DNA-蛋白质结合序列的精确分析

结合染色质免疫沉淀与NGS,进行全基因组范围内的基因调控研究

染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)

强大的ChIP测序(ChIP-Seq)方法结合了染色质免疫沉淀(ChIP)分析和测序,可确定全基因组范围内的转录因子和其他蛋白质的DNA结合位点。先按照ChIP的实验方案,使用特异性抗体对DNA结合蛋白进行免疫沉淀。随后,将结合的DNA共沉淀、纯化以及测序。

新一代测序(NGS)在ChIP中的应用有助于研究那些在各种疾病和生物学通路(例如发育和癌症进展)中有作用的基因调控事件。ChIP-Seq可以在全基因组范围内全面分析蛋白与核酸之间的相互作用。

ChIP-Seq包括3个简单步骤

采用无缝的工作流程解决方案来进行全基因组范围内的基因调控研究。

查看推荐工作流程  

芯片和其他研究表观基因组的方法需要来自已知序列的探针,因此它们存在固有的偏差,与之不同的是,ChIP-Seq并不需要先验知识。ChIP-Seq通过大规模平行测序提供全基因组图谱分析,能从多个样本中生成数百万的计数,可经济、精确、无偏差地研究表观遗传模式。其他优势包括:

  • 在任何生物体的整个基因组上捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点
  • 定义转录因子结合位点
  • 将RNA测序和甲基化分析结合于一体,揭示基因调控网络
  • 支持多种起始量的DNA样本
ChIP-Seq的优势

ChIP-Seq能鉴定DNA相关蛋白的结合位点,可用于绘制给定蛋白的全局结合位点。ChIP-Seq通常从DNA-蛋白质复合物的交联开始。样本随后片段化并使用核酸外切酶处理以修剪未结合的寡核苷酸。使用蛋白质特异性抗体进行DNA-蛋白质复合物的免疫沉淀。提取DNA并测序,提供蛋白质结合位点的高分辨率序列。

ChIP-Seq流程
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Illumina边合成边测序(SBS)技术是最广泛采用的NGS技术,产生了全世界约90%的测序数据。*

除了业界领先的数据质量,Illumina还提供集成的工作流程,简化了从文库制备到数据分析的测序过程。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

TruSeq ChIP Library Prep Kit
提供了一种简单、经济高效的解决方案,用于从ChIP来源的DNA中制备ChIP-Seq文库。
MiSeq系统

集中力量,每次运行可对1–6个ChIP-Seq样本进行测序。

NextSeq 550系统

灵活性强,可同时对8–24个ChIP-Seq样本进行测序。

NovaSeq 6000系统

无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量,灵活简便。

HiSeq 4000系统

产量高,根据目标蛋白的不同,可同时对4–150个ChIP-Seq样本进行测序。

平台比较工具

比较测序平台,找到适合您实验室和应用的最佳系统。

测序试剂

找到包含为Illumina测序系统量身定制的测序试剂、流动槽和/或缓冲液的试剂盒。

注意:ChIP-Seq对于高度靶向的转录因子可能只需要少量的read(500-1500万),而对于纯化普遍存在的蛋白,例如组蛋白标记,则需要更多的read(5000万)。

BaseSpace ChIP-Seq App

使用MACS2鉴定转录因子结合位点,使用HOMER发现峰内基序。

Genomatix Pathway System (GePS)

通路、网络和过程的生成与可视化。

BaseSpace Sequence Hub

用于NGS数据分析和管理的Illumina基因组学计算环境。

BaseSpace Correlation Engine

不断增长的经审核的基因组数据库,可在鉴定疾病机制、药物靶点和生物标记方面为研究人员提供有力支持。

癌症表观遗传学
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*根据Illumina公司2015年存档数据计算