支持全球抗击COVID-19

从根本上说，诊断检测可以帮助临床医生管理患者，而监测是管理人群所必需的。

诊断检测为个体患者提供了重要的是或否的答案，有助于提供适当的管理。

监测能帮助公共卫生人员追踪疫情的路径，了解传播途径，进行接触者追踪，确定病毒进化的速度以及病毒当下的变化是否会影响诊断或治疗效果。

在疫情爆发初期，如果传统方法（例如培养、PCR/qPCR或ELISA）无法在第一群患者中鉴定出引起疾病的病原体，那么NGS在新病原体的鉴定中就起着至关重要的作用。一旦确定了病原体并公开共享了基因组，研究人员就可以根据病原体的基因组序列来开发诊断检测（PCR），以此来帮助临床医生管理患者。

在鉴定出病原体之后，NGS将继续发挥重要作用，为公共卫生人员、疫苗和药物开发人员以及研究人员提供重要依据，帮助他们：

• 在全球范围内追踪病毒的传播途径，以便采取遏制和控制措施
• 确定病毒在传播过程中变异的速度
• 鉴定治疗靶点
• 了解联合感染的作用

NGS可以在事先不了解生物体的情况下，对患者样本中的新病原体进行无偏倚的检测。

传染性疾病检测的一个关键挑战是许多导致人类呼吸系统疾病、消化系统疾病和其他疾病的微生物（包括病毒）尚未被研究和鉴定，因此无法通过靶向方法（如PCR）来了解或检测，而这类方法的发展则需要病原体基因组的知识。NGS在这些未知的新病原体的发现中起着关键性的作用，由此获得的基因组序列随后可用于开发PCR等常规检测方法，以帮助临床医生管理患者。

NGS可用于追踪病原体基因组的进化，帮助公共卫生人员监控感染的传播，并确定群体水平上的最佳隔离计划。随着时间的推移，对来自不同患者的病毒进行测序可以确定病毒进化的速度，并了解病毒当下的变化是否会影响致病性以及诊断或治疗效果。PCR的目的是检测病原体基因组的特定区域是否存在，不会在这些快速进化的病原体基因组中鉴定出新的突变。此外，如果引物或探针结合区域发生了突变，PCR的性能也会受到影响。

流行病学家研究了来自全球患者样本中的病毒基因组突变，利用这些信息可以构建能表明患者间传播路径的遗传树（或图谱）。病原体的遗传特征相似的群体属于同一传播链中的患者。这些传播链能让公共卫生人员迅速确定病原体来源，追踪疫情的路径，了解传播途径并告知适当的遏制措施。

鸟枪法宏基因组工作流程能够同时检测新的和已知的物种。面对未知的爆发时，人们通常会使用多种分子诊断检测，这可能导致不必要的成本和病原体鉴定的延迟。鸟枪法宏基因组学可以作为单个的综合性筛选测试来鉴定和表征病原体。该研究工作流程有助于加快疫情调查，并能支持用于大规模筛查的新实验室检测的开发。

一旦确定了病原体（例如SARS-CoV-2），靶向富集工作流程就可以提供检测病毒所需的高灵敏度，以及关于其流行病学和进化的信息来帮助研究人员优化感染控制策略（包括监测何时可以降低隔离等级和恢复正常活动）并协助开发疫苗。

这些使用Illumina测序技术的补充工作流程可以与传统的检测方法一起进行，并整合到一个全面的疫情应对模型中。

Illumina与IDbyDNA的合作提供了简单而强大的生物信息学软件，能将测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA Explify平台与Illumina NGS系统和文库制备试剂的结合构建了一个强大而全面的传染性疾病工作流程。

IDbyDNA经过验证的自动化Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2的基因组鉴定。
请致电833-397-5439或通过clientservices@idbydna.com联系IDbyDNA客户服务部门，了解更多信息。

panel中的7,800个探针可以常见检测呼吸道病毒、最近的流感病毒株和SARS-CoV-2，其中还包含作为阳性对照的人类探针。这些探针是80-mer寡核苷酸，彼此间隔很近，可完全覆盖panel中所有病毒的基因组。panel中包含的病毒列表：

靶向富集是一种重测序方法，可通过与靶点特异性生物素化探针杂交来捕获目标基因组区域。通过杂交捕获方法进行靶向富集可实现高灵敏度的检测，因此不需要高read深度。此外，靶向富集NGS工作流程能够获得近乎完整的目标序列数据，特别适于病毒基因组进化或变异监测等应用。

而扩增子测序则旨在通过鉴定病原体基因组的特定区域来检测样本中是否存在目标病原体。这种方法无法识别这些快速进化的病原体基因组中的新突变，而这是病毒进化或病毒监测研究所必需的。

靶向富集NGS工作流程能够获得近乎完整的目标序列数据，特别适于病毒基因组进化或变异监测等应用。与其他靶向重测序方法相比，比如扩增子测序，通过杂交捕获进行富集可实现更大的探针检测范围，能对目标区域进行更全面的分析。此外，即使在高度变异区域，杂交捕获方案使用的寡核苷酸探针仍然有效，能靶向快速进化的病毒（例如RNA病毒），而这对于基于扩增子的检测方法（例如qPCR）则很困难。

当传统方法（例如培养、PCR/qPCR或ELISA）无法鉴定导致疾病的病原体时，则可使用鸟枪法宏基因组学（mNGS）这种测序方法，它可以全面地检测给定复杂样本中存在的所有生物体，从而帮助研究人员鉴定引起疾病的新病原体，例如SARS-CoV-2。

除了检测病毒颗粒外，鸟枪法宏基因组学还可以提供高滴度病原体（例如SARS-CoV-2病毒）的全基因组序列，帮助加速疫情调查。

通过鉴定样本中已知的和新的病原体（病毒+细菌+真菌），研究人员可以使用这些信息来研究和鉴定与目标病原体（例如SARS-CoV-2）相关的联合感染。

一旦确定了病原体，病毒富集panel就可以提供高灵敏度的检测，并通过检测完整的SARS-CoV-2基因组和在不同样本中发现的基因组突变来提供流行病学信息。这些信息有助于确定传播的流行病学，公职人员也可以通过它们了优化感染控制策略。

与Illumina的Respiratory Virus Oligo Panel一起使用时，检测范围扩大到了约30个科的呼吸道病毒，能让研究人员研究和鉴定与panel包含的其他病毒的联合感染。