食品安全：基于NGS的监测方法
什么是食品安全？
食品安全是预防有害食品污染和食源性疾病的一系列做法1。
食品作为全球供应链的重要组成部分，在到达消费者之前，需要经过由生产者、分销商和其他相关实体组成的复杂网络的广泛参与。食品安全管理在确保公众健康的整个过程中至关重要。
在与食品安全相关的风险中，与细菌、病毒和寄生虫等微生物污染有关的食源性疾病对人类健康构成了重大威胁。全球大约有十分之一的人因食用受污染的食物而患病。此外，食品安全还具有重大的经济影响，在中低收入国家/地区，每年因不安全食品造成的生产力和医疗成本损失高达1100亿美2,3。
NGS如何应用于食品安全监测？
先进的测序技术，例如新一代测序（NGS），通过提供灵敏的高通量检测，大大提高了食品安全。GenomeTrakr网络等实验室网络使用全基因组测序来识别食源性病原体，包括沙门氏菌、李斯特菌、大肠杆菌、弯曲杆菌、弧菌、克罗诺杆菌等4。
参与的实验室收集并共享基因组和地理数据，这些数据可用于比较和分析，以帮助加快公共卫生响应4。PulseNet也是这样的网络，它协调来自世界各地的实验室，使用全基因组测序从基因组上识别已知病原体导致的食源性疾病的爆发5。这些项目不仅可以找到食源性疾病的源头，还可以向公众发出提醒并找出食品安全体系中的漏洞。
请阅读下文，了解如何利用NGS的力量在早期检测、疫情应对和临床研究等领域提高食品安全。
早期检测
及早发现疫情有助于控制微生物引起的食源性污染的传播。了解一些研究人员如何使用NGS来实现病原体的早期检测。
高通量测序在食品安全体系中的优势
这篇文章重点介绍了使用高通量测序检测有害微生物的主要优势，包括因美纳的解决方案。
识别农业废水中的食源性病原体
研究人员针对检测多种食源性病原体的NGS panel提供了宝贵的见解。详细了解因美纳系统和产品如何在预防食源性疾病爆发方面发挥重要作用。
MiSeq i100系列在食品安全监测中的应用
本应用说明介绍了一种适用于公共卫生实验室的新一代测序（NGS）工作流程，可用于检测和监测多重耐药性沙门氏菌菌株。该流程整合了Illumina DNA Prep文库制备方案、MiSeq i100系列测序仪以及DRAGEN分析技术，实现对食源性致病菌的精准监测。
疫情应对
监测网络可以帮助公共卫生官方机构应对疫情并指导重要决策。了解NGS如何在疫情应对中发挥重要作用。
GenomeTrakr检测食源性病原体
了解全基因组测序（WGS）如何通过提供可靠的数据来监测常见的食源性病原体，从而为食品安全和公共卫生机构的决策提供支持。
利用NGS追踪食物链中的抗菌药物耐药性
了解更多有关研究人员使用NGS检测和追踪食物链中的抗菌药物耐药性的信息。
临床研究
临床研究对于识别和表征食源性疾病至关重要，发挥着非常重要的作用，例如通过数据分析实现快速解读，为公共卫生行动提供指导信息。了解可能会对未来工作产生影响的部分进展。
通过PulseNet和GenomeTrakr利用WGS确保食品和饲料安全
了解NIH、CDC、FDA、USDA和其他政府机构在使用WGS数据分析（PulseNet 和 GeomeTrakr）来表征毒力和抗菌药物耐药性特征以确保食品安全方面所做的努力。
养猪场的抗菌药物耐药性
了解研究人员如何利用NGS检测基因组与猪抗菌药物耐药性的关联。
特色产品
Illumina DNA Prep
一个快速、集成的工作流程，适合广泛的应用，从全基因组测序到扩增子、质粒和各种微生物。Illumina DNA Prep经过优化，工作流程耗时约为3.5小时，并且能够灵活适应各种样本类型和DNA起始量，性能卓越，可靠性出色。
用于食品安全监测的特色工作流程
测序
iSeq 100基因测序仪
利用快速、价优的互补金属氧化物半导体（CMOS）技术，以及准确的边合成边测序（SBS）化学技术，实现强大的新一代测序（NGS）技术。
MiSeq基因测序仪
MiSeq基因测序仪可通过各种测序应用拓展您的研究。它能够自动生成双端read，每次运行的产出高达15 Gb，每条read可提供600多个碱基的测序数据。
MiniSeq基因测序仪
MiniSeq基因测序仪可提供经济实惠的快速测序，即使样本数量少也是如此。它占地空间小，可无缝置入实验室中，无需专门的辅助设备。
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使用NextSeq 2000基因测序仪提升食品安全检测能力
详细了解NextSeq 2000 P1和P2 600 循环流动槽如何在不降低测序质量的情况下产生更长的2x reads，从而针对宏基因组数据集以较低的读取深度实现更好的区分。更高的分辨率可在食品安全领域实现更高的测序通量。
利用MiSeq基因测序仪进行高效的细菌分型
本应用说明详细介绍了MiSeq如何利用简化的工作流程和单核细胞增生李斯特菌样本快速获得结果，以确保食品安全。
寻找食源性疾病爆发的源头
下载此信息图，了解更多有关使用全基因组测序来寻找食源性病原体的信息。
参考文献
- What does food safety mean? ask.usda.gov/s/article/What-does-food-safety-mean. Accessed November 27, 2023.
- CDC and Food Safety. cdc.gov/foodsafety/cdc-and-food-safety. Accessed November 27, 2023.
- Food safety. who.int/news-room/fact-sheets/detail/food-safety. Accessed November 27, 2023.
- GenomeTrakr Fast Facts. fda.gov/food/whole-genome-sequencing-wgs-program/genometrakr-fast-facts. Accessed November 27, 2023.
- Surveillance and Data Systems. cdc.gov/ncezid/dfwed/keyprograms/surveillance.html. Accessed January 17, 2024