Illumina Human Comprehensive Panel

预先设计、优化的panel,使用Illumina Complete Long Reads with Enrichment文库制备试剂盒提高蛋白质编码基因内难以绘制区域的覆盖度。与所需的≥30×标准短读长全基因组组合进行分析。

约2天

分析时间

约6小时

手动操作时间

建议50 ng DNA;低至10 ng DNA

起始量

详情请参见规格表

概述

Illumina Human Comprehensive Panel专注于长读长,它们在基因组中具有最大价值。 靶向长读长补充了高度准确的短读长WGS,创建了全面的人类全基因组解决方案,以99.87%的F1分值(SNV+插入缺失)提供出色的小变异准确性,根据PrecisionFDA1 Truth Challenge v2基准测量。

经济高效的靶向长读长

与因美纳平台配合使用时,Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment和Human Excellent Panel可以帮助您实现比其他长读长测序解决方案更高的样本通量。用于扩展现有的WGS数据集,或作为反复检测工具更广泛地探索变异

全面且优化的探针panel

Illumina Human Comprehensive Panel增强了对>6500个蛋白质编码基因中靶向长读长的一组基因区域的覆盖度2 。在开发该panel时,考虑了超过20,000个蛋白质编码基因的完整集合。其中排除了仅通过短读长就能全面覆盖的基因。该panel提供现货,其经过优化可与Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment,Human一起使用。

  • 高度优化的panel,旨在提高基因组蛋白质编码区域内难以绘制区域的覆盖度
  • 使用Illumina Complete Long Reads来解决低覆盖度区域,可对> 6500个基因进行广泛的panel测序,总靶向量> 90 Mb

参考文献

  1. PrecisionFDA. Truth Challenge V2: 在难以绘制的区域从短读长和长读长检出变异。 https://precision.fda.gov/challenges/10
  2. Bekritsky MA, Colombo C, Eberle MA. 通过高质量单核苷酸变异检出识别基因组区域。 illumina.com/science/genomics-research/articles/identifying-genomic-regions-with-high-quality-single-nucleotide-.html

性能参数


所需产品

可单独订购panel或作为试剂盒的一部分订购。需要Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human(24或96个样本)和Illumina唯一双标签。购买足够的iCredit,以满足基于通量的数据存储和分析需求。

Illumina Complete Long Read with Enrichment数据分析需要来自同一样本的标准短读长≥30×全基因组文库。建议使用Illumina DNA PCR-Free Prep制备标准短读长全基因组的文库。可以使用来自之前运行样本的FASTQ文件。 

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应用

工作流程示例


项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

24 samples per S4 flow cell, 10 samples per S2 flow cell, 4 samples per S1 flow cell, 2 samples per SP flow cell
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended)

2 × 150

NovaSeq X System

64 samples per 25B flow cell, 24 samples per 10B flow cell, 4 samples per 1.5B flow cell
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended)

2 × 150


相关应用和方法

文档

产品资料

文献目前不适用于该产品

支持文档

此产品目前不提供专用支持部分

使用靶向长读长解析复杂的蛋白质编码区域

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment和Human Comprehensive Panel有助于提高复杂基因区域的覆盖度,以补充标准的短读长人类WGS。使用标准短读长WGS和Illumina Complete Long Reads withrichment测序的 STRC 的IGV图。

使用靶向长读长解析复杂的蛋白质编码区域

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment和Human Comprehensive Panel有助于提高复杂基因区域的覆盖度,以补充标准的短读长人类WGS。使用标准短读长WGS和Illumina Complete Long Reads with Enrichment测序NEB的IGV图谱。

靶向长读长提高了挑战性区域的准确性

与标准短读长WGS(蓝色)相比,使用Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment(橙色)在Illumina Human Comprehensive Panel靶向的基因区域的SNP和插入缺失的假阴性(FN)和假阳性(FP)变异检出情况。

文库制备 (2)

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (24 samples)

20113834

一种文库制备和富集解决方案,带有探针panel,旨在解决有利于长读长人类全基因组测序(WGS)应用的区域。

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (96 samples)

20113835

一种文库制备和富集解决方案,带有探针panel,旨在解决有利于长读长人类全基因组测序(WGS)应用的区域。

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标签接头 (4)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation(96个标签,96个样本)包括96个10 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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数据分析和存储 (3)

Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCredit用于在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上进行的数据存储和分析。

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MiSeq Reagent Kit v3

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