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双端与单端测序

什么是双端测序?

用户可使用双端测序方法对片段的两端进行测序,并生成高质量、可比对的测序数据。双端测序有助于检测基因组重排、重复序列元件、基因融合及新转录本。

除了在相同的时间内、开展相同文库制备工作的情况下产生两倍数量的read以外,作为read对进行比对的序列可以实现更准确的read比对,而且还能检测出单端测序数据无法检出的插入缺失(indel)变异。1所有Illumina新一代测序(NGS)系统都可用于双端测序。

双端测序

双端测序的优势

  • 简单的双端测序文库:简单的工作流程能够生成特定尺寸范围的插入片段
  • 高效的样本利用:需要的DNA量与单端基因组DNA或cDNA测序相同
  • 广泛的应用范围:无需DNA甲基化或限制性内切酶消化;可用于亚硫酸氢盐测序
  • 简单的数据分析: 利用小插入片段文库进行高质量测序组装。对标准单端read文库制备过程进行简单的修改,便于在一次双端read期间读取每个簇的正向和反向模板链。两种read都包含长片段的位置信息,可提供高精度的read比对。
Illumina测序简介

本概述介绍了主要的测序技术进展、重要方法、Illumina测序化学过程的基础等内容。

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双端DNA测序

双端DNA测序read在含有重复序列的DNA区域上提供了高质量的匹配,并且通过填充共有序列中的缺口产生长重叠群以用于从头测序。双端DNA测序还能检测插入、缺失和倒位等常见DNA重排。

DNA测序方法

DNA测序可通过多种方法应用于小的目标区域或全基因组测序。

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测序读长

根据您的样本类型、应用和覆盖度需求选择合适的测序读长。了解如何为您的测序运行选择合适的读长。

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测序读长

双端RNA测序

双端RNA测序(RNA-Seq)可用于探索应用,如检测癌症基因融合、表征新的剪接亚型。2

对于双端RNA-Seq,先采用以下试剂盒和备选片段化实验方案,再进行标准Illumina双端簇生成和测序。

对于mRNA-Seq文库制备,请采用:
对于stranded total RNA文库制备,请采用:
RNA-Seq概述

该方法提供转录组编码和非编码区域的高分辨率视图,更深入地了解生物学。

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单端测序

单端测序仅从一端开始DNA测序,是最简单的Illumina测序方法。该解决方案可快速、经济地提供大量的高质量数据。对于小RNA-Seq或染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)等方法,单端测序是很好的选择。  

文库制备

创新、综合的文库制备解决方法是Illumina测序工作流程的关键。

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更多资源

测序技术视频
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观看SBS技术如何工作。

测序平台选择工具
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参考文献
  1. Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive.PLoS One. 2013;8(10):e77910.
  2. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nat Rev Genet.2009;10:57-63.