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针对COVID-19宿主反应研究的合作环境

利用BaseSpace Correlation Engine支持并加速研究

针对COVID-19宿主反应研究的合作环境
2020年7月9日

在科学家们寻求COVID-19大流行应对方法的过程中,人类宿主对SARS-CoV-2反应的研究发挥了关键的作用。今天,Illumina发布了一个新的合作环境,研究人员可以在该环境中利用BaseSpace Correlation Engine (BSCE)来研究COVID-19宿主反应。该资源为COVID-19研究人员提供了一个环境,能让他们对研究结果进行背景分析,围绕重要的通路、生物标记和潜在的候选先导药物来进行假设验证,加快发现的进程,解决新COVID-19带来的危机。Illumina正在向全球的COVID-19研究群体免费提供这一资源来评估BSCE,为抗击这次新冠病毒大流行提供支持。

该环境包含全套BSCE工具,纳入了来自冠状病毒动物模型系统的几个预处理数据集,以及最近发布的人类SARS-CoV-2数据。获得其他相关科学数据后,我们会将其添加到这一资源中。尽管共享数据不是必需的,但我们鼓励研究人员提交数据集以增加社区资源,我们也会突出显示科学家们认为应该添加的公共数据集,以此来促进人们对SARS-CoV-2宿主反应的了解。

“我不是一名生物信息学家,搜索和理解大量已发表的研究相关数据对我来说是一项艰巨的任务。Correlation Engine能使这一过程变得简单、清晰。它现在已经成为我首选的分析流程之一。我期待着从我的数据和其他研究人员发表的数据中发现新的内容,扩展我在现有基础上提出新问题的能力,”科罗拉多大学Gates再生医学中心皮肤学助理教授Enrique Torchia说道。

该平台支持Illumina测序和芯片平台的结果,以及其他实验方法的补充数据。研究人员可以将各种数据集导入BSCE系统进行相关分析,包括基因表达、甲基化、GWAS、蛋白相互作用等。

该资源(资源链接)将在六个月内免费向SARS-CoV-2研究人员提供。研究人员可以通过Illumina BaseSpace Correlation Engine页面或Illumina代表联系我们。

视频教程

感兴趣的研究人员可以在这里查看由BSCE用户Mike Edwards博士,Enrique Torchia博士和合作者制作的一系列视频,了解如何利用BSCE来更好地理解SARS-CoV-2宿主反应。这些视频中开发的数据已包含在资源中。

 

BaseSpace Correlation Engine不是对通路进行简单的文本挖掘,它能让我将我的系统与存储库中数千个研究的实验结果进行比较。我可以用它在Pharmaco Atlas中找到影响目标基因的药物或化合物,在Disease Atlas中寻找类似的表型,我甚至还可以使用Meta-Analysis功能即时生成我自己的数据集。它已经是我的生物信息学宝库中必不可少的工具,我的合作者和客户都非常喜欢它。

仅供研究使用。不得用于诊断。

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