双端DNA测序read在含有重复序列的DNA区域上提供了高质量的匹配,并且通过填充共有序列中的缺口产生长重叠群以用于从头测序。双端DNA测序还能检测插入、缺失和倒位等常见DNA重排。
双端RNA测序(RNA-Seq)可用于探索应用,如检测癌症基因融合、表征新的剪接亚型。2
对于双端RNA-Seq,先采用以下试剂盒和备选片段化实验方案,再进行标准Illumina双端簇生成和测序。
单端测序仅从一端开始DNA测序,是最简单的Illumina测序方法。该解决方案可快速、经济地提供大量的高质量数据。对于小RNA-Seq或染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)等方法,单端测序是很好的选择。