2024年9月30日
隶属于华盛顿特区公共卫生实验室（PHL）的新一代测序核心团队肩负着一项重要任务：在国家首都进行病原体监测。科学家团队正试图了解导致食源性疾病、COVID-19、呼吸道合胞病毒（RSV）和其他疾病的分子基础，这些病毒和疾病危及哥伦比亚特区超过100万名居民和通勤人员（哥伦比亚特区去年还创纪录接待了2595万名游客）。
今年，该核心团队一直与PHL系统内的多个实验室密切合作，以便确定他们所处理的RSV类型。
“我们不确定目前主要传播的RSV类型，”负责运行NGS核心团队的Eric Vaughn博士说道，“我们正在尝试开发一种监测系统，可以识别哪些毒株正在影响我们最容易感染的群体。”
RSV通常会引起类似感冒的轻微症状；然而，它对新生儿和老年人来说可能特别危险。该病毒有两种主要毒株——RSV-A和RSV-B，以及几个亚谱系。Vaughn和他的同事正在努力了解社区中的情况以及它是否构成重大危险。
在该地区的不同人口统计数据中存在哪种特定类型的RSV？“例如，如果是B毒株，那么它属于什么类型？”Vaughn问道，“儿童病例与成人病例有何区别？如果某一特定群体中存在危险的毒株，那么它是否有共同的来源？”
创建监测系统
NGS核心团队去年冬天开发了强大的RSV测序方案。所有分离株均在PHL进行检测并确认，然后送往测序实验室进行进一步检测。在即将到来的呼吸道疾病高发季节，他们将收到更多来自不同人群的样本；这将帮助他们实时、准确地了解不同毒株对该地区的影响。这项工作将帮助他们建立和微调RSV监测系统，并实现实验室的目标，即与DC卫生部（独立于PHL的实体机构）合作，向社区宣传。
尽管该团队在初步阶段没有得出任何有力的结论，但他们分析了足够多的样本，帮助系统运转起来，并且他们观察到人口统计数据和RSV-A患者与RSV-B患者之间可能存在的区别。
“我们希望建立检测流程，这样我们就可以确保准确地区分A和B毒株，”Vaughn说，“一旦今年冬季进入呼吸道疾病高发时期，我们希望能够实时获取更多样本，并生成更可靠的结论。”
至关重要的IMAP
Illumina Microbial Amplicon Prep (IMAP)试剂盒是帮助NGS核心团队简化RSV测序的有效工具。团队无需花费时间或宝贵的患者样本来审查多个试剂盒。IMAP提供了该团队所需的产品和服务。
虽然该项目尚处于早期阶段，但NGS核心团队对成人和儿童样本的结果差异很感兴趣。Vaughn表示：“大多数样本根据人口统计数据分为不同的组，这让我们充分了解到人群中的实时发展情况，还可以指导DC卫生部门开展预防和外展服务。”◆
