Viral Surveillance Panel

通过靶向富集对66种病毒进行全基因组测序和表征，包括SARS-CoV-2、流感和脊髓灰质炎。

文库制备时间＜9小时

分析时间

文库制备时间＜2小时

手动操作时间

10-100 ng

起始量

详情请参见规格表

概述

Viral Surveillance Panel和Illumina RNA Prep with Enrichment Kit使研究人员能够获得全基因组测序（WGS）数据，这些数据可以表征多种病毒，包括SARS-CoV-2、流感和脊髓灰质炎病毒。

  • 覆盖66种被确定为公共卫生高风险的病毒 

  • RNA和DNA病毒同时富集 

  • 兼容一系列样本，包括废水、环境和临床前样本 

用于病毒检测的靶向富集

通过杂交捕获方法进行靶向富集可以对多种病毒进行WGS，而不需要鸟枪法宏基因组测序所需的高read深度，从而提供病毒进化和广泛病毒监测的见解。1此外，与其他靶向重测序方法相比，如扩增子测序，杂交捕获提供了捕获、测序和鉴定突变的更强能力，使其成为快速进化的病毒爆发监测的理想选择。

适用于病毒应用的简化解决方案

这种全面的工作流程整合了文库制备、靶向富集、测序和数据分析，让研究人员和公共卫生科学家能够通过一个panel/工作流程监测多种高风险病毒。 

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
分析时间 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA
物种 Virus
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System
自动化详情 探索可用的自动化方法
说明

Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和66种RNA和DNA病毒病原体的监测。
起始量 10-100 ng

所需产品

有两种完整的试剂盒，包括文库制备、探针panel和标签接头： 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A（标签集A） 

  • VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B（标签集B） 

对于标签集C和D，或多重分析，需要单独订购 Viral Surveillance Panel、Illumina RNA Prep with Enrichment 和标签接头。 

/

应用

Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和66种RNA和DNA病毒病原体的监测。

工作流程示例

1
制备

病毒监测panel 

2
测序
3
分析

相关应用和方法

传染性疾病的基因组监测

NGS通过鉴定冠状病毒新毒株和其他新出现的传染病病原体，为有效的基因组监测策略提供支持。

冠状病毒测序

NGS可以鉴定新型冠状病毒变异，追踪COVID-19的传播等。比较各种冠状病毒测序目标的NGS方法。

废水监测

了解废水监测如何有助于在社区层面开展新发传染性疾病监测、突变追踪和变异趋势追踪。

文档

产品资料
支持文档

比较

Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Whole-Genome Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
分析时间 文库制备时间＜9小时 文库制备时间＜9小时 文库制备时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备时间＜2小时 文库制备时间＜2小时 文库制备时间＜2小时
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
物种 Virus 人, Virus Fungal, Virus, Bacteria
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明

Viral Surveillance Panel with the Illumina RNA Prep with Enrichment提供了优化的工作流程，支持病毒爆发检测和66种RNA和DNA病毒病原体的监测。

 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。
起始量 10-100 ng 10-100 ng 基于体积（非浓度依赖性）

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

Read计数和病毒基因组覆盖度的提高

与鸟枪法宏基因组测序相比，对所有RNA/DNA进行测序，靶向杂交捕获减少了对宿主和非靶向微生物不必要的测序。

病毒基因组覆盖度均一

Viral Surveillance Panel中的靶向富集探针可均匀覆盖全病毒基因组。通过将已知拷贝数的病毒对照与10 ng人RNA/DNA混合液混合来制备病毒对照。按照Viral Surveillance Panel工作流程制备文库并对其进行测序。

 

废水监测

使用Viral Surveillance Panel或鸟枪法测序在废水中检测到的病毒。a使用Viral Surveillance Panel时，可轻松检测到病毒浓度较低的样本。  

a. 样本由科罗拉多州立大学的研究人员收集，纯化的总核酸被运送到Illumina进行测试。使用100 ng总核酸制备文库并进行测序 

Viral Surveillance Panel检测到的病毒

世界卫生组织（WHO）确定为公共卫生重要风险的66种病毒列表。2

包含在Viral Surveillance Panel中
腺病毒 乙型肝炎病毒 副肠孤病毒
爱知病毒 丙型肝炎病毒 细小病毒
星状病毒 戊型肝炎病毒 脊髓灰质炎病毒
查帕雷病毒 人类免疫缺陷病毒1型 多瘤病毒
基孔肯雅病毒 人类免疫缺陷病毒2 呼吸道合胞病毒
冠状病毒-229E 甲型流感病毒 鼻病毒
Coronavirus-HKU1 乙型流感病毒 裂谷热病毒
Coronavirus-OC43 日本脑炎病毒 轮状病毒
Coronavirus-NL63 鸠宁病毒 风疹病毒
柯萨奇病毒 科萨努尔森林病毒 萨比亚病毒
克里米亚-刚果出血热病毒 拉沙热病毒 萨利病毒
登革热病毒1型 卢约出血热病毒 札幌病毒
登革热病毒2 马丘波病毒 SARS-COV
登革热病毒3 马尔堡病毒 SARS-COV-2
登革热病毒4 MERS-CoV 蜱传脑炎病毒
东方马脑炎病毒 偏肺病毒 细环病毒
埃博拉病毒 猴痘病毒 天花病毒
肠病毒 尼帕病毒 委内瑞拉马脑炎病毒
瓜纳里托病毒 诺如病毒 西尼罗河病毒
汉坦病毒 鄂木斯克出血热病毒 西方马脑炎病毒
亨德拉亨尼巴病毒 溶瘤性人乳头瘤病毒 黄热病毒
甲肝病毒 副流感病毒 寨卡病毒
 

文库制备 (4)

Viral Surveillance Panel, RUO 96 Rxns

20088154

包含与Illumina RNA Prep with Enrichment Kit搭配使用时足以进行32次3重富集反应的Viral Surveillance Panel。单独购买文库制备和富集试剂盒以及标签接头。

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A, 96 Rxns

20087932

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment Kit试剂、Viral Surveillance Panel、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A，用于制备96个文库，然后在32次3重富集反应中进行富集。

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B, 96 Rxns

20087929

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括Illumina RNA Prep with Enrichment Kit试剂、Viral Surveillance Panel、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B，用于制备96个文库，然后在32次3重富集反应中进行富集。

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

包含用于制备和富集96个文库的试剂（32，3重富集反应）。单独购买富集探针panel、纯化磁珠和标签接头。

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标签接头 (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D， Tagmentation（96个标签，96个样本）包括96个10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

包含96、10 bp标签，足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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常见问题解答

对于高质量样本，每个样本的读长至少为2M双端read，读长为150 bp。对于更复杂的样本，例如废水，建议每个样本至少有4M双端read。

是的。使用Viral Surveillance Panel可同时对多种病毒进行全基因组测序。这使得该panel成为病毒监测和分析病毒进化的理想选择。 

是的，使用文库制备方法检测dsRNA、ssRNA、dsDNA和ssDNA病毒。

标准工作流程是每次杂交混合3个样本（3重）。
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经常购买

订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

参考文献
  1. Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. 2018年11月27日发布。doi：10.3389/fmicb.2018.02924
  2. Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. 2019年3月28日发布。doi：10.3389/fimmu.2019.00549

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