研究癌症的表观遗传学变化

癌症表观遗传学的研究方法有助于了解致癌通路和癌症进展

为什么表观遗传学对癌症研究至关重要?

癌症是一种基因组疾病,但基因突变只是诱因之一。非基因改变也会影响表型。了解癌症的表观遗传图谱对于模拟癌症的发生、进展和治疗反应越来越重要。癌症表观遗传学研究可以揭示细胞如何通过DNA甲基化等过程控制基因活性。

表观基因组技术能够识别与癌症基因调控或耐药性相关的细胞生物标志物:

  • DNA修饰,例如甲基化
  • 染色质可及性
  • 染色质相互作用
  • DNA-蛋白质相互作用
Diagram of epigenetics

研究癌症表观遗传变化的方法

甲基化测序,揭示表观遗传模式

甲基化测序为研究癌症表观遗传变化提供了强大工具,其单碱基分辨率可精准解析影响基因调控与肿瘤进展的DNA甲基化模式。利用新一代测序(NGS),研究人员可以分析与肿瘤形成相关的甲基化事件。某些方法可以在单个工作流程中同时检测遗传变异和甲基化模式,从而实现对识别体细胞突变和异常甲基化特征至关重要的同步基因组学与表观基因组学解析。

了解更多:

甲基化测序的主要优势

通过全基因组甲基化测序检测基因组中胞嘧啶的甲基化

捕获新兴目标区域,包括增强子和转录因子结合位点

仅需要非常少的DNA起始量,因此适用于癌症样本,如液体活检

可分析游离DNA(cfDNA)样本,用于非侵入性癌症检测和监测研究

用于高通量DNA甲基化研究的甲基化芯片

甲基化芯片让研究人员能够在单位点水平上定量检测癌细胞表观基因组中的甲基化状态。基于芯片的甲基化分析可对CpG岛、选定的CHH位点、增强子、开放染色质区域和转录因子结合位点进行高度准确的靶向检测*。作为一种高通量研究方法,芯片方案的单样本成本低于其他方案。

甲基化芯片方案具有用户友好的简化工作流程,检测重现性>98%,并且支持福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样本,这提高了甲基化芯片在生物样本库组织中的适用性。

*CpG:胞嘧啶后直接连接鸟嘌呤的基因组区域;CHH:可能发生甲基化的其他基因组区域,定义为胞嘧啶后直接连接除鸟嘌呤以外的任何核苷酸(H = A、T或C)

甲基化芯片的主要优势

提供高性价比的甲基化分析

在靶向位点实现高度精确的甲基化测量

可实现高度可扩展的样本处理

提供计算负担轻的简易数据分析方案

ATAC-Seq评估染色质可及性

癌症研究人员可利用转座酶可及染色质测序(ATAC-Seq)技术,无需先了解调控元件信息即可研究全基因组的表观遗传特征。ATAC-Seq将基因组DNA暴露于Tn5,Tn5是一种高活性转座酶,可优先插入开放染色质位点并添加测序引物。随后进行的NGS分析(可包括基因组或转录组分析)可深入了解整个基因组的染色质可及性。

ATAC-Seq的主要优势

无需预先确定靶点即可发现基因组中的开放染色质,实现无偏差的发现

与FAIRE-Seq和DNase-Seq相比,能够以更低的样本起始量检测珍贵的癌症样本

通过一体化的工作流程快速生成结果

作为RNA-Seq研究的补充,可直接验证开放染色质区域是否得到表达

用于DNA-蛋白质相互作用研究的ChIP-Seq

强大的染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)方法可确定全基因组范围内的转录因子和其他蛋白质的DNA结合位点。该方法可以进一步揭示在某些癌症的发生和发展中起重要作用的基因调控事件和生物学通路。因美纳提供高效的工作流程解决方案,能够使用ChIP-Seq进行关于基因调控的全基因组研究。

ChIP-Seq的主要优势

在整个基因组上捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点

定义转录因子结合位点

将RNA-Seq和甲基化分析结合于一体,揭示基因调控网络

支持多种起始量的DNA样本

通过这些资源了解更多有关表观遗传学的信息

癌症研究方法指南

在本方法指南中获取因美纳测序概述以及常用癌症研究方法的工作流程建议。

通过5-碱基分析解码复杂通路,获得多组学见解

在本电子书中,揭示甲基化组与基因组联合研究的价值,破解遗传病、癌症及其他复杂疾病的发病机制。

液体活检电子书

这本电子书共20多页,提供了利用NGS和芯片全面表征液体活检样本的综合工作流程。

用于癌症研究的表观遗传学分析产品

Illumina 5-Base DNA Prep

一项检测即可全面探索5-碱基基因组(A、T、G、C与5mC),为全基因组与甲基化组提供双重见解。

癌症表观遗传分析的关键资源

缩略图

利用甲基化芯片了解癌症生物学

在此视频中,癌症生物学专家讨论了将甲基化芯片应用于生物医学研究的诸多优势。

缩略图

通过多组学推进癌症研究

在此视频中,了解如何通过多组学将复杂表型的因果联系起来,从而获得革命性的发现。

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