葡萄酒、奶酪和影响其风味的微生物组
加州大学戴维斯分校的研究人员使用MiSeq基因测序仪来鉴定葡萄酒和奶酪的微生物组图谱以及它们制造的设施。
小型全基因组测序（WGS）可对微生物或病毒基因组进行全面分析，适用于公共卫生、传染病监测、分子流行病学研究和环境宏基因组学。此方法无需细菌培养或劳动密集型克隆步骤。每次MiSeq基因测序仪测序运行最多可对24个小型基因组进行测序。
MiSeq基因测序仪的应用和方法
探索无限可能
MiSeq基因测序仪为靶向基因和小基因组测序等多种应用提供了灵活性和简便性
主要应用和方法
文库制备
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
快速文库制备针对小型基因组、PCR扩增子和质粒进行了优化，仅需1 ng起始量和15分钟的手动操作时间。
快速、集成的工作流程，适用于各种应用，包括全人类基因组、扩增子、质粒和微生物基因组的测序。
测序
预装即用型卡盒，内含簇生成试剂和测序试剂，支持在MiSeq系统上进行600个循环的运行。
分析
TELL-Seq Data Analysis Pipeline应用程序
适用于微生物基因组组合的两个数据分析流程（Tell-Read和Tell-Link）。
浏览BaseSpace Sequence Hub中的样本数据（需要登录）：MiSeq小型基因组数据
每个样本的估计成本：80美元*
*基于5 Mb基因组、50–100×覆盖度、2×300 bp读长、Nextera XT Library Prep Kit、MiSeq v3 600循环试剂盒，在MiSeq基因测序仪上进行小型全基因组测序，估计每个样本的成本为2016年计算。
靶向基因测序专注于仅对目标基因或基因组区域进行测序的时间、费用和分析。扩增子测序是PCR扩增子的超深度靶向测序，可在一次检测中经济高效地分析多达数百个目标基因组区域。在一次MiSeq系统测序运行中对多达96个样本和1536个或更多扩增子进行测序。
检测设计和文库制备
基于高度多重聚合酶链式反应（PCR）的工作流程，可在单次运行中与从几个到数百个基因的靶标一起使用。
基于网络的检测设计工具，可帮助研究人员设计和订购定制测序探针或创建定制基因分型芯片检测。
测序
预装的即用型卡盒，内含簇生成试剂和测序试剂，支持在MiSeq测序仪上进行300个循环的运行。
分析
可以创建测序运行、监测运行状态和分析数据的本地软件解决方案。
用于NGS数据分析和管理的Illumina基因组学云计算环境。
16S rRNA（核糖体RNA）测序法无需培养，可用于鉴定和比较那些难以研究的，来自复杂微生物组或环境的细菌。因美纳演示的16S rRNA测序实验方案有助于消除实验中的猜测。多重分析让您每次MiSeq系统测序运行最多可对96个样本进行测序。
文库制备
在单次测序运行中混合和测序多达384个唯一标签样本的标签。
测序
预装即用型卡盒，内含簇生成试剂和测序试剂，支持在MiSeq系统上进行600个循环的运行。
分析
使用Illumina精选的GreenGenes分类数据库版本对16S rRNA靶向扩增子read进行分类。
每个样本的估计成本：10美元*
*基于96个样本、2×300 bp读长、Nextera XT标签引物、MiSeq Reagent v3 600循环试剂盒，在MiSeq系统上进行16S rRNA测序估计每个样本的成本。
更多应用和方法
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