NGS与qPCR的差异
新一代测序（NGS）技术和qPCR技术的主要差异在于探索能力。虽然两者都具有高灵敏度和可靠的变异检出性能，但qPCR只能检测已知的序列。相反，NGS是一种不需要事先了解序列信息的无假设方法。NGS对新基因的探索能力更强，定量罕见变异和转录本的灵敏度更高。
NGS和qPCR技术在可扩展性和通量方面也有所不同。靶点数量较少时，qPCR是有效的，但是当靶点数量较多时，qPCR的工作流程将非常繁琐。NGS更适合于研究多个靶点或多个样本。一次NGS实验就能以单碱基的分辨率鉴定数千个目标区域的变异。
如何选择靶向NGS与qPCR
了解每种方法的优点与局限性，选择最适合您的方法。
NGS vs. qPCR：详细对比
| qPCR | 靶向NGS | |
|---|---|---|
| 优势 |
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| 挑战 |
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* 探索能力为鉴定新型变异的能力。
“很明显，通过鉴定变异来开展基因关联研究存在随机性。这就像钓鱼一样。我们意识到，NGS能使我们同时对基因组中更多的区域进行研究。”
Linda S. Pescatello博士
康涅狄格大学运动机能学杰出教授
RNA-Seq相较于qPCR的优势
虽然qRT-PCR可以对少数基因的表达进行定量分析，但它只能检测已知的序列。而使用NGS进行RNA测序（RNA-Seq）可以同时检测已知的和新的转录本。由于RNA-Seq不需要预先设计探针，所以能够获得无偏向的数据集，允许进行无假设的实验设计。
新一代测序的数字化特性，可让诸如基因表达图谱分析之类的read计数方法实现近乎无限的动态范围。RNA-Seq可以对比对到参考序列的单个测序read进行定量，生成绝对表达值而不是相对表达值。这种宽动态范围可以检测表达低至10%的细微变化。除了定量基因表达，RNA-Seq还可以识别新的转录本、选择性剪接异构体、剪接位点、小RNA和非编码RNA。1,2
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RNA-Seq相较于qPCR的优势
虽然qRT-PCR可以对少数基因的表达进行定量分析，但它只能检测已知的序列。而使用NGS进行RNA测序（RNA-Seq）可以同时检测已知的和新的转录本。由于RNA-Seq不需要预先设计探针，所以能够获得无偏向的数据集，允许进行无假设的实验设计。
新一代测序的数字化特性，可让诸如基因表达图谱分析之类的read计数方法实现近乎无限的动态范围。RNA-Seq可以对比对到参考序列的单个测序read进行定量，生成绝对表达值而不是相对表达值。这种宽动态范围可以检测表达低至10%的细微变化。除了定量基因表达，RNA-Seq还可以识别新的转录本、选择性剪接异构体、剪接位点、小RNA和非编码RNA。1,2
RNA-Seq与qPCR在探索生物标记方面的差异
从qRT-PCR转换至RNA-Seq后，Bosiljka Tasic博士能够鉴定以前从未发现的标记。
何时使用NGS？何时使用qPCR？
需要根据样本数量、目标区域的序列总数、预算和研究目标等因素选择使用NGS还是qPCR。当目标区域数量较少（≤20个），且研究目标仅限于筛查或鉴定已知变异时，qPCR通常是不错的选择。其他情况下则NGS更能满足您的需求。与传统的反复检测方法相比，靶向NGS可以同时对多个样本中的多个基因进行测序，节省时间和资源。NGS的探索能力也更强，支持新型变异的检测。
靶向重测序指南
与qPCR和其他传统方法相比，靶向NGS可以帮助您获得更多信息，节省时间，增加结果的可信度。
研究人员描述了NGS相较于qPCR的优势
查看最近使用新一代测序来克服qPCR局限性的研究示例。
从qPCR转换到NGS
iSeq 100测序系统能让您的实验室比以往更简单、更经济的使用NGS的强大功能。测序完成后，可以使用BaseSpace Correlation Engine等工具将之前的qPCR数据与NGS数据进行比较。以下示例说明了iSeq 100系统如何适应常用的NGS工作流程。
数据分析
Local Run Manager
可以创建测序运行、监测运行状态和分析数据的本地软件解决方案。
BaseSpace Correlation Engine
BaseSpace Correlation Engine可对20,000余项基因组研究进行挖掘，帮助您从研究的基因、实验、药物和表型数据获得有用的信息。
相关解决方案
靶向重测序
通过靶向重测序，可以分离出一部分基因或基因组区域并进行测序，从而节约实验室资源。深入了解靶向重测序。
靶向RNA测序
靶向RNA-Seq允许研究人员测序感兴趣的特定转录本，并提供定性和定量信息。深入了解靶向RNA-Seq。
更多资源
参考文献
- Ozsolak F, Milos PM.RNA-Sequencing: advances, challenges and opportunities.Nat Rev Genet.2011;12:87-98.
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nat Rev Genet.2009;10:57-63.