COVIDSeq检测（研究版本）

这种高通量NGS检测使实验室能够检测SARS-CoV-2突变，以识别和追踪新变异的出现和流行。

本产品仅供研究使用（RUO）。本产品的体外诊断版本可在日本、菲律宾和美国根据每个国家/地区的相应授权机构使用。 

概述

COVIDSeq检测（RUO版本）是一种新一代测序（NGS）检测方法，能让研究人员检测和鉴定SARS-CoV-2的新变异。

  • 使用ARTIC v3引物检测SARS-CoV-2 RNA的基因组 

  • 检测到≥90个扩增子时报告共有序列

  • 支持无缝、灵活的端到端工作流程 

快速、可扩展的测序

Illumina COVIDSeq Test（RUO版本）可容纳384至3072个样本，具体取决于通量需求。 

均匀的基因组覆盖

覆盖度尤其集中在刺突蛋白位点。为了获得详细的测序，可选的ARTIC v4引物池提供了新变异的深入表征。 

集成解决方案

该试剂盒包含cDNA转化、扩增和文库制备所需的所有试剂。PCR过程中的退火温度为63°°C，可改善变异分析和见解。 

简化的数据分析

使用开放软件工具评估谱系并注释突变，包括BaseSpace Sequence Hub中的Illumina DRAGEN COVID谱系应用程序。  

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Strand specificity Non-Stranded
内容说明

跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度 
多重分析

NextSeq上的384重

NovaSeq上的384重
技术 Illumina测序
样本类型详细信息

鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 
核酸类型 RNA
物种 人, Virus
物种详情 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3）
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System
自动化详情 探索可用的自动化方法
说明

COVIDSeq检测（RUO版本）是一种可扩展的高通量NGS检测（多达3072个样本），适用于研究应用。  

所需产品

除了Illumina COVIDSeq Test（3072个样本），您还需要： 

  • IDT for Illumina PCR Indexes Set 1–4（384个标签，384个样本） 

  • 适用于测序系统的流动槽  

  • 适用于测序系统的测序试剂盒 

  • 病毒RNA提取试剂盒（例如QIAamp Viral RNA Mini Kit） 

/

应用

COVIDSeq Test（RUO版本）是用于检测和表征SARS-CoV-2的集成NGS研究解决方案，不用于诊断程序或患者管理。 

工作流程示例

1
管理工作流程
2
文库制备

Illumina COVIDSeq检测（RUO版本） 

3
测序
4
分析

应用说明

使用废水流行病学进行传染病监测
Illumina COVIDSeq检测COVID-19监测指南（RUO版本）

相关应用和方法

冠状病毒测序

NGS can identify novel coronavirus variants, track COVID-19 transmission, and more. Compare NGS methods for various coronavirus sequencing goals.

用于传染病的NGS

作为一种无假设的方法，NGS可以区分仅相差一个SNP的传染性疾病毒株，并取代对多次检测的需求。

宿主遗传学和免疫应答分析

研究宿主遗传差异和个体对SARS-CoV-2病毒的免疫应答可以揭示COVID-19疾病的易感性和严重程度。

其他人如何使用该产品
因美纳与Helix合作开发国家监测基础设施
在以色列建立最先进的临床研究测序实验室
区域病理学正在澳大利亚农村使用NGS抗击COVID-19

文档

产品资料

  • 技术说明 PDF 1 MB 2 版本

支持文档

比较

COVIDSeq检测（研究版本） COVIDSeq Assay（96个样本） Pan-Coronavirus Panel Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
Automation capability Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots Liquid Handling Robots
Method Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing Target Enrichment, Whole-Genome Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Strand specificity Non-Stranded Non-Stranded Non-Stranded
内容说明

跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度 

跨刺突蛋白位点的统一病毒基因组覆盖度 

 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA，同时分析抗菌药物耐药性（AMR）基因表达。
多重分析

NextSeq上的384重

NovaSeq上的384重

iSeq系统上8重

MiSeq系统上30–48重

MiniSeq系统上的48重

 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
样本类型详细信息

鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 

鼻咽、口咽和中鼻甲鼻拭子样本 
核酸类型 RNA RNA RNA DNA, RNA
物种 人, Virus 人, Virus Virus Fungal, Virus, Bacteria
物种详情 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） 检测呼吸道病原体（180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒，包括SARS-CoV-2）和抗菌药物耐药性等位基因（1200多种）。
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明

COVIDSeq检测（RUO版本）是一种可扩展的高通量NGS检测（多达3072个样本），适用于研究应用。  

 COVIDSeq Assay（96样本）是一种中低通量NGS检测，可在任何Illumina台式测序系统上处理，用于研究应用。 Pan-Coronavirus Panel是集成工作流程的一部分，可用于检测和全基因组测序各种动物宿主中的200多种已知和新型冠状病毒菌株。 鉴定呼吸道感染和合并感染，检测抗菌药物耐药性标志物，并对关键病原体（SARS-CoV-2和Flu A/B病毒）进行菌株分型，以研究病毒的进化和传播。

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

基因组覆盖性能

热图绘制性能随读长和深度的变化，与单端读长相比，双端读长显著改善。显示了>0.99可信度的基因组比例，接近1的值代表SARS-CoV-2基因组的更完整覆盖度。 

常见问题解答

COVIDSeq检测（RUO版本）适用于NovaSeq 6000测序系统。它也可以在研究模式下在iSeq 100、MiniSeq、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq 500、NextSeq 550、研究模式下的NextSeq 550Dx、NextSeq 1000或NextSeq 2000系统上运行。

主要区别在于每次检测可以运行的样本数量。COVIDSeq Assay（96个样本）在Illumina台式测序系统上运行96个样本，以适应较小的研究实验室。相比之下，COVIDSeq Test（RUO）可在NovaSeq 6000系统或NextSeq系列测序系统上运行多达3072个样本。

是的，根据每个国家/地区的授权机构， 体外诊断（IVD）检测 可在授权国家/地区（日本、菲律宾和美国）使用。  

ARTIC v3引物池包含在COVIDSeq Test（RUO）试剂盒中。它包含98个扩增子和11个人类基因的引物，针对SARS-CoV-2的原始菌株设计。可选的ARTIC v4混合池包括99个扩增子，不含针对Delta变异设计的人类对照。它提高了刺突蛋白位点的基因组覆盖度，并提高了SARS-CoV-2变异检测的分析灵敏度。阅读技术说明。

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与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

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使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

Pan-Coronavirus Panel

该panel支持对人类和动物宿主的225种已知和新型冠状病毒进行表征和基因组监测。

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