Case Study

借助高通量NGS鉴定乳腺癌靶点

乳腺癌图谱计划(Breast Cancer Atlas Project)正在使用NovaSeq 6000系统对上百万个乳腺癌细胞进行测序。

借助高通量NGS鉴定乳腺癌靶点

借助高通量NGS鉴定乳腺癌靶点

总结

概述

Garvan研究所的研究人员正在绘制全面的乳腺癌细胞图谱。

挑战

对上百万个单个乳腺癌肿瘤细胞进行细胞基因组学研究。

解决方案

Swarbrick博士和他的团队选择了NovaSeq 6000系统来进行测序研究,包括单细胞RNA测序(scRNA-Seq)。

优势

NovaSeq 6000系统的大容量测序使Garvan的研究人员能够快速进行测序并生成高质量的数据。

简介

Alex Swarbrick博士和他在Garvan医学研究所的同事们启动了乳腺癌图谱计划,旨在对上百万个单个乳腺癌细胞的基因组和蛋白数据进行分类。这个最新的参考数据库将与组织病理学数据一起,共同协助研究人员和临床医生确定乳腺癌靶点,促进治疗和诊断的发展,帮助他们在未来做出更精准的治疗决策。

“我们经常从病理学的角度看待癌症生物学,”Swarbrick博士说,“十多年来,乳腺癌的许多重大的变革性发现都来自该领域,包括有助于疾病分层的诊断性生物标记的发现。通过结合我们对病理学的兴趣和新出现的新一代测序方法,我们意识到我们也许能在高分辨率下了解乳腺癌的细胞组成。”

 

 

 

 

 

以下为替代文本
Alex Swarbrick博士是Garvan医学研究所肿瘤进展实验室的负责人。

 

 

 

 

 

乳腺癌细胞基因组学

Swarbrick博士利用了细胞基因组学技术来了解和鉴定肿瘤微环境中的基质-上皮信号。上皮癌(例如乳腺癌)的许多驱动因子是通过感知细胞外间隙中的胞外配体而被激活的受体。肿瘤微环境是这些配体的丰富来源。

Swarbrick博士以及医学肿瘤学、病理学、外科学和放射学领域的临床合作者,共同发起了一项从澳大利亚悉尼的多家医院收集新鲜组织样本的计划。在国家乳腺癌基金会富有远见的资金支持下,乳腺癌图谱计划成立了,该计划旨在生成全面的乳腺癌细胞图谱。

专门的组织收集方法

“我们以适用于细胞基因组学研究的方式收集并存储组织,已经持续了4–5年,”Swarbrick博士说,“这是支持我们计划的新生物资源。”

该团队已经完成了250多个样本的组织病理学研究。“如今我们可以开始使用NovaSeq 6000系统来快速生成细胞基因组数据,”Swarbrick博士说,“我们已经在开展该项目了,现在大约完成了15%的工作。”

"NovaSeq 6000系统高效、经济,因此我们已经开始使用它来进行我们自己的细胞基因组学研究了。”

“该研究部分的价值在于我们一直在收集临床和组织病理学变量以及细胞基因组数据,”Swarbrick博士补充道,“拥有庞大研究队列的力量在于,我们能着手将我们发现的细胞和分子特征与这些患者的临床特征和结果联系起来。”

NGS推动细胞基因组学研究

在早期的细胞基因组学研究中,Swarbrick博士及其团队使用了NextSeq™ 500系统。“NextSeq 500系统灵活、快速,而且操作相对简单,”Swarbrick博士说,“这让我们可以快速生成数据。收到一个新样本时,我们可以对其进行捕获、测序,几天内即可获得数据。”

该团队选择使用NovaSeq 6000系统来处理大容量的测序项目,例如乳腺癌图谱计划。“NovaSeq 6000系统高效、经济,因此我们已经开始使用它来进行我们自己的细胞基因组学研究了,”Swarbrick博士说,“我们所有的单细胞RNA测序(scRNA-Seq)都是在NovaSeq 6000系统上进行的。我们仍然会使用NextSeq 500系统来进行转录组和表位的细胞标签测序(CITE-Seq)研究,以此来测量单细胞表面的蛋白水平。”

查看有关这些研究的更多信息:

有关Garvan研究所的iCommunity文章

深入了解本案例研究提及的系统:

NovaSeq 6000系统

NextSeq 500系统