NextSeq 1000/2000系列基因测序仪
这些测序系统提供了广泛的应用范围、操作简便性、高灵活性和可扩展性，以及经过验证的性能。
联合Viral Surveillance Panel v2和Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒，研究人员可以获得全基因组测序（WGS）数据，这些数据可以表征多种病毒，包括SARS-CoV-2、流感和脊髓灰质炎病毒。
Viral Surveillance Panel v2
对＞200种病毒和亚型进行全基因组测序和表征，包括SARS-CoV-2、流感病毒、虫媒病毒和肝炎，并进行靶向富集。
文库制备时间＜9小时
分析时间
文库制备时间＜2小时
手动操作时间
10-100 ng
起始量
Illumina Viral Surveillance Panel v1仍可通过My Illumina或客户服务获取。请联系您的销售代表，了解更多信息。
概述
用于病毒检测的靶向富集
采用杂交捕获方法的靶标富集可对多种病毒进行WGS，而无需鸟枪法宏基因组测序所需的高测序深度，有助于了解病毒进化情况并进行广泛的病毒监测。1 此外，与其他靶向重测序方法相比（如扩增子测序），杂交捕获可提供更高的捕获、测序和突变鉴定能力，因此是监测快速进化病毒暴发的理想选择。
适用于病毒应用的简化解决方案
这一全面的工作流程整合了文库制备、靶向富集、测序和数据分析，使研究人员和公共卫生科学家能够通过一个panel/工作流程监测多种高风险病毒。
规格
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 |
|---|---|
| 自动化功能 | 液体处理机器人 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| Analytical sensitivity | Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和200多种RNA和DNA病毒病原体的监测。 |
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 |
| 起始量 | 10-100 ng |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 全基因组测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | DNA, RNA |
| 物种 | 病毒 |
| 链特异性 | 非链 |
| 技术 | Illumina测序 |
需要的产品
完整的试剂盒包括文库制备和富集所需的一切，包括纯化磁珠和标签接头。使用多达4个试剂盒，可进行多达384个样本的大型运行。
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit， Set A（96样本）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit，Set B（96样本）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit，Set C（96样本）
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit，Set D（96样本）
/
结果
应用
Viral Surveillance Panel v2 Kit提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和监测200多种RNA和DNA病毒病原体。
工作流程示例
制备
Viral Surveillance Panel v2 Kit（Sets A-D）
相关应用和方法
比较
| Viral Surveillance Panel v2 | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | |
|---|---|---|---|
| 分析时间 | 文库制备时间＜9小时 | 文库制备时间＜9小时 | 文库制备时间＜9小时 |
| 自动化功能 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 |
| Analytical sensitivity | Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和200多种RNA和DNA病毒病原体的监测。 | 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。 | 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行毒株分型，以研究病毒的进化和传播。 |
| 手动操作时间 | 文库制备时间＜2小时 | 文库制备时间＜2小时 | 文库制备时间＜2小时 |
| 起始量 | 10-100 ng | 10-100 ng | 基于体积（非浓度依赖性） |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 作用机制 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 |
| 方法 | 靶向DNA测序, 全基因组测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 物种 | 病毒 | 人, 病毒 | 真菌, 病毒, 细菌 |
| 链特异性 | 非链 | ||
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
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图
Read计数和病毒基因组覆盖度的提高
与鸟枪法宏基因组测序相比，对所有RNA/DNA进行测序，靶向杂交捕获减少了对宿主和非靶向微生物不必要的测序。
病毒基因组覆盖度均一
Viral Surveillance Panel v2 Kit中的靶向富集探针可均匀覆盖全病毒基因组。通过将已知拷贝数的病毒对照与10 ng人RNA/DNA混合液混合来制备病毒对照。按照Viral Surveillance Panel v2 Kit 工作流程制备文库并进行测序。
废水监测
使用Viral Surveillance Panel v2 Kit 或鸟枪法测序在废水中检测到的病毒。a使用Viral Surveillance Panel v2 Kit时，可轻松检测到病毒浓度较低的样本。
有关检测到的完整病毒列表，请参见数据表或病毒列表电子表格。
