NovaSeq X系列
将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。
COVIDSEQ Assay（96个样本）是一种全面、基于扩增子的新一代测序（NGS）检测方法，旨在帮助研究实验室鉴定新型SARS-CoV-2变异。
COVIDSeq Assay (96样本)
这种低通量至中通量的NGS检测让任何规模的实验室能够识别并追踪新型SARS-CoV-2变异的出现和流行情况。
概述
快速、经济高效的测序
COVIDSeq Assay（96个样本）专为运行少量样本而设计，为因美纳台式测序系统提供了理想的低通量配置，使小型实验室能够进行新变种的去中心化监测。
均匀的基因组覆盖
96个扩增子提供了对SARS-CoV-2基因组的全面覆盖，可用于深入表征新变种。
集成式解决方案
该试剂盒包括用于cDNA转化、扩增和文库制备的所有试剂。PCR过程中的退火温度设置为63°C可改进变异分析，提供重要见解。
简化的数据分析
使用开源软件工具（包括BaseSpace Sequence Hub中的DRAGEN COVID Lineage App）评估谱系并注释突变。
规格
| 自动化功能 | 液体处理机器人 |
|---|---|
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
| Content specifications | 覆盖整个病毒基因组，包括刺突蛋白位点 |
| Description | COVIDSeq Assay（96样本）是一种中低通量NGS检测，可在任何Illumina桌面式测序仪上处理，用于研究应用。 |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, 研究模式下的NextSeq 550Dx, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, MiSeq i100 Plus系统, MiSeq i100系统 |
| 方法 | 扩增子测序, 靶向RNA测序 |
| 多重分析 | iSeq系统上8重 MiSeq系统上30–48重 MiniSeq系统上的48重 |
| 核酸类型 | RNA |
| 样本类型详细信息 | 鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 |
| 物种 | 病毒 |
| Species details | SARS-CoV-2 |
| 链特异性 | 非链 |
| 技术 | Illumina测序 |
需要的产品
需要一次COVIDSeq Assay（96样本）。除了随附的标签板外，共有四个选项。
- 用于测序仪的测序试剂盒和流动池
- Viral RNA extraction kit (如：QIAamp Viral RNA Mini Kit)
COVIDSeq阳性对照是一种可选产品。
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结果
应用
COVIDSeq Assay（96个样本）使用桌面式测序仪的实验室能够对SARS-CoV-2变种和谱系进行基因组监测，以识别和监测新的毒株。
工作流程示例
制备
Illumina COVIDSeq Assay (96样本)
相关应用和方法
比较
| COVIDSeq Assay (96样本) | COVIDSeq Test（研究版本） | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | Pan-Coronavirus Panel | |
|---|---|---|---|---|
| 自动化功能 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
| 自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 | |
| Content specifications | 覆盖整个病毒基因组，包括刺突蛋白位点 | 跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度 | 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。 | |
| Description | COVIDSeq Assay（96样本）是一种中低通量NGS检测，可在任何Illumina桌面式测序仪上处理，用于研究应用。 | COVIDSeq Test（RUO版本）是一种可扩展的高通量NGS检测（多达3072个样本），适用于研究应用。 | 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行毒株分型，以研究病毒的进化和传播。 | Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。 |
| 系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, 研究模式下的NextSeq 550Dx, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统, MiSeq i100 Plus系统, MiSeq i100系统 | MiSeq 系统, iSeq 100系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, 研究模式下的NextSeq 550Dx, 研究模式下的NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500系统, NovaSeq 6000系统 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, MiniSeq基因测序仪 | MiSeq 系统, NextSeq 550系统, NextSeq 2000系统, NextSeq 1000系统, MiniSeq基因测序仪 |
| 方法 | 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 扩增子测序, 靶向RNA测序 | 靶向DNA测序, 靶向RNA测序, 靶向富集 | 全基因组测序, 靶向富集 |
| 多重分析 | iSeq系统上8重 MiSeq系统上30–48重 MiniSeq系统上的48重 | NextSeq上的384重；NovaSeq上的384重 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 |
| 核酸类型 | RNA | RNA | DNA, RNA | RNA |
| 样本类型详细信息 | 鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 | 鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 | ||
| 物种 | 病毒 | 人, 病毒 | 真菌, 病毒, 细菌 | 病毒 |
| Species details | SARS-CoV-2 | SARS-CoV-2 | 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（2000多种）。 | |
| 链特异性 | 非链 | 非链 | 非链 | |
| 技术 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 | Illumina测序 |
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图表
基因组覆盖性能
热图绘制性能随读长和深度的变化，与单端读长相比，双端读长显著改善。显示了>0.99可信度的基因组比例，接近1的值代表SARS-CoV-2基因组的更完整覆盖度。
文库制备 (4)
COVIDSeq Assay（96样本）标签1
20049393
包含用于制备96个样本以检测SARS-CoV-2的试剂。包括带96个唯一双标签的标签板1。单独购买可选的阳性对照和可选的v4引物池
COVIDSeq Assay（96样本）标签2
20051772
包括用于制备96个样本的试剂，用于检测SARS-CoV-2。包括带96个唯一双标签的标签板2。单独购买可选的阳性对照和可选的v4引物池
COVIDSeq Assay（96样本）标签3 RUO
20051773
包括用于制备96个样本的试剂，用于检测SARS-CoV-2。包括带96个唯一双标签的标签板3。单独购买可选的阳性对照和可选的v4引物池
COVIDSeq Assay（96样本）标签4 RUO
20051774
包括用于制备96个样本的试剂，用于检测SARS-CoV-2。包含标签板4，带有96个唯一双标签。单独购买可选的阳性对照和可选的v4引物池
配套产品 (1)
COVIDSeq阳性对照
20051775
包含100 uL COVIDSeq阳性对照，用于支持质量控制
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常见问题解答
主要区别在于每次检测可以运行的样本数量。COVIDSeq Assay（96个样本）可在Illumina台式测序仪上运行多达96个样本，以适应规模较小的研究实验室。相比之下，COVIDSeq Test（RUO）可在NovaSeq 6000测序仪或NextSeq系列测序仪上运行多达3072个样本。
制备好的文库可在任意因美纳测序测序仪上测序。然而，COVIDSeq Assay（96）样本的低通量配置非常适合Illumina桌面式测序仪，包括iSeq 100、MiniSeq、MiSeq、NextSeq 550、NextSeq 1000和NextSeq 2000测序仪。
随着SARS-CoV-2发生突变，引物池偶尔需要更新，以确保对整个基因组的完全覆盖，并提高对SARS-CoV-2变种检测的分析灵敏度。v5.4.2引物为最近的奥密克戎变种提供了更广泛的覆盖。
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结果
MiSeq v3试剂盒
与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。
TruSight Oncology 500
使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。
Illumina DNA Prep
快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。
COVIDSeq Test（研究版本）
这种高通量NGS检测方法让实验室能够检测SARS-CoV-2突变，识别和追踪新变异株的出现和流行情况。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
文库制备和富集试剂盒，可提供高度灵敏、全面的呼吸道病原体鉴定和抗菌素耐药性见解。
Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit
简化的工作流程，可高度灵敏地检测和表征常见的呼吸道病毒，包括SARS-CoV-2毒株。
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