病毒菌株进行测序并检测菌株之间的重组。 

该panel可用于多种应用，包括：

  • 监测以识别和监测动物宿主中的冠状病毒

  • 追踪传播模式和病毒突变

  • 指导疫苗和治疗开发

集成式病毒测序解决方案

Pan-Coronavirus Panel可以整合到全面的工作流程中，包括文库制备、靶向富集、新一代测序（NGS）和强大的数据分析，为获得可靠可靠的病毒结果提供了一种简单的方法。

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Whole-Genome Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
分析时间 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序
核酸类型 RNA
物种 Virus
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System
说明 Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。
起始量 10-100 ng

所需产品

Illumina RNA Prep with Enrichment， （L） Tagmentation（16或96个样本）需要单独订购以及标签接头。可使用Illumina DNA/RNA Indexes Set A、B、C或D。

由于IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20091654、20091656、20091658、20091660）正在停产，因此我们建议订购Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213、20027214、20042666、20042667）。

 

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应用

通过杂交捕获进行靶向富集可以检测和测序225种已知的人类和动物冠状病毒以及密切相关的新型冠状病毒，用于监测动物宿主、追踪传播以及治疗和疫苗开发。

工作流程示例

1
制备

Pan-Coronavirus Panel

2
测序
3
分析

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiSeq System

6–12 samples using MiSeq Reagent Kit v2 (1–2M reads/sample) 

2 × 150 bp
NextSeq 550 System

65–130 samples using NextSeq 500/550 Mid-Output Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp
NextSeq 1000 System

100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp
NextSeq 2000 System

100–200 samples using P2 Reagent Kit (1–2M reads/sample)

2 × 150 bp

相关应用和方法

传染病的基因组监测

NGS通过鉴定冠状病毒新毒株和其他新出现的传染病病原体，为有效的基因组监测策略提供支持。

冠状病毒测序

NGS可以鉴定新型冠状病毒变异，追踪COVID-19的传播等。比较各种冠状病毒测序目标的NGS方法。

微生物基因组学

NGS可用于发现新的微生物、监测爆发、分析食物来源等等。

其他人如何使用该产品
在以色列建立最先进的临床研究测序实验室
COVID监测领域的领导者：犹他州公共卫生实验室

文档

产品资料
Support documentation

比较

Pan-Coronavirus Panel Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Whole-Genome Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded Non-Stranded
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
分析时间 文库制备时间＜9小时 文库制备时间＜9小时 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时 文库制备时间＜2小时 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 RNA DNA, RNA DNA, RNA
物种 Virus Virus 人, Virus
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeq System
说明 Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。

Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和66种RNA和DNA病毒病原体的监测。

 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。
起始量 10-100 ng 10-100 ng 10-100 ng

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

panel中涵盖的冠状病毒株

Pan-Coronavirus Panel包含杂交捕获寡核苷酸，可捕获225种已知的人类和动物冠状病毒。

宿主相关冠状病毒基因组

Pan-Coronavirus Panel包括各种已知的动物宿主。

富集冠状病毒read

Pan-Coronavirus Panel成功富集了在一系列病毒拷贝数起始量下测试的所有文库中的冠状病毒read。

提高冠状病毒基因组覆盖度

使用Pan-Coronavirus Panel富集后，10 ng UHR中合成病毒RNA对照品（SARS-CoV-2和HCoV229E）的中位覆盖度。增加read深度（上）和read长度（下）可提高基因组覆盖度。将读长修剪至36、74、100和149 bp。

Panel (1)

Pan-Coronavirus Panel, RUO 96 Rxns

20088155

包含与Illumina RNA Prep with Enrichment Kit搭配使用时足以进行32次3重富集反应的Viral Surveillance Panel。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。

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文库制备 (2)

Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (16 Samples)

20040536

包含用于制备和富集16个文库的试剂（16，1重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

包含用于制备和富集96个文库的试剂（32，3重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。

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标签接头 (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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常见问题解答

该panel使用富集探针构建，可以有效地捕获大多数变异。此外，Pan-Coronavirus Panel旨在富集来自各种动物来源的225种冠状病毒基因型，有望捕获大多数新型冠状病毒。例如，Pan-Coronavirus Panel是在Omicron变异之前设计的，但仍被证明能够以高覆盖度富集整个基因组（详细信息请参见数据表）。

是的，Pan-Coronavirus Panel旨在处理环境样本和各种动物来源的样本。事实上，该panel将用于对蝙蝠、废水和任何潜在冠状病毒宿主等不同样本类型的冠状病毒进行测序。为了最大限度地利用该panel获得成功，请使用您可以获得的高质量RNA。

免费的DRAGEN Microbial Enrichment BaseSpace App可以组装重叠群，探索基因组覆盖度/深度以及其他产出。 

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MiSeq Reagent Kit v3

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TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

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快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

Illumina UD Indexes

独特的双（UD）标签能够制备高质量的文库，可进行多重分析，从而提高通量并节省成本。

Viral Surveillance Panel

通过靶向富集对66种病毒进行全基因组测序和表征，包括SARS-CoV-2、流感和脊髓灰质炎。

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