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单细胞和超低起始量RNA-Seq

单细胞RNA测序简介

复杂的生物系统由单个细胞的协同功能共同决定。 传统方法虽然提供了大量的基因组或转录组数据,但却无法揭示造成这种复杂性的细胞异质性。单细胞测序是一种新一代测序(NGS)方法,可检测单个细胞的基因组或转录组,提供细胞间变异的高分辨率视图。

高灵敏度的超低起始量和单细胞RNA测序(RNA-seq)法使研究人员能够探索复杂组织中单个细胞的不同生物学特性,了解细胞亚群对环境要素的反应。这些检测方法有助于研究细胞功能和细胞分化、增殖、肿瘤发生等依赖时间的过程中的异质性。

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单细胞RNA-Seq的优势

单细胞和超低起始量RNA-Seq是研究转录组的强大工具,能以最小的样本起始量开展无偏差的研究。

  • 对于高质量的样本,能以单细胞的起始量水平进行可靠的转录组分析
  • 整合的方案直接从整个细胞开始进行,能保留样本的完整性
  • 高分辨率的分析能够发现通常会被批量采样方法掩蔽的细胞间差异

单细胞测序工作流程

了解如何完成从组织制备到分析的Illumina单细胞测序工作流程。

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利用多重分析助力单细胞实验

UCSF的研究人员介绍了MULTI-Seq,这是一种用于单细胞和单核RNA测序的样本条形码标记策略。

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Single-Cell Analysis is Advancing Insights in Developmental Biology

单细胞分析正在促进发育生物学的发展

Cole Trapnell博士是TopHat、Cufflinks和其他广泛使用的生物信息学工具的主要开发人员。他与我们分享了在他眼中了解细胞谱系的重要性,他的实验室使用单细胞RNA测序的经验,以及他对组合标签的应用。

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单细胞测序应用

使用iSeq 100系统对文库进行质量控制和调整

评估单细胞基因表达混合文库的关键指标,在开展高深度运行前评估其质量。

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使用NovaSeq 6000系统进行单细胞测序

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RNA测序与诸如qPCR和基因表达芯片等先前的方法相比,具有许多优点。使用本指南评估新一代测序的各种选项并获得定制的工作流程。

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高通量和低通量方法

单细胞测序的方法可分为高通量方法和低通量方法。低通量方法采用机械操作或细胞分选/分离技术,每次实验可以处理几十到几百个细胞。

微流体技术的最新进展使高通量单细胞分析成为可能,利用该技术,研究人员可以在一次实验中经济有效地检测数百至数万个细胞。高通量测序和低通量测序方法均使用了Illumina边合成边测序(SBS)技术,该技术是最广泛采用的NGS技术,产生了全世界约90%的测序数据。*

单个神经元

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超低起始量和单细胞RNA-Seq的高通量工作流程

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iSeq 100系统和试剂

iSeq 100测序系统让新一代测序比以往更简单,也更经济。它简约的设计让所有规模的实验室只需按下按钮,即可对DNA和RNA进行测序。

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适用于NovaSeq 6000系统的试剂套件提供了随时可用的试剂盒,可用来进行簇生成与边合成边测序。

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NextSeq 2000
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超低起始量和单细胞RNA-Seq的低通量工作流程

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ATAC测序

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*根据Illumina公司2015年存档数据计算