废水监测

废水监测是一种检测、识别和表征废水中病原体的方法。这种方法获取的数据有助于监测社区范围内的疫情和其他病原体危害。通过了解这些病原体分布，社区可以在公共卫生响应过程中更好地分配资源。废水中的基因组信息不仅可以用来确定社区中存在哪些病原体，还可以用来鉴定社区中可能存在的菌株类型和变异数量。

废水监测是检测和表征污水样本和污水处理厂中的病原体的重要工具。废水监测方法联合NGS技术，可以帮助我们加深对多种不同病原体的了解，包括RNA和DNA病毒、细菌和抗菌药物耐药性（AMR）标志物。这些信息对于追踪许多传染病的传播和制定有效的应对措施至关重要。

废水监测基于污水样本，有助于完善现有的监测方法，其优点包括：

• 基于人群的感染追踪
• 匿名合并检测
• 关于疾病传播的地理信息
• 可以根据需要从治疗设施进行简单快速的采样，确定社区范围内的发展趋势

废水样本通常含有多种病原体和微生物，而临床样本通常只含有单一病原体。为了分析目标病原体，建议使用基于扩增子或富集的NGS文库制备方法。基于扩增子的方法使用引物特异性靶向微生物区域和/或单个病毒的全基因组，而富集方法使用探针杂交来捕获目标基因组。此外，鸟枪法宏基因组测序提供了分析样本中所有基因和微生物的全面方法。