肿瘤微环境中的组织的差异相当大,其他类型的细胞可以影响免疫系统浸润和攻击肿瘤细胞的能力。随着新疗法的不断发展,对于鉴定癌症免疫疗法的生物标记以指导其恰当应用的需求日益增加。
NGS可以对肿瘤基因组进行细致的分析,有效地评估肿瘤环境,以此来实时且高度灵敏地监测免疫系统对肿瘤生长或治疗的反应,监测免疫标记的表达。NGS分析可以表征免疫细胞库,鉴定微环境中的各种细胞群,同时全面量化数千个靶点的基因表达。
高通量测序已经在癌症和免疫学研究以及个性化免疫疗法的开发上表现出显著的作用。
RNA分析有助于确定肿瘤微环境中可能影响检查点免疫疗法有效性的因素,例如诱导性和抑制性细胞因子,以及可抑制T细胞响应的其他细胞的局部聚集。
癌症表观遗传学变化的研究(如异常甲基化和转录因子结合改变)可以提供对重要致癌通路的了解。NGS和芯片技术可以检测到甲基化模式和癌症中其他表观遗传模式的变化。
深入了解癌症表观遗传学癌症研究人员需要简单易用的生物信息学应用程序,以从复杂的基因组数据中获得更多见解。BaseSpace Cohort Analyzer可帮助生物学家和研究人员在没有专门的生物信息学技术的情况下获得重要发现。临床试验数据的回溯性分析可为未来的癌症研究和药物开发项目提供信息。
经过改良的信息学工具能实现新抗原的发现和肿瘤微环境的分析。
Illumina提供多种文库制备和测序选项,同时具有进行肿瘤微环境分析的数据分析选项。一体化的工作流程和灵活的试剂盒配置适合多种研究设计。
世界上约90%的测序数据均由Illumina边合成边测序(SBS)化学产生。*
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Illumina DNA Prep with Enrichment采用了快速且用户友好型的工作流程。On-Bead Tagmentation测序化学技术结合了简化的单一杂交实验方案,缩短了整个工作流程所用的时间。
TruSeq DNA ExomeTruSeq DNA Exome是经济实惠的文库制备和外显子组富集解决方案。
TruSeq RNA ExomeTruSeq RNA Exome文库制备试剂盒提供了低成本的解决方案,可分析从数量有限或FFPE等低质量的样本中分离的人RNA。
该试剂盒可在一次实验中对数百至数万个单细胞进行转录组图谱分析。
TruSight Oncology 500此分析方法靶向多种变异类型,包括肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI),即使是低质量样本同样适用。
无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有前所未有的通量,灵活简便。
采用Isaac Genome Alignment Software和Isaac Variant Caller进行外显子组数据分析。
*根据Illumina公司2015年存档数据计算。