分子流行病学
分子流行病学介绍了鉴定疾病的遗传基础的过程，包括宿主和病原体内的变异，它们可影响感染、传播和预防。研究人员确定传染源、传播路线以及负责毒力和耐药性的分子通路和基因，以支持医院的感染控制和流行病学调查。
传统的病原体鉴定方法往往是由连续假设指导的，只为有限的生物而优化。
新一代测序用于分子流行病学
新一代测序（NGS）实现了多个分离株的高度准确、无假设的分析，可取代多项检测，鉴定物种并研究耐药性和毒力。利用全基因组测序数据的高分辨率病原体分型可以区分许多现有方法无法区分的生物。
NGS的一个核心优势在于研究人员可生成能够确定生物范围（细菌、病毒和寄生虫）的基因组序列数据。研究基因组内的变异支持横向研究，以便更好地了解那些导致感染和传播的机制，以及确定生物之间亲缘关系的系统发育分析。
分子流行病学中主要的NGS应用是全基因组测序.
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文献
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