新一代测序(NGS)彻底改变了基因组监测,让我们能够检测和追踪由病毒、细菌、真菌和寄生虫引起的已知和新型传染病。这项技术让我们能够在分子水平上研究病原体,从而深入了解它们在世界各地人群中的行为和进化。
用于感染性疾病基因组监测的NGS方法多种多样,各具优势和挑战。方法的选择取决于目标病原体、样本类型和数据要求。因美纳可为每种方法提供前沿的文库制备、测序仪和数据分析工具,是该领域研究人员的可靠选择。
使用NGS进行病原体的基因组监测在检测病原体方面提供了出色的可扩展性、速度和准确性,为保护公众健康提供了信心。病原体检测方法的选择取决于实验室能力和检测要求,包括分析单个基因组、检测多种病原体或发现病原体。
单个基因组测序是鉴定已知目标的最佳方法。无论病原体来自培养皿上的分离菌落还是原始样本,实际分析的都只是单一已知基因组。
对于怀疑存在某些病原体的情况,或从原始样本中监测多种已知病原体的情况,杂交捕获富集解决方案是理想之选。
这是一种对原始样本进行无偏倚分析的有效方法。基于鸟枪法的DNA/RNA测序(宏基因组或宏转录组)技术,无需预先了解即可解析复杂微生物群落中的遗传物质,从而揭示群落的物种级组成。
对细菌、病毒及其他微生物的全基因组进行测序,以生成精确的参考基因组、实现微生物鉴定,并支持其他比较基因组学研究。NGS的强大功能支持多重分析,可精准识别低频变异与基因组重排。
检测并全面表征已知病毒。通过扩增子方法进行全基因组测序对于基因组较小的已知病毒来说是理想的选择。该方法会使用PCR扩增子的超深度测序来分析目标基因组区域。
检测和表征冠状病毒、流感病毒和其他病原生物,以及相关的抗菌药物耐药性等位基因。这些信息可以帮助公共卫生人员监测疫情并优化感染控制策略。该方法通过与特定靶点探针的杂交捕获目标基因组区域。
通过对给定样本中的所有生物体进行全面测序,鉴定出像猴痘病毒这样的新兴病原体。这种NGS方法有助于加速疫情调查,并支持新实验室检测方法的开发。
检测需求 | 对分离株进行全基因组测序 | 扩增子 | 杂交捕获 | 鸟枪法宏基因组学 |
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速度与周转时间 | ||||
可扩展且经济高效 | ||||
无需培养 | ||||
识别新病原体 | ||||
追踪传播 | ||||
检测突变 | ||||
鉴定合并感染和复杂疾病 | ||||
检测抗菌药物耐药性 |
充分满足实验室的检测需求
部分满足实验室的检测需求
本应用纪要介绍了MiSeq™ i100系列和Urinary Pathogen ID/AMR Panel如何为检测和鉴定样本中的ARG和细菌性病原体提供快速、全面的工作流程,帮助实施公共卫生领域的废水监测。
本应用说明概述了废水监测中广泛病毒检测的NGS工作流程,支持公共卫生工作。MiSeq™ i100系列可在当天提供结果,实现快速响应。
此点播网络研讨会介绍了更早更全面地检测传染性病原体和抗菌药物耐药性(AMR)标志物如何有助于优化患者管理和治疗。
COVIDSeq检测和COVIDSeq测试是基于引物扩增的新一代测序(NGS)方法,旨在帮助公共卫生实验室鉴定SARS-CoV-2的新型毒株。
iSeq 100系统利用了快速、价优的互补金属氧化物半导体(CMOS)技术,以及准确的Illumina边合成边测序(SBS)化学技术。
Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit让研究人员能够获得40多种重要呼吸道病毒的全基因组新一代测序(NGS)数据,包括SARS-CoV-2和甲型/乙型流感病毒。
Shaheed Vally Omar 是南非约翰内斯堡国家传染病研究所结核病中心的科学负责人,他相信新一代测序技术能够帮助他的国家检测和追踪耐药性结核病(MDR-TB)。
CERI 的创始主任、南非斯泰伦博斯大学和夸祖鲁-纳塔尔大学教授 Tulio de Oliveira,讲述了如何将病原体基因组监测作为一种公共卫生工具以及它的未来。
Dr. Camilla Rodrigues 在印度孟买的 P. D. Hinduja 医院和医学研究中心抗击结核病,这是一家私立非营利医院。阅读她对耐药性结核病日益增长的威胁的看法以及她为每位患者提供治疗的愿景。
阅读有关针对Mpox病毒的基于扩增子的测序(PrimalSeq)方法,该方法与宏基因组测序相比,能够改善低病毒浓度样本的基因组覆盖深度和广度。
了解科学家如何利用基因组学和系统发育基因组学数据,深入了解2022年Mpox病毒爆发菌株的进化轨迹,以及人类适应的潜在机制和靶点。
在这篇出版物中,科学家们描述了他们如何通过污水测序进行流行病学监测,并跟踪特定病毒菌株的能力。
了解Illumina科学家如何开发一个模型,以评估在人群中检测到新兴SARS-CoV-2菌株所需的样本量,当这些菌株占所有菌株的比例不到1%时。
了解一种基于捕获的NGS方法,该方法使用诱饵靶向冠状病毒。在这里,科学家们展示了针对蝙蝠冠状病毒进行靶向、成本效益高、大规模、基因组水平监测的可行性。
下载应用说明,了解如何实现对多样化病毒基因组的全面覆盖,以实现有效的监测。