小型全基因组测序
小型全基因组测序简介
小型基因组测序（≤ 5 Mb）涉及对细菌、病毒或其他微生物的整个基因组进行测序，并将序列与已知参考序列进行比较。小型微生物基因组的测序对公共卫生领域的食品检测、传染性疾病监控、分子流行病学研究和环境宏基因组学很有用。
小型基因组测序的优势
- 研究培养的单个生物的所有基因
- 同时对数千种生物体进行测序
- 对微生物或病毒基因组进行全面分析
- 提供同源染色体的不同基因信息，协助发现微生物或病毒样本中的新生物标记，为单倍型分析提供支持
快速且无需培养的微生物分析
与传统方法不同，利用新一代测序（NGS）的小型基因组测序研究不依靠工作量大的克隆步骤。NGS也允许生物学家通过多重分析同时测序数百个生物体。NGS能鉴定低频变异、基因组重排和其他遗传改变，而其他方法可能会漏检或者鉴定成本过高。短短2天内即可制备小型基因组的DNA文库，并对其进行测序和分析。
推荐的小型全基因组测序工作流程
文库制备
测序
数据分析
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Illumina NGS在传染性疾病监测疫情爆发模型中具有独特的优势。比较NGS方法，找到用于检测和表征SARS-CoV2、追踪传播途径、研究联合感染以及病毒进化的解决方案。
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全面的小型全基因组测序工作流程
Illumina边合成边测序（SBS）技术是最广泛采用的NGS技术，产生了全世界约90%的测序数据。*
除了业界领先的数据质量，Illumina还提供集成的工作流程，简化了从文库制备到数据分析的小型基因组测序过程。
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*根据Illumina公司2015年存档数据计算