Genomic Surveillance

NGS可以对患者样本中的新型病原体进行无偏好的检测，且无需事先了解该生物体。

传染病检测的一个关键挑战是许多导致人类呼吸道疾病、消化系统疾病和其他疾病的微生物（包括病毒）尚未被研究和鉴定，因此无法通过靶向方法（例如PCR）来了解或检测它们。PCR检测的开发需要病原体基因组知识。NGS在发现这些未知的新病原体中起着至关重要的作用，它获得的基因组序列可用于开发常规检测（例如PCR），帮助临床医生管理患者。

NGS可用于追踪病原体基因组的进化，帮助公共卫生人员监控疫情的传播并在群体水平上确定更好的隔离计划。随着时间的推移，对来自不同患者的病毒进行测序，可以确定病毒进化的速度，并解决病毒当下的变化是否会影响其致病性以及诊断效果或治疗效果。PCR旨在检测病原体基因组特定区域的存在，不会在这些快速进化的病原体基因组中识别出新的突变。此外，如果引物或探针结合区域发生突变，PCR的性能可能会受到影响。

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NGS vs qPCR

鸟枪法宏基因组学测序工作流程可以对新物种和已知物种进行测序。在涉及未知病原体的爆发事件中，人们通常会使用多种分子诊断检测；这可能会增加不必要的开销并延迟病原体的鉴定。鸟枪法宏基因组学测序可以作为一种综合的筛查检测方法，用于识别和表征病原体。这种研究工作流程有助于加速疫情调查，并支持针对大规模筛选工作的新实验室检测的开发。

识别出SARS-CoV-2等病原体后，杂交捕获工作流程就可以提供检测病毒所需的高灵敏度，并提供病毒传播和进化的相关信息。这些信息可以帮助研究人员优化感染控制策略（包括监测何时可以降低隔离机制并恢复正常活动），且有助于疫苗的开发。

这些使用因美纳测序的互补工作流程可与传统测试方法一起执行，并集成到综合性爆发响应模型中。

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鸟枪法宏基因组学测序

杂交捕获测序

杂交捕获是一种重测序方法，可通过与靶点特异性生物素化探针杂交来捕获目标基因组区域。通过杂交捕获方法进行富集可实现高度灵敏的检测，因此不需要高read深度。此外，杂交捕获NGS工作流程能够获得近乎完整的目标序列数据，特别适于病毒基因组进化或变异监测等应用。

另外，扩增子测序旨在通过识别病原体基因组的特定区域来检测样本中目标病原体的存在。这种方法无法识别那些迅速进化的病原体基因组中的新突变，而识别新突变是病毒进化或病毒监测研究所必需的。

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扩增子测序

杂交捕获测序

扩增子测序可以提供经济高效、快速且可扩展的病原体检测方法。用作一般的全基因组测序诊断方法时，它可以覆盖更广泛的目标区域，因此不易受到突变的影响。对于研究，病毒全基因组测序可用于监测病毒突变和系统发育分析。

对于怀疑存在某些病原体的情况，或从原始样本中监测多种已知病原体的情况，杂交捕获富集解决方案是理想之选。

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