Research use only DNA

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit

文库制备和富集试剂盒，可对常见和未充分识别的尿路病原体和AMR基因进行灵敏、无需培养的检测和分析。

文库制备和富集时间＜9小时

分析时间

文库制备和富集时间＜2小时

手动操作时间

基于体积（非浓度依赖性）

起始量

详情请参见规格表

概述

Urinary Pathogen ID/AMR Panel（UPIP）是一款新一代测序（NGS）研究panel，能够检测和定量导致尿路感染（UTI）和合并感染的170多种尿路病原体，并覆盖3700多个与抗菌药物耐药性（AMR）相关的标志物及其等位基因。 

主要特点

  • 使用MiniSeq和快速试剂盒，可在＜24小时内同时检测120多种细菌、35种病毒、14种真菌、4种寄生虫和27种性传播病原体以及相关的AMR等位基因 

  • 从一系列宿主和环境样本中富集尿路病原体目标区域

  • 检测不常见、难以生长且经常漏检的尿路病原体

  • 优于鸟枪法宏基因组学和传统尿培养方法

一体化的工作流程

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit包含所有文库制备和富集试剂、标签和panel探针，用于磁珠上酶切法片段化，然后是用于生成富集文库的单个杂交步骤。将富集试剂盒与DNA提取、测序和Explify UPIP数据分析相结合，为UTI的检测和鉴定提供了一个全面而简单的工作流程。

性能参数

Automation capability Liquid Handling Robots
Method Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types Not FFPE-Compatible
作用机制 磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤
内容说明

检测120多种细菌、14种真菌、35种病毒、4种寄生虫，包括27种性传播病原体和>3700种抗菌药物耐药性标记
分析时间 文库制备和富集时间＜9小时
多重分析 使用唯一双标签，单次运行最多可分析384个样本
手动操作时间 文库制备和富集时间＜2小时
技术 Illumina测序
样本类型详情

从人类泌尿系统临床研究样本和其他监测相关样本中提取的DNA，如废水
核酸类型 DNA
物种 Other, 人, Virus, Bacteria
物种详情

真菌、寄生虫
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode
说明

整合DNA提取、使用Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit进行文库制备、测序和Explify UPIP数据分析的一体化工作流程，用于检测和鉴定各种样本类型的尿路病原体和抗菌素耐药性标记。
起始量 基于体积（非浓度依赖性）

需要的产品

无需配件。 

/

应用

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit用于检测和鉴定170多种尿路病原体和3700多种抗菌素耐药性标记及其等位基因，这些标记及其等位基因来自临床泌尿研究、环境和其他样本类型。

特色工作流程

1
制备

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit

2
测序
3
分析

项目建议

相关应用和方法

用于传染病的NGS

NGS作为一种无假设的方法，可以区分仅相差一个SNP的传染性疾病菌株，并替代多重检测。

靶向富集

目标富集可通过杂交捕获感兴趣的基因组区域。了解有关目标富集的更多信息，及其用于一次评估多个样本的方法。

鸟枪法宏基因组测序

全面检测特定复杂样本中所有生物体的所有基因，评估细菌多样性，发现无法培养的微生物。

文档

产品资料

  • 宣传册 PDF < 1 MB 2 版本

Support documentation

比较

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文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

upip table common uropathogens

Urinary Pathogen ID/AMR Panel上覆盖的微生物

Urinary Pathogen ID/AMR Panel Kit可检测和定量174种生物，包括常见和不常见的尿路病原体和27种性传播病原体。

upip pathogen detection

敏感病原体检测

与鸟枪法宏基因组学（SM）和培养方法相比，Urinary Pathogen ID/AMR Panel（UPIP）Kit提供了更灵敏的病原体鉴定。通过UPIP在342/399（86%）个尿液样本中检测到一种或多种尿路病原体，通过SM在262/399（66%）个样本中检测到一种或多种尿路病原体，通过尿培养在205/399（51%）个样本中检测到一种或多种尿路病原体。

upip improved sensitivity

提高分析灵敏度

UPIP测得的SM阳性细菌负荷高于SM阴性样本（p＜0.0001），这与预测靶向富集测序的分析灵敏度高于SM一致。与鸟枪法宏基因组学相比，检测SM阴性样本中的细菌进一步证明了富集的灵敏度更高。

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes,96 samples)

20090308

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括酶切法片段化和PCR试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A和Urinary Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20090309

Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit（UPIP）包含用于靶向3，500种抗菌素耐药性（AMR）标记、121种细菌、14种真菌、35种病毒和4种寄生虫的所有文库制备试剂、标签和panel。结合Illumina DNA prep with Enrichment试剂盒和BaseSpace Sequence Hub上的UPIP Explify应用程序进行分析，UPIP富集panel可广泛检测泌尿系统病原体并分析AMR，以鉴定混合合并感染。试剂盒包含文库制备试剂、标签（Set B）和panel，可使用UPIP Explify应用程序制备3重96个样本并进行分析。

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Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20090310

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括酶切法片段化和PCR试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set C和Urinary Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20090311

包括文库制备和富集所需的所有试剂，包括酶切法片段化和PCR试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D和Urinary Pathogen ID/AMR Panel，可从96个样本制备文库，然后进行32次3重富集反应。

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常见问题解答

不需要，无需在提取DNA之前培养样本。Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit包含所有文库制备和富集试剂、标签和panel探针，用于磁珠上酶切法片段化，然后进行单个杂交步骤，为生成富集文库进行测序提供了快速的工作流程。

我们建议使用离心柱试剂盒分离DNA，因为这些试剂盒是最可靠的，通常用于NGS。有关Urinary Pathogen ID/AMR Enrichment Kit的DNA提取方案，请点击此处。

无论病原体类型如何，文库制备和测序步骤都可以在两天内在台式测序系统上完成。但是，在测序过程中使用MiniSeq测序系统和MiniSeq Rapid Reagent Kit时，检测可在＜24小时内完成。

该试剂盒中的panel包含可识别10种不同市售对照品的探针。但是，这些对照品不作为本试剂盒的一部分提供，必须单独购买，然后在提取DNA和RNA之前加标到样本中。每个实验/样本只需要一个加标对照品。

我们通常建议从每个样本1M单端read开始，或使用至少1 × 100 bp或2M × 100 bp的测序化学技术进行2M双端read。这些数字只是起点，应根据样本类型和目标丰度进行优化。

是的。如果此panel中涵盖的靶标与您的实验目标一致，您可以使用从各种样本类型中提取的DNA。通常使用此试剂盒检测废水样本，以监测这些病原体及其相关AMR。对于废水样本，我们通常建议将read数量增加到10M单端read或20M双端read。

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