这种基于扩增子的新一代测序(NGS)检测旨在帮助临床研究实验室识别SARS-CoV-2新毒株。 它包含2019-nCoV引物,可用于检测SARS-CoV-2病毒的突变并进行RNA表征。
工作流程包含病毒RNA提取、RNA-cDNA转化、PCR、文库制备、测序、分析和报告生成等步骤。
该检测利用公开的ARTIC多重PCR工具的改进版本,含有98个可用于扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列的扩增子,并与成熟的因美纳测序技术相结合。PCR步骤的退火温度为63℃,这种温度设置可改善变异分析,提供有关样本中存在的SARS-CoV-2毒株的重要信息。
此外,该检测还提供了可选引物池。它的设计基于ARTIC群体v4,包含99个扩增子,无人类对照。该试剂盒可供384个样本使用。
一致性序列信息(FASTA文件)可上传至开源软件工具,以分配谱系和注释突变。 为便于操作,可直接通过BaseSpace Sequencing Hub将文件上传至NCBI和/或GISAID应用。
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Automated processing for COVIDSeq™ workflow flexibility
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