AmpliSeq for Illumina BRCA Panel

用于研究BRCA1BRCA2基因的体细胞和生殖系变异的靶向研究panel。

5小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间)

分析时间

<1.5小时

手动操作时间

1–100 ng(建议每个混池10 ng)

起始量

详情请参见规格表

概览

AmpliSeq for Illumina BRCA Panel是一款靶向重测序分析套装,用于研究BRCA1BRCA2基因的体细胞和生殖系变异。

主要特点

  • 相关基因内容 - 靶定BRCA1BRCA2基因的所有外显子区域和侧翼内含子序列

  • 快速的一体化工作流程 - 可在一天内使用起始量低至1 ng的高质量样本或10 ng福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的样本制备直接测序的文库

  • 准确的数据 - 使用本地或云端分析方法检测变异等位基因频率低至5%的体细胞突变

BRCA Panel是集成工作流程的一部分,该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应(PCR)的文库制备、采用Illumina边合成边测序(SBS)的新一代测序(NGS)技术以及自动化分析过程。

BRCA1 和 BRCA2 是人类肿瘤抑制基因,携带特定突变时,与乳腺癌和卵巢癌风险增加有关。即用型panel帮助研究人员节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。

规格

需要的产品

AmpliSeq for Illumina  BRCA Panel工作流程需要 BRCA Panel、Library PLUS试剂盒和标签接头。

/ 结果

应用

工作流程示例

项目建议

仪器 推荐的样本数 读长
iSeq 100系统

每次运行12个样本(假设最小覆盖度为500×)
每次运行96个样本(假设最小覆盖度为50×)

2 × 150 bp
2 × 150 bp

MiniSeq基因测序仪

每次运行的样本数:中通量:24,高通量:80(假设最小覆盖度为500×)

2 × 150 bp

MiSeq 系统

每次运行的样本数(最小覆盖度为500×,按试剂盒版本):v2 nano:3,v2 micro:12,v2:48,v3:80
每次运行的样本数(最小覆盖度为50×,按试剂盒版本):v2 nano:32,v2 micro:96

2 × 150 bp
2 × 150 bp

相关应用和方法

比较

AmpliSeq for Illumina BRCA Panel TruSight Cancer
分析时间 5小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) 1.5天
癌症类型 实体瘤 泛癌种
内容说明 BRCA1BRCA2的外显子区域和侧翼内含子序列 固定的探针集富集了与常见和罕见癌症相关的94个基因和284个SNP。
说明 BRCA BRCA1 BRCA2的生殖系和体细胞分析研究。 常见和罕见癌症的生殖系突变检测研究。
手动操作时间 <1.5小时 5小时
起始量 1–100 ng(建议每个混池10 ng) 50 ng DNA
系统 MiSeq 系统, iSeq 100系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪 MiSeq 系统, NextSeq 550系统, 研究模式下的MiSeqDx, MiniSeq基因测序仪, NextSeq 500系统
作用机制 多重PCR
方法 靶向DNA测序, 扩增子测序 靶向DNA测序, 靶向富集
多重分析 96个双标签序列组合 多达96重
核酸类型 DNA DNA
扩增子数 共265个。2个混合池。(池1:132个扩增子。 池2:133个扩增子)。
特殊的样本类型 血液, FFPE组织 不兼容FFPE, 不兼容FFPE
物种
技术 Illumina测序 Illumina测序
变异类别 单核苷酸多态性(SNP), 体细胞变异, 生殖系变异, 插入缺失(indel) 生殖系变异

选择工具:

Panel (1)

AmpliSeq™ BRCA Panel for Illumina®

20019168

靶向panel,评估BRCA1和BRCA2基因的所有外显子。试剂盒可进行24次反应。Library PLUS和标签均为单独出售。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS(24次反应)for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS(96次反应)for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS(384次反应)for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina®(24标签,24样本)

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina®(384标签,384样本)

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (2)

AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

包括24次反应,用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA,无需脱蜡或DNA纯化。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时,包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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选择汇总

产品

数量

Unit Price

NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq v3试剂盒

与早期版本相比,优化的试剂盒可增加簇密度和读长,从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

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