Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
| Novel Pathogen Detection |  |
DRAGEN Metagenomics App | ||
|---|---|---|---|---|
| Detection and Surveillance |  |
DRAGEN RNA Pathogen Detection App |  |
DRAGEN COVID Lineage App |
| Sharing and Collaboration |  |
SRA Import App |  |
GISAID Submission App |
| Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit可在BaseSpace Sequence Hub上获取。 | ||||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit
该冠状病毒检测和鉴定软件现免费供研究团体使用，您可在 BaseSpace Sequence Hub上获取。软件工具包中包含多种基于Illumina DRAGEN Bio-IT Platform构建的工具和多种BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用，可帮助研究人员无缝地将发现提交至公开数据库。
DRAGEN冠状病毒软件工具
Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit在不断升级发布新的DRAGEN功能，力求充分利用DRAGEN的速度和准确度来加速对传染性疾病的监测和对病毒爆发的响应。工具包中包含DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline和DRAGEN Metagenomics Pipeline，分别用于检测传染性疾病和监测病毒的爆发。DRAGEN冠状病毒工具现可在BaseSpace Sequence Hub上获取，从2020年5月起也将在DRAGEN Server上上线。关于利用DRAGEN Platform检测和鉴定冠状病毒的更多信息，请访问此处。
用于传染性疾病检测的DRAGEN RNA Pathogen Detection Pipeline
升级版DRAGEN RNA Pipeline现已上线，其利用基于覆盖度和k-mer的方法，进一步加速了高效的病毒病原体检测。新流程适用于任意DRAGEN RNA-Seq Pipeline运行中的SARS-CoV-2检测，无论使用的是哪种应用。新流程的特点包括：
- 利用基于覆盖度和k-mer的方法检测病毒病原体，实现全面的检测
- 兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程
- 用人参考基因组（hg38）和选定的病毒参考序列作为人和病毒参考序列
- 集成了FASTA文件生成工具，可将数据上传到公共数据库如GISAID
用于监测病毒爆发的DRAGEN Metagenomics Pipeline
新DRAGEN Metagenomics Pipeline适用于快速简单地检测鸟枪法宏基因组样本中的种属水平。该流程属于宏基因组类的工作流程，能够以高灵敏度和特异性检测和定量SARS-CoV-2序列，同时能提供其他常见病毒和微生物病原体的读数。
该流程利用的是升级后的数据库，其中包含了多种冠状病毒的特异read，流程最后能输出多种类型的结果，包括Krona图、生物检测和QC报告。BaseSpace上的DRAGEN Metagenomics App能够同时分析多个不同样本，赋予了研究人员研究病毒簇的能力。
访问 DRAGEN Metagenomics Pipeline
View sample data generated by this pipeline:
Krona分类图生物检测图
DRAGEN COVID Lineage App
This app aligns reads to a SARS-CoV-2 reference genome and reports coverage of targeted regions. It performs:
- K-mer based detection
- Map/align, variant calling
- Consensus sequence generation
- Lineage/clade analysis using Pangolin and NextClade
用于临床应用的冠状病毒软件
对于希望生成SARS-CoV-2临床检测报告来诊断有症状的病人是否患有COVID-19的用户，应该将DRAGEN COVIDSeq Test Pipeline与Illumina COVIDSeq检测结合使用。
对于希望生成鸟枪法宏基因组学测序或Respiratory Virus Oligo Panel临床报告的用户，IDbyDNA提供了简单且强大的生物信息学软件，可将测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2基因组的鉴定。请致电833-397-5439或发送邮件至clientservices@idbydna.com，联系IDbyDNA客户服务，了解更多信息。
用于宿主反应研究的Correlation Engine
Illumina正在为COVID-19研究团体提供免费的合作环境，帮助研究人员更好的了解调节宿主反应的关键因素并识别潜在疗法的生物标志物。
Correlation Engine如何推动您的研究：
- 把研究数据放到具体的环境中: Correlation Engine挖掘了成千上万的基因组研究成果，使研究人员能够将其数据与世界各地的基因组知识库进行整合，进而获得数据驱动的答案。
- 加速研究: 通过利用Correlation Engine即时查询成千上万的研究，减少发现所需的时间，使研究人员能够实时进行数据驱动的查询来验证假设
- 持续更新: Illumina有一个专门的团队致力于使用精选的COVID-19数据更新Correlation Engine，我们也欢迎研究团队的成员贡献他们自己的研究成果，共同推进COVID-19的研究。
- 集成: Correlation Engine是Illumina全部转录组系列产品集成的延伸，提供从样本到答案的无缝导航。
- 合作: 在与COVID-19的斗争中，我们齐心协力。Correlation Engine能够帮助研究人员做出贡献并与研究界共享数据，增进我们对COVID-19宿主反应的了解。
