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微生物基因组学, 产品

iSeq的功能和便携性

体积最小的Illumina测序仪在刚果民主共和国一展身手

iSeq的功能和便携性
2018年10月29日
美国陆军传染病医学研究所(US Army Medical Research Institute of Infectious Diseases, USAMRIID)的Mike Wiley和Catherine Pratt把他们的iSeq和其他8箱实验室设备一起装进Pelican安全箱,从埃塞俄比亚飞往刚果民主共和国(DRC)的金沙萨。此时刚果正爆发埃博拉病毒病(Ebola Virus Disease, EVD),死亡人数急速上升,时间十分紧迫,无暇他顾。为免在海关受阻导致延误,Wiley选择了随身携带测序仪,在狗狗们围着他的“旅行实验室”嗅来嗅去、对他的试剂和耗材展示出浓厚兴趣时,他在一旁耐心等候。他顺利通过机场,在抵达目的地数小时后在总干事Jean-Jacques Muyembe博士的带领下,于国家研究生物医学研究所(Institut Nationale de Recherche Biomédical, INRB)装设了一个功能齐全的测序设施。他接通iSeq的电源,进行系统检查,然后立即开始处理样本。

iSeq提供的高质量、高精度的测序数据,结合广泛的流行病学发现,使当地科学家能够分析疫情的传播模式并追踪疫情的起源。

除了少数几次因实验室电力中断而停止运行之外,iSeq一直在全力运行,使用目标富集策略执行端对端新一代测序(NGS)反应,将链状RNA-seq准备与随后发生的游离状态下的杂交富集反应结合起来。在测序过程中,Catherine Pratt对当地科学家进行了关于正确的测序技术和方案的培训。这些工作产生了高质量的准确数据,让科学及们可以确定导致EVD爆发的菌株的特性。

首例EVD于2018年5月在赤道省的Bikoro卫生区确诊。截至7月份,Bikoro、Iboko和Wangata三个地区共出现54人感染,33人丧生。疫情在7月达到顶点后宣告结束,所有人都如释重负,来自国外的急救人员开始收拾行李离开金沙萨。然而,在仅仅一周后的8月1日,在赤道省以东2000公里的北基伍地区爆发了第二次疫情。

INRB新建立的现场测序设施通过了能力测试,能够迅速对新的爆发作出反应。Muyemebe博士和他的团队得以在收到样本后的4天内生成可利用的数据。数据表明,北基伍省的疫情爆发与赤道省最近的疫情爆发无关。

iSeq提供了及时、关键的信息——使病毒株的身份得以确认,这帮助科学家们确定了应对疫情的下一步措施。iSeq提供的高质量、高精度的测序数据,结合广泛的流行病学发现,使当地科学家能够分析疫情的传播模式并追踪疫情的起源。Illumina技术的加持在有效应对这一公共卫生危机的过程中发挥了重要的作用。

Wiley的目标是在非洲各地建立一个训练有素的科学家网络,以便能够在当地迅速对公共卫生流行病作出反应。Wiley表示:“新的现实是,不需要把样本送到昂贵的基因组中心便能开展测序工作,可以进行测序的范围已大大扩展。处理样本的方案和试剂对用户更加友好,测序仪更加轻便。这些优势使得数据和结果可以更快地生成,也让NGS成为应对疫情的另一个有效工具。”

Illumina的测序仪产品能够解读人类和病毒的基因组,改善人类的健康状况。Illumina非常自豪可以通过测序仪来帮助整个非洲控制疫情。

* 本文所载信息不一定反映政府的立场和政策,不应据此推断为得到官方认可。

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