AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel

这款靶向panel可用于研究40个DNA基因、29个RNA融合驱动基因和5个骨髓癌相关基因的表达水平。

5.5–7.5小时(仅包括文库制备时间,不包括文库定量、归一化或混合时间)

分析时间

< 1.5小时

手动操作时间

20 ng高质量DNA;10 ng高质量RNA(建议每个混合池10 ng)

起始量

详情请参见规格表

概述

Myeloid Panel可在一次实验分析中同时分析血液和骨髓样本的DNA和RNA,研究与血液恶性肿瘤相关的生物标记。该panel覆盖急性骨髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合征(MDS)、骨髓增殖性肿瘤(MPN)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性骨髓单核细胞性白血病(CMML)和青少年骨髓单核细胞性白血病(JMML)等主要骨髓疾病的相关靶点。主要特点包括:

主要特点

  • 高价值内容—— 靶向69个基因的生物标志物,包括具有挑战性的靶点,如CEBPA和FLT3-ITDs

  • 快速、简化的工作流程——只需10 ng高质量DNA和RNA即可在一天内 制备可用于测序的文库

  • 准确的数据——使用本地或云端分析 检测频率低至5%的体细胞突变

Myeloid Panel是集成工作流程的一部分,该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应(PCR)的文库制备、采用Illumina边合成边测序(SBS)的新一代测序(NGS)技术以及自动化分析过程。

即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。


性能参数


需要的产品

AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel工作流程需要Meloid Panel寡核苷酸、AmpliSeq Library PLUS试剂盒之一和至少一个AmpliSeq标签试剂盒。将总RNA转化为cDNA需要cDNA合成。

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应用

工作流程示例


项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run (mid output): 4 DNA, 32 RNA, 3 combined samples (based on >95% at 500x minimum coverage)
Samples per run (high output): 12 DNA, 96 RNA, 11 combined samples (based on >95% at 500x minimum coverage)

2×151 bp
2×151 bp

MiSeq System

Samples per run with v2 reagents: 7 DNA, 60 RNA, 6 combined samples
Samples per run with v3 reagents: 12 DNA, 96 RNA, 11 combined samples

2×151 bp
2×151 bp


相关应用和方法

比较

AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 TruSight Myeloid Sequencing Panel
Cancer type Hematologic Pan-Cancer, Solid Tumor Hematologic
Method Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types Not FFPE-Compatible, Bone Marrow, Blood FFPE Tissue Not FFPE-Compatible
Variant class Gene fusions, Insertions-deletions (indels), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Insertions-deletions (indels), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Insertions-deletions (indels), Somatic variants
内容说明 靶向69个基因的生物标志物(40个关键DNA靶标基因、29个RNA融合驱动基因和5个基因表达水平) 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域 靶向与骨髓恶性肿瘤相关的54个基因。探针可从肿瘤抑制基因和突变热点中扩增568个扩增子。
分析时间 5.5–7.5小时(仅包括文库制备时间,不包括文库定量、归一化或混合时间) 5小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) 8小时
多重分析 多达96重 96个双标签序列组合 多达96重
手动操作时间 < 1.5小时 < 1.5小时 3小时
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA DNA DNA
物种
系统 MiSeq Desktop Sequencer, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 500 Desktop Sequencer
说明 靶向panel,用于研究40个DNA基因、29个RNA融合驱动基因和5个与骨髓癌相关的基因表达水平。 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。 用于骨髓恶性肿瘤的体细胞突变检测研究。
起始量 20 ng高质量DNA;10 ng高质量RNA
(建议每个混合池10 ng)
1–100 ng(建议每个混池10 ng) 50 ng

选择工具:

CEBPA基因的高覆盖度

利用AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel评估的DNA显示,在基因的整个转录本上实现深度覆盖。

 

Panel (1)

AmpliSeq™ for Illumina® Myeloid Panel

20024478

固定基因集panel包括与血液恶性肿瘤相关的74个基因。试剂盒可进行24次反应(包含24个DNA文库和24个RNA文库)。需要可进行48次反应的LP PLUS。Library PLUS,标签和cDNA合成试剂均为单独出售。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (2)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus和 Comprehensive Panel v3以及定制或社区RNA Panel)时,包含反应混合物和酶混合物,可将总RNA转化为cDNA。反应次数因panel而异(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、 Comprehensive Panel v3和Custom Panel的每个试剂盒有100次反应,AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus和TCR beta Panel的每个试剂盒有200次反应)。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时,包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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产品

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订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

经过优化的试剂盒,可提供更高的簇密度和读长,与早期版本相比,提高了测序质量分值。

TruSight Oncology 500

靶向多种变异类型(包括微卫星不稳定性(MSI)和肿瘤突变负荷(TMB))的检测。

Illumina DNA Prep

快速、集成的工作流程,用于制备文库,用于广泛的测序应用。

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