CITE-Seq
什么是CITE-Seq？
CITE-Seq（转录组和表位的细胞标签测序）是一种基于测序的方法，在单细胞测序中同时量化细胞表面蛋白质和转录组数据。在转录组和蛋白质组水平上同时研究细胞可为新的细胞类型、疾病状态或其他疾病提供前所未有的见解。
为什么CITE-Seq有用？
在开发CITE-Seq之前，在单细胞水平上同时研究转录组和蛋白质表达具有挑战性。利用转录信息了解细胞生理学有一定的帮助，但它无法提供全面的信息，因为没有蛋白质表达信息，细胞功能是不完整的。RNA分析不能准确测量转录后和翻译后修饰，例如蛋白质降解、异构体检测和糖基化。长期以来，用于研究表面蛋白质表达的方法（例如流式细胞术）虽然可靠，但一直受限于可分析的靶标数量，并且无法同时提供转录组数据。CITE-seq可在单次检测中同时实现这两个目标，从而提供单细胞功能的全面信息。
使用CITE-seq有什么优势？
CITE-seq解决了蛋白质检测数量受限的问题，同时能够使用单细胞测序无偏倚地研究转录本。利用条形码抗体技术，CITE-seq可在单次运行中分析几乎不限数量的细胞标志物和转录本。结合现有的单细胞测序方法，我们的测序平台可确保顺畅的工作流程，以高通量和可扩展性快速获得新进展。
CITE-Seq的工作原理是什么？
CITE-seq利用唯一寡核苷酸标记的抗体识别表面蛋白质，通过测序以获得结果。可与抗体偶联的条形码数量超过了流式细胞术或CyTOF中使用的荧光团或重金属标签的数量，从而扩展了可与RNA同时测量的蛋白质数量。这些条形码抗体是利用新一代测序（NGS）技术生成蛋白质和核酸数据的独特工作流程的一部分。
CITE-seq助力新发现
CITE-seq通过对单细胞内的蛋白质和转录组数据进行多重定量，帮助研究人员获得了重大发现。以下是CITE-seq的一些应用实例：
- 通过分析免疫细胞，明尼苏达大学的研究人员发现异质性巨噬细胞群可预防心脏损伤1。
- 利用CITE-Seq，可根据细胞的组成及其对治疗的响应对乳腺癌细胞分类。这一新进展可提供细胞的“全面转录图谱”，有助于揭示乳腺癌细胞的复杂异质性2。
- 了解CITE-Seq如何通过免疫细胞分析提高对COVID-19病例中轻症至中症疾病状态的了解3。
CITE-Seq与REAP-Seq
RNA表达和蛋白质测序（REAP-seq）与CITE-seq基于类似的原理。随着支持这两种实验方案的商业试剂的开发，许多研究人员现在将它们互换使用，或者使用术语蛋白质基因组学或多组学分析。
兼容的解决方案
BD AbSeq
BD AbSeq抗体-寡核苷酸偶联物能够在单个实验中检测蛋白质和mRNA表达。这些试剂旨在与BD Rhapsody单细胞分析系统无缝协作。
TotalSeq from BioLegend
BioLegend提供多种形式的抗体，通过使用其TotalSeq寡核苷酸偶联抗体进行单细胞分析测序，同时检测蛋白质和RNA或者DNA。
10x Genomics Feature Barcode技术
10x Genomics提供多种解决方案，用于在单细胞中同时检测蛋白质和基因表达。
特色多组学应用
同时分析数百种细胞标志物
了解研究人员如何使用BD Rhapsody和因美纳NGS系统在单次实验中以单细胞分辨率将197个表面标志物定位到细胞图谱。
Th1极化细胞中的独特分子特征检测
使用因美纳NGS和BioLegend TotalSeq抗体优化BEN-Seq，用于Th1细胞中细胞群蛋白质和基因表达分析。
用于蛋白质组学分析和RNA-Seq实验的TotalSeq-A
了解如何优化TotalSeq-A（BioLegend）抗体和RNASeq，以便在您的工作流程中纳入经济高效的蛋白质组学分析。
在单细胞分辨率水平进行多组学分析
使用10x Genomics Chromium单细胞免疫分析和因美纳测序系统以单细胞分辨率同时分析B细胞和T细胞的基因和蛋白质表达。
CITE-Seq数据分析
应用广泛的用户友好型工具，提供简单而强大的数据分析方法，无需生物信息学背景。10x Genomics、BD和Biolegend提供可靠的分析流程和可视化工具，有助于解读CITE-Seq数据。或者，您可以使用免费的开源软件（例如Seurat或CiteFuse），轻松地将CITE-Seq实验生成的基因和蛋白质表达数据进行归一化和整合。
单个工作流程中的蛋白质和转录本数据
NextSeq 2000和NovaSeq 6000系统支持高通量测序，为CITE-Seq检测提供支持。寡核苷酸偶联抗体结合单细胞文库制备解决方案，使用条形码将蛋白质组和转录组图谱与单细胞联系起来。先进的软件分析平台可解码蛋白质和基因表达数据，帮助您识别独特的细胞表型。
样本和文库制备
将基因和蛋白质表达检测集成到同一工作流程中。
测序
使用单次测序运行定量数据。
数据分析
利用强大的分析和可视化软件平台获得更多见解。
单细胞测序样本制备技巧
克服单细胞研究面临的挑战
来自S2 Genomics、Dolomite Bio和因美纳的专家将提供关于优化scRNA-seq、SNuc-seq、ATAC-seq等单细胞研究的关键见解与技巧。
单细胞测序的最佳实践
无论您是刚接触单细胞测序技术还是已经拥有丰富的经验，都可以通过本研讨会了解有关样本制备和工作流程质量控制的全新最佳实践。
单细胞工作流程电子书
了解有关单细胞测序的宝贵技巧，提升您的研究发现能力。
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参考文献
- Circ Res. 2021 Oct 14. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.121.319737 “Cardiac Resident Macrophages Prevent Fibrosis and Stimulate Angiogenesis”
- Nat Genet. 2021 Sep;53(9):1334-1347. doi: 10.1038/s41588-021-00911-1. “A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers”
- Cell. 2020 Dec 10;183(6):1479-1495.e20. doi: 10.1016/j.cell.2020.10.037. “Multi-Omics Resolves a Sharp Disease-State Shift between Mild and Moderate COVID-19“