下载Viral Surveillance Panel v2病毒列表电子表格
a. 样本由科罗拉多州立大学的研究人员收集，纯化的总核酸被运送到Illumina进行测试。使用100 ng总核酸制备文库并进行测序
Viral Surveillance Panel v2 Kit检测到的病毒
该panel可检测200多种病毒和亚型，包括世界卫生组织（WHO）确定为公共卫生重要风险的66种病毒。2
| 包含在Viral Surveillance Panel中 | ||||
| 腺相关病毒2 | 人腺病毒（A-G种） | 乳腺病毒 | “轮状病毒（物种A、B、C、H） | |
| 爱奇病毒1型 | 人博卡病毒 | 马尔堡病毒 | 风疹病毒 | |
| Aigai病毒 | 人类冠状病毒（4种） | Mayaro病毒 | 萨比亚病毒 | |
| 孟巴利病毒 | 人类巨细胞病毒 | 麻疹病毒 | 水痘病毒A | |
| 波旁病毒 | 人类免疫缺陷病毒（1和2） | 孟格尔病毒 | 西西里山蝇热病毒 | |
| 缓存谷病毒 | 人类偏肺病毒 | MERS-CoV | 札幌病毒 | |
| 加州脑炎病毒 | 人乳头瘤病毒（28种） | 痘病毒 | SARS-CoV | |
| 查帕雷病毒 | 人类副流感病毒（1-4型） | 腮腺炎病毒 | SARS-CoV-2 | |
| 基孔肯雅病毒 | 人双埃柯病毒 | 默里谷脑炎病毒 | Semliki森林病毒 | |
| 科罗拉多蜱热病毒 | 人细小病毒B19 | 尼帕病毒 | 严重发热伴血小板减少综合征病毒 | |
| 柯萨奇病毒（A和B） | 甲型流感病毒（20种亚型） | 诺如病毒 | Sindbis病毒 | |
| 克里米亚-刚果出血热病毒 | 乙型流感病毒（两个谱系） | 鄂木斯克出血热病毒 | 雪鞋野兔病毒 | |
| 登革热病毒（4种类型） | 丙型流感病毒 | Onyong-nyong病毒 | Sosuga病毒 | |
| 埃博拉病毒（6种） | 詹姆斯敦峡谷病毒 | 孔雀病毒 | 圣路易斯脑炎病毒 | |
| 回声病毒 | 日本脑炎病毒 | 脊髓灰质炎病毒 | 塔城蜱病毒2 | |
| 肠病毒（A-D） | 鸠宁病毒 | 多瘤病毒（13种） | 塔希纳病毒 | |
| EB病毒 | 科萨努尔森林病毒 | 波瓦桑病毒 | 蜱传脑炎病毒 | |
| 马脑炎病毒（3种） | 拉克罗斯病毒 | 蓬塔图罗病毒 | 扭转腱病毒（Anelloviruses） | |
| 瓜纳里托病毒 | 拉沙病毒 | 狂犬病病毒 | 托斯卡纳病毒 | |
| 汉坦病毒（22种） | Lloviu病毒 | 拉文病毒 | Usutu病毒 | |
| 心地病毒 | 卢约病毒 | 呼吸道合胞病毒（A型和B型） | 水痘-带状疱疹病毒 | |
| 亨德拉病毒 | 淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒 | 鼻病毒（A-C种） | 天花病毒 | |
| 肝炎病毒（A-E） | 溶菌病毒 | 裂谷热病毒 | 西尼罗河病毒 | |
| 单纯疱疹病毒（1种和2种） | 马丘波病毒 | 罗斯河病毒 | 黄热病毒 | |
| 寨卡病毒 | ||||
文库制备 (4)
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96样本)
20108081
Viral Surillance Panel V2 Kit（VSP V2）是一种杂交捕获富集试剂盒，可对200多种公共卫生领域关注的病毒和亚型进行全基因组测序。
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96样本)
20108082
Viral Surillance Panel V2 Kit（VSP V2）是一种杂交捕获富集试剂盒，可对200多种公共卫生领域关注的病毒和亚型进行全基因组测序。
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96样本)
20108083
Viral Surillance Panel V2 Kit（VSP V2）是一种杂交捕获富集试剂盒，可对200多种公共卫生领域关注的病毒和亚型进行全基因组测序。
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96样本)
20108084
Viral Surillance Panel V2 Kit（VSP V2）是一种杂交捕获富集试剂盒，可对200多种公共卫生领域关注的病毒和亚型进行全基因组测序。
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常见问题解答
Viral Surveillance Panel v1提供了66种公共卫生相关病毒的结果。 Viral Surveillance Panel v2将此目标列表扩展到200多种病毒和亚型。 Viral Surveillance Panel v2包含Illumina纯化磁珠，不包含在Viral Surveillance Panel v1中。
对于高质量样本，每个样本的读长至少为2M双端读数，读长为150 bp。对于更复杂的样本，例如废水，建议每个样本至少8M双端读数。
是的。使用Viral Surveillance Panel可同时对多种病毒进行全基因组测序。这使得该panel成为病毒监测和分析病毒进化的理想选择。
是的，可以检测dsRNA、ssRNA、dsDNA和ssDNA病毒。
标准工作流程是每次杂交混合3个样本（3重）。
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结果
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MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
文库制备和富集试剂盒，可提供高度灵敏、全面的呼吸道病原体鉴定和抗菌素耐药性见解。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
参考文献
- Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. 2018年11月27日发布。doi：10.3389/fmicb.2018.02924
- Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. 2019年3月28日发布。doi：10.3389/fimmu.2019.00549
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