了解突变与治疗方法之间的关系

NGS方法可高效评估肿瘤突变负荷并鉴别新抗原

肿瘤突变负荷和新抗原分析

肿瘤突变负荷(即TMB,肿瘤基因组编码区内的体细胞突变数量)是一种新兴的生物标记,与免疫治疗药物(如检查点抑制剂)的反应相关。1-4最近的研究表明,高肿瘤突变负荷会增加肿瘤细胞表达的免疫原性新抗原诱导对免疫疗法应答的可能性。1-4 

新一代测序(NGS)可以帮助研究人员估算TMB,鉴定新抗原,研究增强免疫应答的创新疗法并了解遗传变异如何影响其疗效。  鉴定表达的新抗原也有助于开发疫苗和基于细胞的治疗方法。 

使用靶向NGS进行TMB分析

对癌症相关变异的全面覆盖以及改进的过滤算法能可靠地分析肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性。

阅读应用说明

确认肿瘤突变负荷临床效用的同时,将TMB分析标准化的努力也在进行中。

最近的研究表明,靶向测序panel可有效地评估肿瘤突变负荷。5-6已提出可增强TMB评分准确性的具体特性,例如至少1.5 Mb的基因组内容,以及用于过滤不太可能造成免疫原性的变异的算法。5-6

利用NGS辅助免疫系统靶向癌症

这篇综述着重介绍了免疫疗法研究的新进展,以及NGS如何推动其发展。

阅读综述

癌细胞蛋白编码基因中的突变是免疫系统可靶向的潜在新抗原的来源。NGS能预测性地选择可引起肿瘤特异性应答的新肿瘤抗原。

外显子组测序和/或转录组测序能高效地鉴定DNA和/或RNA。经过改良的生物信息学工具可通过预测用于免疫系统识别的突变肽的存在来辅助新抗原的选择。

用于新抗原发现的信息学解决方案

经过改良的信息学工具能实现基于NGS的新抗原预测和肿瘤微环境研究。

阅读技术说明
测量肿瘤突变负荷
Panel规格在测量TMB中的重要性

Albrecht Stenzinger博士和同事进行的一项研究分析了基因panel规格对肿瘤突变负荷测量的精确度的影响。

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揭示lncRNA在癌症中的功能
RNA编辑

了解为什么Jo Vandesompele教授(PhD)认为RNA编辑对于通过基因表达来进行肿瘤突变负荷评估和新抗原鉴定是有价值的。

阅读访谈录

Illumina提供多种文库制备和测序选项,同时具有进行肿瘤突变负荷和新抗原鉴定的数据分析选项。一体化的工作流程和灵活的试剂盒配置适合多种研究设计。

世界上约90%的测序数据均由Illumina边合成边测序(SBS)化学产生。*

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

TruSight Oncology 500

此分析方法靶向多种变异类型,包括肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性,即使是低质量样本也同样适用。

TruSeq DNA Exome

经济实惠的文库制备和外显子组富集解决方案。

TruSeq RNA Exome

低成本的解决方案,可分析从数量有限或FFPE等低质量的样本中分离的人RNA。

TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit

可靠的、扩展自如的全转录组分析解决方案适用于各种标本与样本类型,包括FFPE样本。

NextSeq 550系统

配置灵活,每次运行支持多达12个外显子组。

NovaSeq 6000系统

无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量,灵活简便。

BaseSpace Sequence Hub App

探索用于RNA-Seq和其他常见方法的用户友好型数据分析应用程序。

BaseSpace Enrichment App

该应用程序可使用Isaac快速比对样本,还可进行插入缺失、SNV、CNV和SV的分析和注释。

Size Matters: Dissecting Key Parameters for Panel-Based Tumor Mutational Burden (TMB) Analysis.

Int J Cancer 2019;144(4):848-858

阅读摘要

Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade-based immunotherapy.

Science 2018;362(6411)

阅读摘要

Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types.

Nat Genet.2019 doi: 10.1038/s41588-018-0312-8.

阅读摘要

外显子组测序

外显子组测序只检测不到2%的遗传密码,是一种比全基因组测序更经济实惠的选择。它是鉴定新抗原的常用方法。1-3

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RNA测序

RNA测序不仅能进行基因表达测量,还能提供单核苷酸位点变异和剪接变异的信息。

了解更多
靶向癌症测序

对于某些应用,靶向测序panel可高效地评估肿瘤突变负荷。4,5

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免疫肿瘤学的受试者分类
免疫疗法研究的受试者分类

基因组学科学家介绍了NGS如何帮助临床研究进行受试者分类。

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肿瘤特异性配体
鉴定肿瘤特异性HLA配体

Annika Sonntag介绍了发现和验证基于T细胞的免疫疗法靶点的Immatics平台。

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参考文献
  1. Rizvi NA, Hellmann MD, Snyder A, et al.Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer.Science.2015;348 (6230):124-128.
  2. Snyder A, Makarov V, Merghoub T, et al.Genetic Basis for Clinical Response to CTLA-4 Blockade in Melanoma.N Engl J Med.2014;371(23):2189-2199.
  3. Allen EM, Miao D, Schilling B, Shukla SA, Blank C, Zimmer L. Genomic correlates of response to CTLA-4 blockade in metastatic melanoma.Science.2015;350(6257):207-211.
  4. Garofalo A, Sholl L, Reardon B, et al.The impact of tumor profiling approaches and genomic data strategies for cancer precision medicine.Genome Med.2016;8(1):79. doi:10.1186/s13073-016-0333-9.
  5. Buchhalter I, Rempel E, Endris V, et al.Size Matters: Dissecting Key Parameters for Panel-Based Tumor Mutational Burden (TMB) Analysis.Int J Cancer.2018. doi: 10.1002/ijc.31878.
  6. Chalmers ZR, Connelly CF, Fabrizio D, et al.Analysis of 100,000 human cancer genomes reveals the landscape of tumor mutational burden.Genome Med.2017;9(1):34. doi: 10.1186/s13073-017-0424-2.

*根据Illumina公司2017年存档数据计算。