RNA测序数据分析解决方案

为生物学家设计的用户友好型RNA-Seq分析工具

RNA-Seq数据的直观分析

随着生物信息学领域的成熟,RNA测序(RNA-Seq)数据分析比以往更容易。Illumina提供了具有直观用户界面的按键式RNA-Seq软件工具,该工具专为生物学家设计。

这些用户友好型工具支持从基因表达分析到总RNA表达谱分析等多种新一代测序(NGS)研究。

使用Illumina工具进行RNA-Seq数据分析的优势

可以在Illumina Connected Analytics或BaseSpace Sequence Hub(Illumina多组学云端计算平台)中快速安全地传输、存储和分析RNA-Seq数据。两个平台均提供对DRAGEN Bio-IT平台的云内访问,以便对RNA-Seq和其他NGS数据进行准确、超快速的二次分析。

DRAGEN采用无损基因组数据压缩技术,最多可将数据存储空间缩小5倍,同时保持数据完整性。了解详情:

我们的BaseSpace RNA-Seq应用程序:

  • 适用于任何研究人员,无论是否有生物信息学经验
  • 专家优选的RNA-Seq软件工具套装,这些应用程序或是由Illumina开发或优化,或是选自不断发展的第三方应用程序供应商生态系统
  • 为支持从转录本丰度测定到检测新转录本、编码序列单核苷酸多态性(cSNP)、基因融合等常见转录组研究而设计
  • 适用于人类、小鼠和大鼠RNA-Seq分析(某些应用程序支持更多物种)
  • 兼容所有Illumina测序系统
核心实验室使用BaseSpace分析mRNA-Seq数据

英属哥伦比亚大学的BRC-Seq核心测序实验室使用了BaseSpace Sequence Hub来分析和共享数据。他们的研究经常涉及对mRNA测序数据的分析,以评估不同实验处理对转录组的影响。BaseSpace工作流程可帮助BRC-Seq追踪样本并为客户提供高质量的测序数据。

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Featured RNA-Seq Analysis Apps

基于经常引用的RNA-Seq分析流程,这些App支持多种转录组数据分析需求。用于常用方法的Illumina BaseSpace RNA-Seq App列于下表中。

用于RNA测序数据的特色App
方法 特色App
mRNA测序
靶向RNA测序 BaseSpace RNA Amplicon App
小RNA测序 BaseSpace Small RNA App
传染病测序

如何用BaseSpace App分析RNA-Seq数据

浏览典型的BaseSpace Sequence Hub RNA测序数据分析工作流程,了解从测序运行选择到分析参数选择和结果分析的整个过程。

查看由软件生成的易于解读的表格和图表示例,包括对差异表达、基因融合检测、变异检出和其他可以合并到手稿中的报告的描述。

阅读技术说明
Bioinformatics for Gene Expression and Regulation eBook 下载电子书

RNA-Seq数据的解析

数据分析结束后,结果可以方便地传送至BaseSpace Correlation Engine进行功能注释,以了解基因表达变化引起的生物学效应。BaseSpace Correlation Engine含有来自数以千计的公开研究的数据组,可用于生物学解析。该软件可将RNA-Seq实验得出的差异性基因表达数据与疾病关联,或将相关基因与小RNA靶标图形化。

查看BaseSpace Correlation Engine
简化基因组数据挖掘

了解BaseSpace Correlation Engine如何促进基因组数据解析。了解知名大学和制药公司在同行评审的出版物中引用该工具的实例。

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查看样本数据集

查看我们的基因组学云计算环境BaseSpace Sequence Hub中多种方法的样本数据组,或者试用BaseSpace App并交互评估结果。

注意,客户需要登录才能访问BaseSpace Sequence Hub和查看特定数据集。

多组学分析

将RNA-Seq数据与表观遗传学、蛋白质组学等其他模式的数据相结合,可测量基因表达、基因调控和蛋白质水平。

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