研究人员可使用Clarity LIMS处理样本。测序完成后，研究人员可以利用新工具包将数据自动传输至BaseSpace Sequence Hub。
为SARS-CoV-2检测提供端到端的解决方案
Illumina全面、集成的工作流程，使利用NGS检测和鉴定SARS-CoV-2变得更加简单。
新工具包兼容Illumina呼吸道病毒靶向富集工作流程，因此研究人员能够直接将数据从我们所有系列的测序仪中安全传输至BaseSpace Sequence Hub，然后使用DRAGEN RNA Pathogen Detection App进行快速、全面的分析。分析完成后，研究人员可以直接将数据从BaseSpace Sequence Hub提交至全球流感共享数据库（GISAID）。
如果研究人员想要提高实验室效率，可以使用Clarity LIMS来追踪和监控COVID-19样本，获得全面的端到端的解决方案。
Clarity LIMS呼吸道病毒检测工作流程
利用BaseSpace Clarity LIMS加速全面的流程管理和样本追踪
BaseSpace Clarity LIMS新增了两个工作流程：
- 基于CDC建议建立的CDC COVID-19 RT-PCR工作流程
- 使用Nextera Flex for Enrichment文库制备试剂盒进行的呼吸道病毒检测工作流程
这两个新的工作流程可帮助确保样本可用于分析，从而使实验室能够迅速开始处理冠状病毒样本，包括样本登记、文库制备和对测序运行进行QC。
关于Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息，请访问我们的软件博客。
Coronavirus Sequencing Solutions
Explore NGS methods and find solutions to detect and characterize SARS-CoV-2 and/or other respiratory pathogens, track transmission, study co-infection, and investigate viral evolution.
Learn More
方便安全的共享、合作以及数据提交
BaseSpace Sequence Hub旨在支持研究小组之间进行经过审查的安全的协作。通过工作组等团队之间的数据管理和共享功能，您无需下载文件即可安全地与协作者共享项目、开展分析。
新工具包中有多种BaseSpace Sequence Hub上新升级的合作应用。新的GISAID Submission App支持VCF或FASTA等多种文件以及相同样本的元数据CSV文件。该应用会首先进行数据验证，之后再提交至GISAID进行进一步QA和处理。
下载BaseSpace安全和隐私信息如何获取Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit
您可在BaseSpace Sequence Hub上获取完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit。升级版DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN Server上上线，并将通过DRAGEN API向开发人员开放。*
BaseSpace Sequence Hub上的Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit
研究人员现在就可以在BaseSpace Sequence Hub上免费使用Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit，有效期至2020年10月31日。研究人员可以直接将数据从仪器传输到BaseSpace安全的云端环境中，一键式使用整个工具包。
深入了解BaseSpace面向开发者的DRAGEN冠状病毒工具
DRAGEN API专为希望在云端进行自动化分析的大规模研究中心设计。该API基于Amazon Web服务构建。用户可以调用一个简单的API端点，用自己的AWS S3存储器传输、处理和提交冠状病毒样本数据。
如欲抢先体验DRAGEN API上新的DRAGEN冠状病毒工具，请填写下表。
特色产品
BaseSpace Sequence Hub和iCredits
BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，您可以利用一套精选的分析应用程序来轻松地管理和分析数据。iCredit是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的新型货币。
DRAGEN Bio-IT平台
Illumina DRAGEN Bio-IT平台能对测序数据进行准确的超快速二级分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统同时支持中通量的新兴应用和外显子测序、靶向富集、单细胞图谱分析、转录组测序等一系列方法。
如欲申请使用DRAGEN API，请填写下表。
COVID-19 Host Risk and Response
Understanding host genetic differences and individual responses to the SARS-CoV-2 virus increases understanding of disease susceptibiliity and severity. Read more about the methods for host risk & immune response studies.
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其他软件工具
靶向富集流程
DRAGEN Enrichment Pipeline也可用于检测和鉴定SARS-CoV-2。现可在BaseSpace Sequence Hub上以极低的单位样本价格获取该流程，也可从DRAGEN Server上获取。
了解更多*BaseSpace Sequence Hub SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit可免费试用6个月，有效期至2020年10月31日。同时，Illumina为COVID-19研究人员提供1年的Clarity LIMS免费试用资格。